ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Spinacia oleracea plastid

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_002202	AAGT	3	916	926	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	11497504
2	NC_002202	TAGAAA	3	1337	1354	18	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
3	NC_002202	A	18	1546	1563	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
4	NC_002202	ATAA	3	3488	3499	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_002202	TTTA	3	3515	3525	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_002202	ATTTA	3	4320	4334	15	40 %	60 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_002202	A	14	6017	6030	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
8	NC_002202	AT	6	6062	6072	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
9	NC_002202	A	13	6523	6535	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
10	NC_002202	A	12	7156	7167	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_002202	A	13	7575	7587	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_002202	TA	8	7683	7697	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
13	NC_002202	AT	6	7766	7777	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_002202	ATA	4	7801	7813	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
15	NC_002202	TTTA	3	8014	8025	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_002202	TTTA	3	8250	8260	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_002202	TGAA	3	11314	11326	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	11497510
18	NC_002202	T	13	11453	11465	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	11497510
19	NC_002202	CA	6	12743	12754	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
20	NC_002202	A	16	12752	12767	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
21	NC_002202	CA	6	13373	13384	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
22	NC_002202	AAAT	3	15136	15146	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_002202	ATTT	3	15237	15248	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_002202	GGAT	3	16797	16807	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	126022792
25	NC_002202	TTA	4	19701	19712	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11497515
26	NC_002202	ACAAAA	3	21702	21719	18	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	5 %	11497515
27	NC_002202	CTT	4	21722	21733	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11497515
28	NC_002202	GTT	4	22353	22364	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	11497515
29	NC_002202	CCTA	3	23273	23283	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	11497516
30	NC_002202	TCA	4	24700	24710	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	11497516
31	NC_002202	T	12	24973	24984	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	11497516
32	NC_002202	TAA	4	26031	26042	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
33	NC_002202	TTA	4	26201	26211	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
34	NC_002202	AT	10	26236	26254	19	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
35	NC_002202	AATA	4	26643	26658	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
36	NC_002202	TCAAT	3	27905	27918	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
37	NC_002202	TA	6	28037	28047	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
38	NC_002202	A	13	28062	28074	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_002202	CTTT	3	28195	28205	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
40	NC_002202	A	14	28695	28708	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
41	NC_002202	AAGA	3	28986	28996	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
42	NC_002202	TTTC	4	29380	29395	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
43	NC_002202	TA	7	30169	30181	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
44	NC_002202	GA	6	31237	31247	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
45	NC_002202	GAAA	3	32968	32979	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11497521
46	NC_002202	TTTCT	3	34066	34079	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
47	NC_002202	AG	6	34188	34198	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_002202	TA	7	34403	34415	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
49	NC_002202	GAAT	3	34518	34529	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_002202	TC	6	34818	34828	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	11497522
51	NC_002202	AT	8	35100	35114	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
52	NC_002202	ATG	4	35603	35615	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
53	NC_002202	CTTT	3	35636	35647	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	11497523
54	NC_002202	TCT	5	35907	35920	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	11497523
55	NC_002202	ATTG	3	37291	37301	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	11497524
56	NC_002202	ATG	4	37444	37454	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	11497524
57	NC_002202	GCA	4	39342	39353	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	11497525
58	NC_002202	TTTA	3	40678	40689	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_002202	GAAT	3	40851	40861	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
60	NC_002202	ATTT	3	40932	40943	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_002202	AGA	4	41546	41557	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11497526
62	NC_002202	TAAA	3	43041	43051	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	11497526
63	NC_002202	GTAA	3	43075	43085	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	11497526
64	NC_002202	T	12	44205	44216	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_002202	TA	8	45119	45134	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
66	NC_002202	TAAAA	3	45819	45834	16	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
67	NC_002202	AGAA	3	46157	46169	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
68	NC_002202	AT	6	46695	46705	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_002202	TTGA	3	47019	47030	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
70	NC_002202	A	14	47149	47162	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
71	NC_002202	CAA	4	49422	49432	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
72	NC_002202	GTTT	3	49461	49473	13	0 %	75 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
73	NC_002202	AAAT	3	49555	49566	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_002202	TAGGT	4	49837	49857	21	20 %	40 %	40 %	0 %	9 %	Non-Coding
75	NC_002202	AT	6	49976	49986	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
76	NC_002202	GATA	3	49993	50003	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_002202	TA	6	50782	50792	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
78	NC_002202	AAAAT	3	53094	53107	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
79	NC_002202	TAA	4	55635	55646	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_002202	ATTT	3	55838	55848	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_002202	TAA	4	55877	55888	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_002202	AGA	4	57538	57549	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_002202	AAAT	3	57715	57725	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_002202	A	13	57892	57904	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
85	NC_002202	TAAT	5	58004	58024	21	50 %	50 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
86	NC_002202	TCTATA	3	59715	59733	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	11497540
87	NC_002202	TA	6	60720	60730	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	11497541
88	NC_002202	T	13	63434	63446	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
89	NC_002202	AGA	4	63576	63587	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_002202	ATTG	3	63736	63747	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_002202	TCCA	3	63784	63796	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
92	NC_002202	TACA	3	65027	65038	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
93	NC_002202	AATT	3	65492	65502	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
94	NC_002202	TA	6	65565	65575	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
95	NC_002202	AT	7	66019	66031	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
96	NC_002202	TA	9	66501	66517	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
97	NC_002202	TTTA	3	67103	67114	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_002202	TGAA	3	67566	67577	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_002202	TCT	4	69365	69376	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11497571
100	NC_002202	ATA	4	69860	69870	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11497571
101	NC_002202	TAAA	3	70239	70251	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	11497571
102	NC_002202	TA	6	70253	70263	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	11497571
103	NC_002202	TCT	4	72428	72439	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11497571
104	NC_002202	T	12	72664	72675	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	11497571
105	NC_002202	TTTC	3	73471	73482	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	11497571
106	NC_002202	A	15	73958	73972	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	11497571
107	NC_002202	TA	6	74169	74179	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	11497571
108	NC_002202	TCGG	3	74530	74540	11	0 %	25 %	50 %	25 %	9 %	11497571
109	NC_002202	TATT	3	75072	75083	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	11497571
110	NC_002202	AT	6	75525	75535	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	11497571
111	NC_002202	AT	7	75763	75775	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	11497571
112	NC_002202	TTTA	3	76460	76470	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	11497571
113	NC_002202	T	16	76666	76681	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	11497571
114	NC_002202	TTCT	3	77524	77534	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	11497571
115	NC_002202	TAT	4	79149	79160	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11497571
116	NC_002202	GAAAAA	3	79652	79669	18	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	11497571
117	NC_002202	GGTTAT	3	80135	80153	19	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	10 %	11497571
118	NC_002202	TTCT	4	80806	80821	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	11497571
119	NC_002202	TTTA	3	81046	81056	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	11497571
120	NC_002202	TTAAC	3	82574	82589	16	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	11497571
121	NC_002202	AAT	4	82946	82956	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11497571
122	NC_002202	CTT	4	82980	82991	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11497571
123	NC_002202	ATATG	3	84092	84106	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	11497571
124	NC_002202	GAT	4	84135	84145	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	11497571
125	NC_002202	ATTG	3	85061	85072	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	11497571
126	NC_002202	TTCT	3	85538	85548	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	11497571
127	NC_002202	CTTT	3	86602	86612	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	11497571
128	NC_002202	GAT	4	86757	86768	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	11497571
129	NC_002202	TGAT	3	88394	88406	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	11497571
130	NC_002202	TGA	4	88445	88456	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	11497571
131	NC_002202	AATA	3	91081	91092	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	11497571
132	NC_002202	TA	6	91904	91915	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	11497571
133	NC_002202	TTTGTT	3	95091	95109	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	11497571
134	NC_002202	TA	6	96725	96735	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	11497594
135	NC_002202	TTAAAC	3	99515	99532	18	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	0 %	11497594
136	NC_002202	ATCC	3	100040	100051	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	11497594
137	NC_002202	TTCG	3	101549	101560	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	11497594
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139	NC_002202	AGGT	3	103308	103319	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	11497594
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181	NC_002202	A	12	136133	136144	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	11497594
182	NC_002202	TA	6	136713	136723	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	11497594
183	NC_002202	AT	6	141531	141542	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	11497597
184	NC_002202	CATAC	3	142534	142547	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
185	NC_002202	ATCA	3	145039	145051	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	11497598
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190	NC_002202	ATTT	3	147770	147781	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	11497598
191	NC_002202	ACAA	3	148372	148383	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	11497598
192	NC_002202	ATC	4	149300	149310	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
193	NC_002202	GAA	5	150453	150467	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	11497599

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Spinacia oleracea plastid