ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Mesostigma viride chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_002186	TAT	4	452	463	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11466345
2	NC_002186	TTA	4	613	624	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	11466345
3	NC_002186	TCT	4	2658	2668	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	193735618
4	NC_002186	TGC	4	2701	2712	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	193735618
5	NC_002186	TCT	4	3897	3907	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	11466347
6	NC_002186	ATT	4	4685	4696	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_002186	AAT	4	4762	4773	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11466348
8	NC_002186	TAT	4	5164	5174	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	11466348
9	NC_002186	ATT	4	5558	5569	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11466348
10	NC_002186	TAA	4	7716	7727	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
11	NC_002186	GGA	4	10955	10966	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	11466354
12	NC_002186	ATT	4	11159	11169	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_002186	TAA	4	11707	11719	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
14	NC_002186	ATA	4	13725	13736	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11466359
15	NC_002186	TTA	4	14700	14711	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11466361
16	NC_002186	AAT	4	14816	14826	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_002186	TCT	4	17125	17136	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11466365
18	NC_002186	CAC	4	18144	18155	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	11466368
19	NC_002186	TCC	4	18676	18687	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	11466368
20	NC_002186	AAT	4	19622	19633	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_002186	TAT	4	22940	22950	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_002186	AAT	4	23047	23057	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_002186	TAT	4	24132	24144	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	11466372
24	NC_002186	ATT	4	25945	25956	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
25	NC_002186	CTG	4	26548	26559	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	11466374
26	NC_002186	CTT	4	29224	29235	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11466376
27	NC_002186	TCA	4	29424	29435	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	11466376
28	NC_002186	CTA	4	30320	30331	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	11466378
29	NC_002186	ATT	4	31340	31352	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	11466379
30	NC_002186	ATA	4	32067	32078	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_002186	ATC	4	32917	32928	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	11466380
32	NC_002186	ATT	4	36750	36760	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	11466381
33	NC_002186	TCT	5	37085	37100	16	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	11466381
34	NC_002186	TCT	5	37290	37304	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	11466381
35	NC_002186	TTA	4	37401	37412	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11466381
36	NC_002186	ATC	4	40424	40435	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	11466382
37	NC_002186	TAA	4	40750	40760	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11466382
38	NC_002186	ATT	4	41393	41404	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
39	NC_002186	TAT	4	44162	44172	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
40	NC_002186	TAA	5	44373	44387	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	11466387
41	NC_002186	AAT	4	45479	45490	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11466388
42	NC_002186	ACT	4	46962	46972	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	11466389
43	NC_002186	TGG	4	47221	47232	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	11466389
44	NC_002186	TAA	4	48091	48102	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11466389
45	NC_002186	TAG	4	48343	48353	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	11466389
46	NC_002186	CAT	4	49924	49934	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	11466390
47	NC_002186	ACA	4	51369	51381	13	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
48	NC_002186	AAT	4	51823	51835	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
49	NC_002186	TAA	4	53626	53636	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
50	NC_002186	ATT	4	55026	55037	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
51	NC_002186	TAT	4	55744	55755	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11466447
52	NC_002186	AAT	5	56280	56294	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
53	NC_002186	TAA	5	59604	59618	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
54	NC_002186	AAT	4	60028	60040	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	11466399
55	NC_002186	ATT	4	63446	63458	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	11466401
56	NC_002186	GAA	4	63892	63903	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11466402
57	NC_002186	ACT	4	65060	65072	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
58	NC_002186	TAA	4	65358	65369	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_002186	ATT	4	65369	65380	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_002186	TAA	8	65569	65592	24	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_002186	TAT	5	65587	65601	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
62	NC_002186	GAA	4	67551	67562	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11466408
63	NC_002186	TTA	4	70117	70127	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	11466410
64	NC_002186	CGA	4	70227	70237	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	11466410
65	NC_002186	ATT	4	70979	70990	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_002186	TAT	5	71338	71351	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
67	NC_002186	ATT	5	71397	71411	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
68	NC_002186	TTA	4	72310	72320	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	11466413
69	NC_002186	ATA	4	72324	72334	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11466413
70	NC_002186	TAC	4	73206	73217	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	11466414
71	NC_002186	GAG	4	73340	73351	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	11466414
72	NC_002186	TGT	4	76054	76064	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	11466418
73	NC_002186	CTT	4	78598	78609	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11466421
74	NC_002186	ATA	4	79826	79836	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
75	NC_002186	TTA	4	80628	80638	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
76	NC_002186	TAA	4	82399	82411	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
77	NC_002186	TAT	4	83119	83129	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	11466426
78	NC_002186	ATT	4	91660	91671	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11466428
79	NC_002186	TAC	4	93675	93686	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	11466429
80	NC_002186	ATT	6	96842	96859	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
81	NC_002186	TAA	4	97775	97786	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_002186	AAT	4	100652	100663	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11466435
83	NC_002186	ATA	4	102113	102124	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
84	NC_002186	TAA	6	104289	104305	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	11466439
85	NC_002186	ATT	7	104398	104418	21	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	11466439
86	NC_002186	TAA	4	105195	105206	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11466440
87	NC_002186	TCT	4	105316	105326	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	11466441
88	NC_002186	AAT	4	105595	105605	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11466441
89	NC_002186	TTC	5	106873	106887	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	11466443
90	NC_002186	ACT	4	107447	107458	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	11466443
91	NC_002186	TAA	4	107482	107493	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11466443
92	NC_002186	CTT	4	108153	108163	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	126165881
93	NC_002186	ACT	4	109326	109336	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	11466445
94	NC_002186	TAA	4	109599	109609	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
95	NC_002186	CTG	4	110308	110322	15	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	6 %	11466446

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Mesostigma viride chloroplast