ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Nicotiana tabacum plastid

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_001879	TAT	4	173	183	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_001879	TAAA	3	426	437	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_001879	AAGA	3	438	449	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_001879	AAGT	3	1235	1245	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	11465935
5	NC_001879	AAG	5	3017	3031	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	11465936
6	NC_001879	CATT	3	4149	4160	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
7	NC_001879	A	16	4608	4623	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
8	NC_001879	TTTC	3	5491	5501	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	11465937
9	NC_001879	AATA	3	6001	6012	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	11465937
10	NC_001879	ATA	4	6432	6444	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
11	NC_001879	AAT	4	6447	6459	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_001879	T	14	6819	6832	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_001879	AT	6	7407	7418	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_001879	TTAC	3	7759	7771	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
15	NC_001879	TAAAA	3	8074	8087	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_001879	CAAG	3	9074	9084	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
17	NC_001879	CCTAT	3	9426	9440	15	20 %	40 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
18	NC_001879	TTTCC	3	12634	12648	15	0 %	60 %	0 %	40 %	6 %	81238325
19	NC_001879	ATGA	3	12745	12757	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	81238325
20	NC_001879	AAAT	3	12841	12851	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	81238325
21	NC_001879	T	13	12877	12889	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	81238325
22	NC_001879	AAAT	3	13563	13573	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_001879	ATTCA	3	14372	14385	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
24	NC_001879	TAATT	3	14891	14905	15	40 %	60 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_001879	TATT	3	16206	16218	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
26	NC_001879	T	13	16962	16974	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
27	NC_001879	A	15	16982	16996	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
28	NC_001879	AAAC	3	19017	19027	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	126165915
29	NC_001879	T	12	19201	19212	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	126165915
30	NC_001879	GAAT	3	19605	19615	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	126165915
31	NC_001879	GTTT	3	24130	24141	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	11465945
32	NC_001879	ATT	4	24287	24299	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	11465945
33	NC_001879	TTCA	3	27554	27564	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
34	NC_001879	ATTAG	3	27569	27582	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
35	NC_001879	AG	7	28043	28055	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
36	NC_001879	AT	6	28320	28330	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
37	NC_001879	CAG	4	28941	28952	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
38	NC_001879	CTAT	3	30629	30640	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_001879	TTAA	3	30758	30768	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	11465948
40	NC_001879	TTTA	3	31113	31124	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_001879	T	18	31611	31628	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
42	NC_001879	TAG	4	32505	32516	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
43	NC_001879	T	13	32516	32528	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_001879	TTCT	3	32825	32835	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
45	NC_001879	AAAG	3	32975	32986	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_001879	ATT	4	33048	33058	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_001879	TGAA	3	33421	33431	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_001879	TTATT	3	33995	34008	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
49	NC_001879	TTC	4	36786	36797	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	13625479
50	NC_001879	CTTT	3	37001	37011	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
51	NC_001879	AG	6	37145	37155	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_001879	TA	6	37359	37370	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	11465951
53	NC_001879	AAAT	3	37393	37403	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	11465951
54	NC_001879	TC	6	37773	37783	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	11465952
55	NC_001879	TA	7	38015	38027	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
56	NC_001879	TATT	3	38163	38174	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_001879	AATG	3	41876	41887	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	81238326
58	NC_001879	TG	6	42318	42328	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	81238326
59	NC_001879	TTTA	3	43631	43642	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_001879	TA	6	43908	43919	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_001879	TAA	4	43948	43959	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_001879	T	27	45132	45158	27	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	11465956
63	NC_001879	TAG	4	45888	45898	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	11465956
64	NC_001879	A	16	46121	46136	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	11465956
65	NC_001879	GTA	4	46484	46494	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
66	NC_001879	CTTTGA	3	47003	47019	17	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
67	NC_001879	ATA	4	47361	47372	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_001879	CTTATT	3	48157	48175	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
69	NC_001879	TATTT	3	48202	48215	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
70	NC_001879	TA	6	48365	48375	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_001879	AAGG	3	48428	48438	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_001879	A	13	48498	48510	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
73	NC_001879	AT	7	48897	48909	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
74	NC_001879	AAAGAA	3	49247	49264	18	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
75	NC_001879	AT	6	50028	50038	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
76	NC_001879	TCTT	3	53071	53081	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
77	NC_001879	TTA	5	53183	53198	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
78	NC_001879	AGGTA	3	53296	53309	14	40 %	20 %	40 %	0 %	7 %	Non-Coding
79	NC_001879	TTA	4	53811	53822	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_001879	ATA	4	56781	56794	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	81238327
81	NC_001879	A	13	57352	57364	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_001879	TTG	4	57554	57564	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_001879	TTAT	3	59457	59468	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
84	NC_001879	TTTA	3	59534	59545	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_001879	TAAA	3	59628	59640	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
86	NC_001879	ATT	4	61350	61360	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
87	NC_001879	TCT	4	61577	61587	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
88	NC_001879	AT	6	62338	62348	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_001879	AT	6	64406	64416	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	11465970
90	NC_001879	ATT	4	65511	65522	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_001879	ACAAA	3	65885	65898	14	80 %	0 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
92	NC_001879	AATA	4	65982	65996	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
93	NC_001879	CAAA	3	66298	66309	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	11465971
94	NC_001879	TTTC	3	67343	67353	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	11465976
95	NC_001879	GTT	4	67486	67496	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	11465976
96	NC_001879	TCT	4	67758	67769	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
97	NC_001879	AAAT	3	69321	69332	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
98	NC_001879	T	12	69399	69410	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_001879	CTTTA	3	69996	70011	16	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
100	NC_001879	TA	6	70390	70400	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
101	NC_001879	AAAT	3	70415	70426	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_001879	AAAC	3	70510	70521	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_001879	TGAA	3	71415	71426	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_001879	T	14	71576	71589	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_001879	TTCC	3	72124	72134	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
106	NC_001879	T	15	72981	72995	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	59430010
107	NC_001879	T	15	73052	73066	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	59430010
108	NC_001879	GGTT	3	75966	75977	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	59430010
109	NC_001879	TCT	4	76337	76348	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	59430010
110	NC_001879	AT	6	78914	78924	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	59430010
111	NC_001879	AGA	4	79381	79391	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	59430010
112	NC_001879	TA	6	79633	79643	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	59430010
113	NC_001879	AT	7	80386	80398	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	59430010
114	NC_001879	T	17	80673	80689	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	59430010
115	NC_001879	CTTT	3	82550	82560	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	59430010
116	NC_001879	AT	6	84209	84220	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	59430010
117	NC_001879	ACTT	3	84594	84604	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	59430010
118	NC_001879	TC	6	84830	84841	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	59430010
119	NC_001879	TA	6	84949	84959	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	59430010
120	NC_001879	CAAT	3	85312	85322	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	59430010
121	NC_001879	TTA	4	86395	86406	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	59430010
122	NC_001879	T	16	86696	86711	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	59430010
123	NC_001879	CTT	4	86795	86806	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	59430010
124	NC_001879	GAT	4	87262	87272	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	59430010
125	NC_001879	GAT	4	88636	88646	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	59430010
126	NC_001879	TGA	4	93411	93422	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	59430010
127	NC_001879	AATA	3	94267	94279	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	59430010
128	NC_001879	TTTCG	3	99447	99460	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	59430010
129	NC_001879	TTC	4	101236	101247	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	59430011
130	NC_001879	ATTAGT	4	101798	101819	22	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	9 %	59430011
131	NC_001879	ATCC	3	104856	104867	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	59430011
132	NC_001879	AAGG	3	105149	105159	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	59430011
133	NC_001879	GAGG	3	107773	107784	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	59430011
134	NC_001879	AGGT	3	107985	107996	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	59430011
135	NC_001879	TAAG	3	109105	109115	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	59430011
136	NC_001879	A	13	109773	109785	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	59430011
137	NC_001879	GGAA	3	111183	111193	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	59430011
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162	NC_001879	CTTA	3	133515	133525	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	59430011
163	NC_001879	CCTT	3	137471	137481	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	59430011
164	NC_001879	GGAT	3	137763	137774	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	59430011
165	NC_001879	ACTAAT	4	140811	140832	22	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	9 %	59430011
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167	NC_001879	CATAC	3	146698	146711	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
168	NC_001879	TATT	3	148351	148363	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	11466033
169	NC_001879	TGAT	3	149353	149365	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	11466033
170	NC_001879	GATC	3	149380	149390	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	11466033
171	NC_001879	ATTT	3	152133	152144	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	11466033
172	NC_001879	ATC	4	153984	153994	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
173	NC_001879	ATC	4	155358	155368	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	11466035
174	NC_001879	GAA	5	155823	155837	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	11466035
175	NC_001879	A	16	155921	155936	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Nicotiana tabacum plastid