ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Cyanidium caldarium chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_001840	TAA	4	638	649	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_001840	ATA	4	2047	2058	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	92087138
3	NC_001840	TAA	4	4276	4287	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_001840	TAA	5	5156	5170	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	11465583
5	NC_001840	GAA	4	6750	6761	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11465582
6	NC_001840	ATT	5	7368	7381	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
7	NC_001840	TTG	4	10429	10439	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	11465577
8	NC_001840	ATA	4	14235	14246	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465575
9	NC_001840	GTA	4	16132	16142	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	11465575
10	NC_001840	AAT	4	20429	20441	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	11465570
11	NC_001840	CAT	4	20546	20556	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	11465569
12	NC_001840	AAT	4	23963	23975	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	11465563
13	NC_001840	ATT	4	24526	24536	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
14	NC_001840	CAT	4	28651	28661	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	11465556
15	NC_001840	TAT	4	38161	38173	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_001840	GAG	4	41182	41193	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	11465539
17	NC_001840	AAT	4	41390	41401	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465539
18	NC_001840	TAA	4	41591	41601	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11465539
19	NC_001840	ATT	4	42043	42054	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11465538
20	NC_001840	ATT	4	42921	42932	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11465536
21	NC_001840	ATT	4	43713	43724	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_001840	CCT	4	47948	47959	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	11465531
23	NC_001840	ATA	4	56258	56270	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	11465526
24	NC_001840	AAC	4	58152	58163	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	11465524
25	NC_001840	ATA	6	60468	60484	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	11465522
26	NC_001840	ATA	4	68015	68026	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465517
27	NC_001840	AAT	4	75583	75594	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_001840	AGA	4	76842	76853	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11465506
29	NC_001840	AAT	5	80074	80088	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	11465503
30	NC_001840	ATA	5	80425	80439	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	11465503
31	NC_001840	TAA	4	80618	80628	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11465503
32	NC_001840	AAT	5	84088	84101	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	11465500
33	NC_001840	TGG	5	85958	85972	15	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	6 %	Non-Coding
34	NC_001840	AGC	4	87367	87378	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	11465497
35	NC_001840	TTA	4	90924	90934	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	11465494
36	NC_001840	TAA	4	92746	92756	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11465492
37	NC_001840	AAC	4	93341	93354	14	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	7 %	11465491
38	NC_001840	GGA	4	96579	96590	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	11465486
39	NC_001840	TAA	4	100737	100747	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11465479
40	NC_001840	ACA	4	101838	101848	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	11465478
41	NC_001840	AAC	4	112842	112853	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	11465465
42	NC_001840	CTA	4	113321	113331	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	11465465
43	NC_001840	ATA	4	117865	117876	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
44	NC_001840	TAT	4	119125	119135	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
45	NC_001840	AAT	4	119396	119408	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	11465458
46	NC_001840	TAA	4	119928	119939	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_001840	GAA	4	121663	121674	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11465455
48	NC_001840	ATA	4	124530	124541	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
49	NC_001840	TCA	4	126283	126295	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	11465449
50	NC_001840	AGT	4	127567	127577	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	11465447
51	NC_001840	CCA	4	136267	136277	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	11465428
52	NC_001840	ATT	4	137503	137514	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11465426
53	NC_001840	TTA	4	138470	138481	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11465424
54	NC_001840	TAA	4	140785	140796	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465421
55	NC_001840	TCC	4	141659	141670	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	11465421
56	NC_001840	AGT	4	145165	145176	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_001840	ATT	5	149618	149632	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	11465415
58	NC_001840	CCT	4	152820	152831	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	11465412
59	NC_001840	ATA	4	153670	153680	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11465411
60	NC_001840	TAA	4	156071	156082	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_001840	TTC	4	159039	159050	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11465397
62	NC_001840	TTG	4	159996	160007	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	11465396
63	NC_001840	AAT	4	160655	160666	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465396
64	NC_001840	GAG	4	160858	160869	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	11465396
65	NC_001840	TAA	4	161084	161095	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465396
66	NC_001840	GAT	4	162909	162920	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	11465395
67	NC_001840	CAT	4	164513	164523	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	11465394

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Cyanidium caldarium chloroplast