ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Cyanidium caldarium chloroplast

Click on Table Heading To Sort Results Accordingly

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_001840	GTGG	4	71	86	16	0 %	25 %	75 %	0 %	6 %	Non-Coding
2	NC_001840	GAAA	3	98	108	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_001840	TATT	3	201	212	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_001840	AATA	3	247	258	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_001840	ATTT	3	369	380	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_001840	ATAA	3	435	446	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_001840	TAA	4	638	649	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_001840	ATA	4	2047	2058	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	92087138
9	NC_001840	AAAT	3	3127	3137	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	92087138
10	NC_001840	AAAT	3	4028	4038	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	11465586
11	NC_001840	TAA	4	4276	4287	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_001840	TAA	5	5156	5170	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	11465583
13	NC_001840	TTTA	3	5798	5808	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	11465583
14	NC_001840	GAA	4	6750	6761	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11465582
15	NC_001840	ATT	5	7368	7381	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_001840	ATTT	3	7775	7786	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_001840	TTG	4	10429	10439	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	11465577
18	NC_001840	ATA	4	14235	14246	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465575
19	NC_001840	CGAG	3	14903	14913	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	11465575
20	NC_001840	GTA	4	16132	16142	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	11465575
21	NC_001840	AAAT	3	17291	17301	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	11465575
22	NC_001840	AAAT	3	18682	18693	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	11465573
23	NC_001840	TTTG	3	19806	19816	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	11465571
24	NC_001840	ACATA	3	19936	19950	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
25	NC_001840	TAAA	3	20319	20330	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	11465570
26	NC_001840	AGAA	3	20341	20352	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11465570
27	NC_001840	AAT	4	20429	20441	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	11465570
28	NC_001840	CAT	4	20546	20556	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	11465569
29	NC_001840	GTTT	3	23293	23304	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	11465566
30	NC_001840	TTTC	3	23644	23655	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_001840	AAT	4	23963	23975	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	11465563
32	NC_001840	ATT	4	24526	24536	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_001840	ACTT	3	24937	24948	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	11465560
34	NC_001840	AAGA	3	25410	25420	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	11465559
35	NC_001840	GAAA	3	28424	28435	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11465556
36	NC_001840	TTAC	3	28532	28542	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	11465556
37	NC_001840	CAT	4	28651	28661	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	11465556
38	NC_001840	TAAT	3	29512	29522	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
39	NC_001840	TAAC	3	29680	29690	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	11465555
40	NC_001840	AATT	3	30300	30310	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	11465553
41	NC_001840	ATTAT	3	31348	31361	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
42	NC_001840	AAAT	3	32130	32141	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	11465551
43	NC_001840	TAAA	5	33881	33901	21	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	11465549
44	NC_001840	CAAA	3	33963	33974	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	11465549
45	NC_001840	TTAA	3	34129	34139	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	11465548
46	NC_001840	TTTTAA	3	37251	37268	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	11465544
47	NC_001840	TAT	4	38161	38173	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
48	NC_001840	AACAA	3	39983	39996	14	80 %	0 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
49	NC_001840	AATT	3	40017	40028	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_001840	TAAA	3	40679	40690	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	11465590
51	NC_001840	T	13	40883	40895	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	11465590
52	NC_001840	GAG	4	41182	41193	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	11465539
53	NC_001840	AAT	4	41390	41401	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465539
54	NC_001840	TAA	4	41591	41601	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11465539
55	NC_001840	ATT	4	42043	42054	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11465538
56	NC_001840	ATT	4	42921	42932	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11465536
57	NC_001840	TAAA	3	43647	43658	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_001840	ATT	4	43713	43724	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_001840	TTTA	3	44960	44970	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	11465534
60	NC_001840	ATTTT	3	45226	45239	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	11465533
61	NC_001840	CCT	4	47948	47959	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	11465531
62	NC_001840	CATT	3	50805	50815	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	11465531
63	NC_001840	TATT	3	51122	51132	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	11465530
64	NC_001840	CAAA	3	51205	51216	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	11465530
65	NC_001840	TTAT	3	51689	51699	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	11465529
66	NC_001840	CTCA	3	52696	52707	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	11465529
67	NC_001840	TAAT	3	53281	53292	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_001840	TA	6	53896	53906	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_001840	ATA	4	56258	56270	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	11465526
70	NC_001840	AGAA	3	56492	56504	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	11465526
71	NC_001840	AATT	3	57488	57498	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	11465525
72	NC_001840	AAC	4	58152	58163	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	11465524
73	NC_001840	GTAA	3	58872	58882	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	11465524
74	NC_001840	ATTT	3	60436	60446	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	11465522
75	NC_001840	ATA	6	60468	60484	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	11465522
76	NC_001840	AAACTT	3	61241	61258	18	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
77	NC_001840	TAAAAA	3	64711	64728	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
78	NC_001840	CCTT	3	66062	66072	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
79	NC_001840	ATAA	3	67569	67580	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	11465517
80	NC_001840	CAAT	3	67955	67966	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	11465517
81	NC_001840	ATA	4	68015	68026	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465517
82	NC_001840	AGTA	3	71077	71087	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	11465514
83	NC_001840	GAAA	3	73953	73964	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11465508
84	NC_001840	AAT	4	75583	75594	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_001840	AGA	4	76842	76853	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11465506
86	NC_001840	AATT	3	78551	78562	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	11465505
87	NC_001840	TTAAA	3	78969	78982	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	11465504
88	NC_001840	AAT	5	80074	80088	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	11465503
89	NC_001840	ATA	5	80425	80439	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	11465503
90	NC_001840	TAA	4	80618	80628	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11465503
91	NC_001840	AAT	5	84088	84101	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	11465500
92	NC_001840	TAGC	3	85107	85119	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	11465499
93	NC_001840	TGG	5	85958	85972	15	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	6 %	Non-Coding
94	NC_001840	AGC	4	87367	87378	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	11465497
95	NC_001840	AAAT	3	87528	87538	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	11465497
96	NC_001840	AGAGAA	3	87581	87598	18	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	5 %	11465497
97	NC_001840	GACT	3	88179	88190	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	11465497
98	NC_001840	ATTT	3	90399	90409	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	11465495
99	NC_001840	TTA	4	90924	90934	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	11465494
100	NC_001840	ATAA	3	91737	91747	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
101	NC_001840	AAAT	3	91841	91852	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_001840	TAA	4	92746	92756	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11465492
103	NC_001840	AT	6	92937	92947	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	11465492
104	NC_001840	ATGT	3	93128	93139	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	11465492
105	NC_001840	AAC	4	93341	93354	14	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	7 %	11465491
106	NC_001840	TAAA	3	96206	96217	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
107	NC_001840	CTAA	3	96218	96229	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
108	NC_001840	GGA	4	96579	96590	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	11465486
109	NC_001840	TTAAT	3	97161	97176	16	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
110	NC_001840	TTTAT	3	99819	99832	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
111	NC_001840	TAA	4	100737	100747	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11465479
112	NC_001840	TTTA	3	101026	101036	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	11465478
113	NC_001840	ACA	4	101838	101848	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	11465478
114	NC_001840	ATTTT	4	102264	102282	19	20 %	80 %	0 %	0 %	10 %	11465477
115	NC_001840	AAAT	4	104523	104538	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
116	NC_001840	GAATA	3	105042	105055	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
117	NC_001840	AAAG	3	108322	108333	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11465470
118	NC_001840	TATT	3	108758	108769	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	11465470
119	NC_001840	AT	6	111069	111079	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	11465467
120	NC_001840	TTTA	4	112354	112369	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	11465466
121	NC_001840	AAC	4	112842	112853	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	11465465
122	NC_001840	ATCT	3	113163	113174	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	11465465
123	NC_001840	CTA	4	113321	113331	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	11465465
124	NC_001840	AACA	3	114374	114384	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
125	NC_001840	ATTT	3	115682	115692	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	11465463
126	NC_001840	TAAA	3	117333	117343	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	11465460
127	NC_001840	AGTA	3	117421	117432	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	11465460
128	NC_001840	ATA	4	117865	117876	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
129	NC_001840	AT	6	118820	118831	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
130	NC_001840	TAT	4	119125	119135	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
131	NC_001840	AAT	4	119396	119408	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	11465458
132	NC_001840	AAAT	3	119740	119751	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
133	NC_001840	TTCT	3	119761	119771	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
134	NC_001840	TAA	4	119928	119939	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
135	NC_001840	TAAATT	3	120028	120045	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
136	NC_001840	GAA	4	121663	121674	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11465455
137	NC_001840	TCAA	3	121719	121730	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	11465455
138	NC_001840	TTTC	3	122081	122091	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
139	NC_001840	AAAC	3	123083	123093	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
140	NC_001840	ATA	4	124530	124541	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
141	NC_001840	AGATC	3	124952	124965	14	40 %	20 %	20 %	20 %	7 %	11465451
142	NC_001840	TCA	4	126283	126295	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	11465449
143	NC_001840	AGT	4	127567	127577	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	11465447
144	NC_001840	TAATT	3	131754	131768	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	11465439
145	NC_001840	TCCTAC	3	132456	132473	18	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	5 %	11465438
146	NC_001840	TTAATA	3	132658	132675	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
147	NC_001840	TGGC	3	134222	134232	11	0 %	25 %	50 %	25 %	9 %	11465434
148	NC_001840	CCA	4	136267	136277	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	11465428
149	NC_001840	CTCTT	3	136339	136352	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	11465428
150	NC_001840	ATGA	3	136798	136808	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	11465428
151	NC_001840	ATT	4	137503	137514	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11465426
152	NC_001840	TTA	4	138470	138481	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11465424
153	NC_001840	GTTT	3	138712	138723	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	11465424
154	NC_001840	TGTT	3	139426	139436	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	11465423
155	NC_001840	AACT	3	140318	140328	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	11465421
156	NC_001840	TAA	4	140785	140796	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465421
157	NC_001840	TCC	4	141659	141670	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	11465421
158	NC_001840	AACA	3	143355	143366	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	11465419
159	NC_001840	AGT	4	145165	145176	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
160	NC_001840	AATT	3	145218	145228	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
161	NC_001840	CT	6	145428	145438	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	11465418
162	NC_001840	ATAA	3	148478	148489	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	11465416
163	NC_001840	CATT	3	148501	148511	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	11465416
164	NC_001840	ATT	5	149618	149632	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	11465415
165	NC_001840	AT	7	149719	149731	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	11465415
166	NC_001840	ATTAAA	3	150880	150898	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10 %	11465414
167	NC_001840	CATC	3	152464	152476	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	11465412
168	NC_001840	CCT	4	152820	152831	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	11465412
169	NC_001840	ATA	4	153670	153680	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11465411
170	NC_001840	ATAA	3	155378	155388	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	11465408
171	NC_001840	TTAG	3	155941	155953	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	11465407
172	NC_001840	TAA	4	156071	156082	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
173	NC_001840	T	12	158723	158734	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	11465398
174	NC_001840	TTC	4	159039	159050	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11465397
175	NC_001840	AATT	3	159277	159288	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
176	NC_001840	TTG	4	159996	160007	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	11465396
177	NC_001840	AAT	4	160655	160666	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465396
178	NC_001840	GAG	4	160858	160869	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	11465396
179	NC_001840	TAA	4	161084	161095	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465396
180	NC_001840	GAT	4	162909	162920	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	11465395
181	NC_001840	TGTT	3	163768	163778	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	11465395
182	NC_001840	CAT	4	164513	164523	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	11465394
183	NC_001840	T	14	164770	164783	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Cyanidium caldarium chloroplast