ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Cyanophora paradoxa cyanelle

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_001675	TAT	5	5394	5408	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
2	NC_001675	GTA	4	5784	5795	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	126165882
3	NC_001675	ATTTT	3	7629	7643	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
4	NC_001675	ATTT	3	7823	7834	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_001675	ATT	4	7937	7948	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_001675	TTCC	3	8439	8449	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	11467284
7	NC_001675	TCA	4	9197	9208	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	11467284
8	NC_001675	TGT	5	9388	9402	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	11467284
9	NC_001675	TAT	4	10076	10087	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_001675	TAAT	3	10098	10110	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
11	NC_001675	TAA	4	10120	10134	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
12	NC_001675	A	14	10221	10234	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_001675	A	12	10405	10416	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_001675	TTTTC	3	11256	11270	15	0 %	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_001675	AT	14	11360	11387	28	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_001675	ATAAA	3	11493	11507	15	80 %	20 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_001675	AAAAT	3	12075	12089	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	11467287
18	NC_001675	AAAT	3	12092	12102	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	11467287
19	NC_001675	GGGA	3	12627	12638	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_001675	AAAT	3	12829	12839	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_001675	A	18	13026	13043	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
22	NC_001675	TTTTTA	3	13070	13086	17	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
23	NC_001675	AATAAA	3	13297	13315	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
24	NC_001675	AT	6	13454	13464	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_001675	ATTT	3	13759	13770	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	11467289
26	NC_001675	AT	6	14128	14139	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	11467290
27	NC_001675	AT	17	14975	15008	34	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_001675	AAAG	3	15963	15974	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11467292
29	NC_001675	ATTT	3	16326	16336	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	11467292
30	NC_001675	TTTA	3	16370	16382	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	11467292
31	NC_001675	ATTTA	3	16391	16405	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	11467292
32	NC_001675	TAA	4	16420	16430	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_001675	AATA	3	16437	16448	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_001675	TGG	4	17094	17105	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	11467293
35	NC_001675	TAA	4	21986	21997	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11467296
36	NC_001675	TTAT	3	22055	22066	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
37	NC_001675	AT	16	22242	22272	31	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
38	NC_001675	AATA	3	22280	22291	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
39	NC_001675	TTAA	3	23045	23056	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_001675	TATAA	3	23541	23555	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
41	NC_001675	ATAA	3	23809	23820	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	11467299
42	NC_001675	TAT	4	23860	23871	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11467299
43	NC_001675	TG	6	23970	23980	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	11467299
44	NC_001675	ATAA	3	23982	23992	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	11467299
45	NC_001675	TAA	4	24035	24046	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_001675	ATA	4	24069	24079	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_001675	TAT	4	24105	24117	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
48	NC_001675	TAAA	3	24289	24300	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	11467300
49	NC_001675	CAAA	3	25354	25365	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
50	NC_001675	AT	13	25371	25396	26	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
51	NC_001675	AT	13	25399	25424	26	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
52	NC_001675	GTA	4	25516	25527	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	11467301
53	NC_001675	TTTA	3	27154	27164	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	11467303
54	NC_001675	TGAT	3	27364	27375	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	11467303
55	NC_001675	AAG	4	28689	28700	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11467303
56	NC_001675	CTAA	3	29151	29162	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	11467303
57	NC_001675	TTTA	3	29907	29917	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_001675	TAAT	3	30688	30699	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	11467306
59	NC_001675	TAA	4	31459	31469	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11467306
60	NC_001675	CAA	4	31716	31727	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	11467306
61	NC_001675	AATTT	3	31930	31944	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
62	NC_001675	ATAA	3	32468	32479	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	11467307
63	NC_001675	TA	9	32749	32765	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
64	NC_001675	AAAT	3	32787	32798	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_001675	AAAT	3	33206	33217	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_001675	AAT	4	34843	34855	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
67	NC_001675	GAA	4	35114	35125	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11467311
68	NC_001675	AAAG	3	35358	35368	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	11467311
69	NC_001675	AATTT	3	36023	36036	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
70	NC_001675	TATT	3	36149	36161	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	11467312
71	NC_001675	TAA	4	36262	36273	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
72	NC_001675	TA	8	36314	36329	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
73	NC_001675	CAAA	3	36701	36712	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	11467313
74	NC_001675	AT	16	37162	37194	33	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
75	NC_001675	AAGC	3	37637	37647	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	11467314
76	NC_001675	TA	7	38488	38501	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
77	NC_001675	AGT	4	38774	38786	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	11467316
78	NC_001675	ATTA	3	38918	38929	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
79	NC_001675	TAT	4	38946	38957	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_001675	AATA	3	40053	40063	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	11467318
81	NC_001675	ATT	4	40176	40187	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_001675	AAAT	3	40315	40325	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_001675	ATTT	3	40348	40358	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_001675	TA	8	41187	41201	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
85	NC_001675	CTTT	3	41510	41520	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
86	NC_001675	TTTTTA	3	41762	41780	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
87	NC_001675	GAAA	3	42813	42823	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	11467320
88	NC_001675	AT	12	42987	43008	22	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_001675	TTTA	3	43978	43990	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
90	NC_001675	AT	11	44618	44638	21	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
91	NC_001675	AAATTA	3	44708	44726	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
92	NC_001675	AGT	4	44877	44887	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
93	NC_001675	T	17	44894	44910	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
94	NC_001675	TAAT	7	45469	45495	27	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	11467328
95	NC_001675	TAA	4	45717	45728	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11467328
96	NC_001675	TC	6	46853	46864	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
97	NC_001675	AGC	4	47331	47341	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	11467329
98	NC_001675	AAAT	3	47534	47544	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	11467329
99	NC_001675	CAG	4	47782	47793	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	11467329
100	NC_001675	AATT	3	48784	48795	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	11467330
101	NC_001675	CTTT	3	49514	49525	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
102	NC_001675	GCA	4	50319	50330	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	11467332
103	NC_001675	CTT	4	51377	51387	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	11467334
104	NC_001675	ATTA	3	52285	52295	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	11467336
105	NC_001675	GTT	4	53239	53249	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	11467338
106	NC_001675	AATT	3	53322	53333	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
107	NC_001675	CAA	4	53765	53776	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	11467339
108	NC_001675	CAC	4	54868	54879	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	11467342
109	NC_001675	AAAT	3	56331	56342	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
110	NC_001675	ACAA	3	56754	56764	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
111	NC_001675	GGT	4	56896	56907	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	11467345
112	NC_001675	AATT	3	57006	57017	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	11467345
113	NC_001675	CAA	4	57182	57192	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	11467346
114	NC_001675	TTTA	3	57318	57328	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
115	NC_001675	TTTA	3	57404	57414	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
116	NC_001675	AGCAAC	3	57752	57769	18	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	5 %	11467347
117	NC_001675	TAA	4	57963	57974	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
118	NC_001675	TAA	8	58021	58044	24	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
119	NC_001675	GA	6	58048	58059	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
120	NC_001675	TAAA	3	58256	58267	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_001675	TA	7	58483	58498	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
122	NC_001675	TTAAA	4	58504	58523	20	60 %	40 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
123	NC_001675	ATTTTT	4	59265	59290	26	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
124	NC_001675	T	12	61938	61949	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
125	NC_001675	AGA	4	62118	62128	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	11467353
126	NC_001675	AAT	4	62875	62885	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11467354
127	NC_001675	AT	12	63068	63093	26	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
128	NC_001675	TAAA	3	63132	63143	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
129	NC_001675	TA	9	63218	63235	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
130	NC_001675	TA	7	63238	63251	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
131	NC_001675	TAAA	3	63795	63805	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	11467355
132	NC_001675	ATT	4	64065	64076	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
133	NC_001675	AATA	3	64366	64376	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
134	NC_001675	TTC	4	65132	65143	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11467357
135	NC_001675	ATT	4	65702	65713	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11467357
136	NC_001675	CTTG	3	66004	66014	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	11467358
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138	NC_001675	TAAT	3	66739	66751	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
139	NC_001675	T	16	69057	69072	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	11467362
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142	NC_001675	TAAATT	3	69738	69756	19	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	11467363
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148	NC_001675	TAAG	3	74086	74096	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	11467369
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150	NC_001675	TAAA	3	75110	75120	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
151	NC_001675	TACT	3	75754	75766	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	11467371
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157	NC_001675	CTTT	3	78224	78235	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	11467371
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164	NC_001675	AATA	4	84613	84628	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
165	NC_001675	AT	19	84832	84867	36	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
166	NC_001675	AAAT	3	85151	85162	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
167	NC_001675	TA	6	85206	85216	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
168	NC_001675	TAA	4	85727	85738	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
169	NC_001675	AT	26	86117	86170	54	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
170	NC_001675	T	12	86335	86346	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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174	NC_001675	TC	6	87218	87229	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
175	NC_001675	TTA	4	87340	87351	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11467377
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180	NC_001675	TAT	4	88143	88154	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
181	NC_001675	ATA	4	88910	88921	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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184	NC_001675	TAT	4	89102	89113	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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190	NC_001675	ATTA	5	90364	90383	20	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
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246	NC_001675	TAA	4	119518	119529	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11467410
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248	NC_001675	AATT	3	119972	119982	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	11467411
249	NC_001675	CTTTT	3	120199	120213	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
250	NC_001675	ACAA	3	120756	120767	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	11467412
251	NC_001675	TTTA	3	121622	121633	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
252	NC_001675	AT	6	121641	121651	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
253	NC_001675	ATT	7	121777	121797	21	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
254	NC_001675	TAT	9	121800	121825	26	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
255	NC_001675	TAT	5	121914	121927	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
256	NC_001675	AT	7	122010	122025	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
257	NC_001675	AT	7	122343	122355	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
258	NC_001675	AAT	4	122479	122489	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11467414
259	NC_001675	GCT	4	122614	122625	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	11467414
260	NC_001675	AAAAT	3	122938	122951	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	11467414
261	NC_001675	A	15	123256	123270	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
262	NC_001675	AAAT	3	123832	123842	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	11467415
263	NC_001675	TAA	4	124496	124507	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	11467416
264	NC_001675	AAAT	3	125381	125392	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	11467417
265	NC_001675	ATTT	3	125444	125454	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	11467417
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292	NC_001675	T	12	135588	135599	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Cyanophora paradoxa cyanelle