ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Pinus thunbergii chloroplast

Click on Table Heading To Sort Results Accordingly

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_001631	T	17	1289	1305	17	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_001631	GATG	3	1540	1552	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
3	NC_001631	ATC	4	2067	2077	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	7524595
4	NC_001631	AGA	4	2279	2290	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	7524595
5	NC_001631	TCTA	3	3382	3392	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
6	NC_001631	ATGA	3	4280	4291	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_001631	AAT	4	4576	4587	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	7524596
8	NC_001631	CCTT	3	6146	6156	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	7524597
9	NC_001631	CTA	4	6219	6229	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	7524597
10	NC_001631	ATGT	3	6896	6906	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_001631	TTCGA	3	6959	6972	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
12	NC_001631	CTTT	3	7219	7229	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
13	NC_001631	GA	6	7894	7905	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_001631	A	12	9434	9445	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	7524605
15	NC_001631	TTTA	3	10178	10188	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	7524606
16	NC_001631	TGT	4	12321	12332	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	7524607
17	NC_001631	ATTT	3	12874	12886	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	7524607
18	NC_001631	AAGGA	3	12941	12955	15	60 %	0 %	40 %	0 %	6 %	7524607
19	NC_001631	AAAT	3	15137	15148	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	7524611
20	NC_001631	TTTTA	3	15223	15236	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	7524611
21	NC_001631	TA	6	19034	19045	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	7524613
22	NC_001631	CAT	4	20259	20269	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	7524614
23	NC_001631	TCT	4	21268	21278	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	7524614
24	NC_001631	CTT	4	21833	21843	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	7524614
25	NC_001631	TGCTT	3	21906	21919	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	7524614
26	NC_001631	GTT	4	22684	22695	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	7524614
27	NC_001631	A	14	26106	26119	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_001631	ATGA	3	26172	26183	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_001631	ATCC	3	26418	26428	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
30	NC_001631	CTT	5	27582	27595	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	7524621
31	NC_001631	A	12	30277	30288	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	7524626
32	NC_001631	AATTC	3	31690	31704	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	7524627
33	NC_001631	GTT	4	31896	31906	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	7524627
34	NC_001631	GAAAGA	3	32773	32790	18	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	5 %	7524627
35	NC_001631	AT	7	32989	33001	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	7524627
36	NC_001631	TAGA	3	33074	33084	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	7524627
37	NC_001631	AGA	4	36208	36218	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	7524627
38	NC_001631	T	13	36567	36579	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	7524627
39	NC_001631	TAA	4	37166	37177	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	7524627
40	NC_001631	TCT	4	39207	39218	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	7524627
41	NC_001631	TGTATA	4	40596	40619	24	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	8 %	7524627
42	NC_001631	AT	7	40639	40651	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	7524627
43	NC_001631	TTTA	3	41453	41464	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	7524627
44	NC_001631	AAT	4	41660	41670	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	7524627
45	NC_001631	AT	6	42877	42888	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	7524627
46	NC_001631	GATA	3	42908	42919	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	7524627
47	NC_001631	ATTT	3	45032	45042	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	7524627
48	NC_001631	T	18	45071	45088	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	7524627
49	NC_001631	GGA	4	45738	45749	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	7524627
50	NC_001631	TATTTT	3	48248	48265	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	7524627
51	NC_001631	GAAA	3	48878	48889	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	7524627
52	NC_001631	ATA	4	49223	49233	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	7524627
53	NC_001631	GAAA	3	49691	49701	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	7524627
54	NC_001631	TCATAT	3	50077	50094	18	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	7524627
55	NC_001631	TC	6	50851	50861	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	7524627
56	NC_001631	AG	6	50868	50878	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	7524627
57	NC_001631	GAAG	3	50913	50924	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	7524627
58	NC_001631	TCTA	3	51050	51061	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	7524627
59	NC_001631	TC	6	51823	51834	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	7524627
60	NC_001631	GATCC	3	52559	52572	14	20 %	20 %	20 %	40 %	7 %	7524627
61	NC_001631	ATTC	3	52844	52855	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	7524627
62	NC_001631	AAT	4	56982	56992	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	7524627
63	NC_001631	AATTC	3	58931	58944	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	7524627
64	NC_001631	TA	6	59664	59674	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	7524627
65	NC_001631	TCGT	3	61292	61302	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	7524627
66	NC_001631	ATA	4	62432	62443	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	7524627
67	NC_001631	CT	6	62611	62621	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	7524627
68	NC_001631	CTT	5	63664	63677	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	7524627
69	NC_001631	T	12	63771	63782	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	7524627
70	NC_001631	TC	7	64526	64538	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	7524627
71	NC_001631	TAT	4	64705	64715	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	7524627
72	NC_001631	AATT	3	64880	64890	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	7524627
73	NC_001631	TAT	4	65645	65655	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	7524627
74	NC_001631	TTC	4	68065	68075	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	7524627
75	NC_001631	AAAT	3	68312	68323	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	7524627
76	NC_001631	TTCT	4	69481	69495	15	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	7524627
77	NC_001631	T	16	71987	72002	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	7524627
78	NC_001631	AT	9	73493	73510	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	7524627
79	NC_001631	TTC	4	78310	78321	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	7524627
80	NC_001631	AGA	4	78485	78495	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	7524627
81	NC_001631	AT	6	79175	79186	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	7524627
82	NC_001631	AATT	3	79259	79269	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	7524627
83	NC_001631	CT	6	79942	79952	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	7524627
84	NC_001631	A	14	79987	80000	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	7524627
85	NC_001631	CTG	4	80204	80215	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	7524627
86	NC_001631	GAA	4	80250	80261	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	7524627
87	NC_001631	TTTC	3	81100	81111	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	7524627
88	NC_001631	GATC	3	82756	82767	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	7524627
89	NC_001631	TC	6	82966	82976	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	7524627
90	NC_001631	TTC	4	83080	83091	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	7524627
91	NC_001631	ATCC	3	86521	86532	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	7524627
92	NC_001631	GTTG	3	87184	87195	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	7524627
93	NC_001631	TTA	4	87305	87316	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	7524627
94	NC_001631	T	14	87314	87327	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	7524627
95	NC_001631	GAGG	3	89792	89803	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	7524627
96	NC_001631	AGGT	3	90000	90011	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	7524627
97	NC_001631	CTAT	3	91395	91406	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	7524627
98	NC_001631	AACC	3	91624	91636	13	50 %	0 %	0 %	50 %	7 %	7524627
99	NC_001631	TCA	4	92382	92392	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	7524627
100	NC_001631	TGG	4	93738	93749	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	7524627
101	NC_001631	AGA	4	94155	94166	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	7524627
102	NC_001631	AATTGG	3	94310	94328	19	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10 %	7524627
103	NC_001631	AT	6	95358	95368	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	7524627
104	NC_001631	AT	6	95476	95486	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	7524627
105	NC_001631	GAA	4	99880	99891	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	7524627
106	NC_001631	ATGG	3	100434	100445	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	7524627
107	NC_001631	A	13	100842	100854	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	7524627
108	NC_001631	TCTGT	3	100901	100914	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	7524627
109	NC_001631	TTCT	3	101081	101091	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	7524627
110	NC_001631	TTCT	3	101454	101464	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	7524627
111	NC_001631	TCCA	3	104932	104943	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	7524627
112	NC_001631	ATT	4	106537	106548	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	7524627
113	NC_001631	AGA	4	106904	106916	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	7524627
114	NC_001631	ATA	4	107051	107061	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	7524627
115	NC_001631	TTCA	3	107665	107676	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	7524627
116	NC_001631	TAA	4	107765	107775	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	7524627
117	NC_001631	TA	6	107833	107843	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	7524627
118	NC_001631	TTGA	3	108164	108174	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	7524627
119	NC_001631	TAC	4	108203	108213	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	7524627
120	NC_001631	TCA	4	109028	109038	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	7524627
121	NC_001631	GTA	4	109827	109838	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	7524627
122	NC_001631	A	12	110074	110085	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	7524627
123	NC_001631	AAAG	3	110312	110323	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	7524627
124	NC_001631	TCTA	3	111041	111052	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
125	NC_001631	AAAG	3	111142	111152	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
126	NC_001631	AT	6	111894	111905	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_001631	TGAG	3	114687	114699	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	7524751
128	NC_001631	TCTTCC	6	115070	115105	36	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	7524751
129	NC_001631	TCAA	3	116602	116612	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	7524751
130	NC_001631	ATTTT	3	117792	117806	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	7524751
131	NC_001631	TTGA	3	118518	118528	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	7524751
132	NC_001631	TAC	4	118557	118567	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	7524751
133	NC_001631	TCT	4	118764	118775	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	7524751

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Pinus thunbergii chloroplast