ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Epifagus virginiana chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_001568	TAAT	6	319	341	23	50 %	50 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
2	NC_001568	TAA	4	439	450	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_001568	AGTAC	3	756	769	14	40 %	20 %	20 %	20 %	7 %	11466955
4	NC_001568	TAA	5	1473	1487	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	11466955
5	NC_001568	AATT	3	1721	1732	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	11466955
6	NC_001568	A	12	1779	1790	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	11466955
7	NC_001568	T	14	2106	2119	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_001568	TAAA	3	2574	2585	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_001568	TAG	4	2865	2876	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_001568	ATCA	3	3618	3628	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	11466956
11	NC_001568	TAAA	3	3859	3869	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_001568	AT	6	4158	4168	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_001568	TATAAT	3	4297	4313	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
14	NC_001568	TTTA	3	4943	4954	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_001568	TAT	5	5031	5044	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_001568	AG	6	5057	5067	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_001568	ACG	4	5658	5669	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	11466957
18	NC_001568	ATA	4	5968	5980	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
19	NC_001568	ATTT	3	6165	6176	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_001568	TTAT	3	6273	6284	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_001568	CTAAA	4	6963	6983	21	60 %	20 %	0 %	20 %	9 %	Non-Coding
22	NC_001568	TAA	4	7251	7261	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_001568	TAT	4	7525	7535	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_001568	TA	7	7545	7559	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
25	NC_001568	TTA	4	8200	8210	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_001568	ATTT	3	8492	8503	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	11466959
27	NC_001568	AGCA	3	9821	9832	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
28	NC_001568	A	13	10153	10165	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_001568	AAAT	3	10269	10279	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_001568	GAAA	3	10995	11006	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11466960
31	NC_001568	TA	8	11057	11071	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
32	NC_001568	AAAT	3	11398	11408	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	11466961
33	NC_001568	T	12	11532	11543	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_001568	TAA	5	12005	12018	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
35	NC_001568	GATAA	3	12196	12209	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
36	NC_001568	TATT	4	12490	12505	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
37	NC_001568	ATTT	3	12557	12567	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
38	NC_001568	ATT	4	12909	12921	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	11466974
39	NC_001568	A	12	12962	12973	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	11466974
40	NC_001568	AT	12	12978	13000	23	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	11466974
41	NC_001568	ATTT	3	13489	13499	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	11466974
42	NC_001568	ATAA	3	13958	13969	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	11466974
43	NC_001568	TAAT	3	14474	14484	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	11466974
44	NC_001568	A	13	14807	14819	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	11466974
45	NC_001568	TTTA	3	14865	14877	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	11466974
46	NC_001568	ATA	4	15265	15275	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11466974
47	NC_001568	AT	8	15368	15383	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	11466974
48	NC_001568	TAT	5	16033	16047	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	11466974
49	NC_001568	TAGA	3	16382	16392	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	11466974
50	NC_001568	TAATT	3	16957	16970	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	11466974
51	NC_001568	ATAA	5	17007	17027	21	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	11466974
52	NC_001568	AAAT	3	17466	17476	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	11466974
53	NC_001568	TAT	5	17980	17995	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	11466974
54	NC_001568	CTTT	3	18410	18420	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	11466974
55	NC_001568	AATT	3	18710	18720	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	11466974
56	NC_001568	TA	9	19542	19558	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	11466974
57	NC_001568	T	15	19769	19783	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	11466974
58	NC_001568	CTT	4	19973	19984	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11466974
59	NC_001568	GAT	4	20440	20450	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	11466974
60	NC_001568	AT	7	20463	20475	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	11466974
61	NC_001568	TACT	3	21758	21768	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	11466974
62	NC_001568	AAAT	3	22334	22344	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	11466974
63	NC_001568	TTTAT	3	22687	22701	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	11466974
64	NC_001568	AAATAT	3	23160	23178	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	11466974
65	NC_001568	TATT	3	23805	23816	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	11466974
66	NC_001568	TACACC	3	23848	23866	19	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	10 %	11466974
67	NC_001568	ATT	4	25016	25026	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	11466974
68	NC_001568	AAAT	3	25600	25611	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	11466974
69	NC_001568	CTT	4	25897	25908	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11466974
70	NC_001568	TGA	4	26379	26390	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	11466974
71	NC_001568	TAT	4	27150	27161	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11466974
72	NC_001568	ATT	4	27626	27637	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11466974
73	NC_001568	CCAA	3	28906	28917	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	11466974
74	NC_001568	AATTA	3	29335	29348	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	11466974
75	NC_001568	TA	8	29612	29627	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	11466974
76	NC_001568	TA	7	29745	29757	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	11466974
77	NC_001568	AATA	4	29892	29906	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	11466974
78	NC_001568	TTAT	3	31314	31324	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	11466974
79	NC_001568	TA	12	32337	32362	26	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	59374957
80	NC_001568	T	12	32796	32807	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	59374957
81	NC_001568	TTTG	3	33164	33174	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	59374957
82	NC_001568	GAA	4	34055	34066	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	59374957
83	NC_001568	TATTCT	3	35400	35416	17	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	59374957
84	NC_001568	AGGT	3	38804	38815	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	59374957
85	NC_001568	TAAG	3	39911	39921	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	59374957
86	NC_001568	T	15	40874	40888	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	59374957
87	NC_001568	TA	6	41636	41647	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	59374957
88	NC_001568	AAAAT	3	41692	41705	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	59374957
89	NC_001568	GGAA	3	41880	41890	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	59374957
90	NC_001568	AAAT	3	42653	42663	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	59374957
91	NC_001568	TA	7	42867	42880	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	59374957
92	NC_001568	T	12	43223	43234	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	59374957
93	NC_001568	TATT	3	43257	43267	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	59374957
94	NC_001568	GTTT	3	43269	43279	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	59374957
95	NC_001568	ATT	5	43971	43984	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	59374957
96	NC_001568	TAT	4	44137	44148	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	59374957
97	NC_001568	ATTT	4	44829	44844	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	59374957
98	NC_001568	ATT	4	44922	44933	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	59374957
99	NC_001568	T	15	45185	45199	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	59374957
100	NC_001568	TTCTT	4	45738	45756	19	0 %	80 %	0 %	20 %	5 %	59374957
101	NC_001568	A	13	45860	45872	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	59374957
102	NC_001568	T	13	45875	45887	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	59374957
103	NC_001568	TTCC	3	47938	47948	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	59374957
104	NC_001568	TTTTA	3	48119	48132	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	59374957
105	NC_001568	AT	8	48182	48196	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	59374957
106	NC_001568	AATT	3	48687	48697	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	59374957
107	NC_001568	ATTT	3	48791	48802	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	59374957
108	NC_001568	CTTA	3	49907	49917	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	59374957
109	NC_001568	CTTA	3	52693	52703	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	59374957
110	NC_001568	TAAA	3	52714	52724	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	59374957
111	NC_001568	TTTCC	3	53179	53192	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	59374957
112	NC_001568	AGAATA	3	54412	54428	17	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	59374957
113	NC_001568	A	13	57023	57035	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	59374957
114	NC_001568	AT	11	57462	57483	22	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	59374957
115	NC_001568	AATA	3	57484	57495	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	59374957
116	NC_001568	TATT	4	59922	59936	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
117	NC_001568	TA	7	60071	60083	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
118	NC_001568	TA	8	60205	60220	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
119	NC_001568	TTAAT	3	60479	60492	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
120	NC_001568	ATCT	3	60530	60542	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
121	NC_001568	TTGT	3	60907	60918	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
122	NC_001568	TCCT	3	61072	61083	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
123	NC_001568	TAA	4	62190	62201	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11466978
124	NC_001568	TATT	3	62605	62617	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	11466978
125	NC_001568	TCA	4	62955	62966	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	11466978
126	NC_001568	CAA	4	63916	63927	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	11466978
127	NC_001568	TAA	4	64801	64811	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11466978
128	NC_001568	AAAT	4	66011	66026	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	11466978
129	NC_001568	ATATTT	3	66650	66668	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	11466978
130	NC_001568	TTTG	3	66928	66938	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	11466978
131	NC_001568	ACAT	3	67998	68009	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
132	NC_001568	AGTA	3	68060	68070	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
133	NC_001568	ACAT	3	68316	68328	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
134	NC_001568	AT	7	69353	69365	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	11466979
135	NC_001568	ATC	4	69378	69388	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	11466979
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137	NC_001568	AAAT	3	69858	69869	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	11466979
138	NC_001568	AATA	3	69949	69959	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Epifagus virginiana chloroplast