ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Oryza sativa Japonica Group plastid

Click on Table Heading To Sort Results Accordingly

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_001320	CAG	4	675	686	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	11466764
2	NC_001320	GAA	4	8458	8469	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11466769
3	NC_001320	TTG	4	10766	10776	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	11466771
4	NC_001320	ATT	4	16054	16066	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
5	NC_001320	TAT	4	16937	16947	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_001320	CTA	4	18751	18762	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
7	NC_001320	ATT	4	18853	18863	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_001320	AGA	4	19842	19853	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11466777
9	NC_001320	AAC	4	22495	22506	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	11466778
10	NC_001320	AAT	4	24183	24194	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	11466778
11	NC_001320	GAG	4	26759	26769	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	11466779
12	NC_001320	GAA	4	27640	27651	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11466779
13	NC_001320	ATT	4	29425	29437	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
14	NC_001320	AGA	4	29908	29918	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	11466780
15	NC_001320	GTT	5	31101	31115	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	11466781
16	NC_001320	TGC	4	32053	32064	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	11466782
17	NC_001320	TAG	5	35755	35769	15	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
18	NC_001320	TCC	4	36706	36717	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
19	NC_001320	ATG	4	38142	38152	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	11466786
20	NC_001320	GCA	4	40040	40051	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	11466787
21	NC_001320	AAC	4	53835	53846	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
22	NC_001320	GAA	4	58288	58300	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	11466801
23	NC_001320	GAA	4	58304	58314	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	11466801
24	NC_001320	TTC	4	60468	60479	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11466803
25	NC_001320	ATA	4	62830	62840	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_001320	AAG	4	64209	64221	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
27	NC_001320	TTC	5	65110	65124	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
28	NC_001320	TAA	4	71445	71456	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11466871
29	NC_001320	AGA	4	74296	74307	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11466871
30	NC_001320	TAT	4	75353	75363	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	11466871
31	NC_001320	TCT	4	80517	80530	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	11466871
32	NC_001320	TTC	4	81621	81631	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	11466871
33	NC_001320	TTA	4	84524	84534	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	11466871
34	NC_001320	ATA	4	87321	87331	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11466871
35	NC_001320	TAC	4	89142	89153	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	11466871
36	NC_001320	AAG	4	102789	102800	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	59593535
37	NC_001320	TTG	4	103538	103549	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	59593535
38	NC_001320	CAA	4	107862	107872	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	59593535
39	NC_001320	TAT	5	108670	108683	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	59593535
40	NC_001320	TAA	4	113994	114004	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	59593535
41	NC_001320	GTA	4	125965	125976	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	59593535
42	NC_001320	ATA	4	130583	130593	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11466863

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Oryza sativa Japonica Group plastid