ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Oryza sativa Japonica Group plastid

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_001320	CAG	4	675	686	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	11466764
2	NC_001320	AAGT	3	781	791	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	11466764
3	NC_001320	TCTTT	3	2574	2588	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	126022817
4	NC_001320	AG	6	3223	3234	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_001320	A	17	3536	3552	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
6	NC_001320	CATT	3	3699	3710	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
7	NC_001320	TAAA	4	4152	4167	16	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_001320	TTTA	3	4466	4477	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_001320	TCTCT	3	4650	4663	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	11466766
10	NC_001320	ATAA	3	5328	5338	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	11466766
11	NC_001320	CTTA	3	5374	5386	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	11466766
12	NC_001320	TTTAA	3	5919	5932	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_001320	TTGAC	3	6453	6467	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
14	NC_001320	TTCT	3	8038	8048	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
15	NC_001320	TTTA	3	8209	8219	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_001320	GAA	4	8458	8469	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11466769
17	NC_001320	GAAA	3	10361	10372	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11466771
18	NC_001320	TA	6	10460	10470	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	11466771
19	NC_001320	TTG	4	10766	10776	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	11466771
20	NC_001320	ACAAA	3	11438	11451	14	80 %	0 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
21	NC_001320	AG	6	11503	11513	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_001320	CGTAG	3	12327	12340	14	20 %	20 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
23	NC_001320	CCCA	3	12775	12786	12	25 %	0 %	0 %	75 %	8 %	Non-Coding
24	NC_001320	AATCT	3	13242	13255	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
25	NC_001320	TTTG	3	13536	13546	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_001320	CTTT	3	15220	15231	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_001320	ATT	4	16054	16066	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
28	NC_001320	GTAT	3	16133	16143	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_001320	TAT	4	16937	16947	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_001320	TTTC	3	16999	17009	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
31	NC_001320	AAAG	3	17093	17104	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_001320	TAAGAA	4	17180	17203	24	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
33	NC_001320	TTTCTA	3	17334	17352	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
34	NC_001320	TTTCTA	3	17356	17372	17	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
35	NC_001320	TAGAAA	3	17378	17395	18	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_001320	CTA	4	18751	18762	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
37	NC_001320	ATT	4	18853	18863	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
38	NC_001320	TTTC	3	19816	19828	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	11466777
39	NC_001320	AGA	4	19842	19853	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11466777
40	NC_001320	AAC	4	22495	22506	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	11466778
41	NC_001320	AAT	4	24183	24194	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	11466778
42	NC_001320	GAG	4	26759	26769	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	11466779
43	NC_001320	GAA	4	27640	27651	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11466779
44	NC_001320	GCGA	3	28857	28869	13	25 %	0 %	50 %	25 %	7 %	11466779
45	NC_001320	TTAA	3	29375	29386	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_001320	ATT	4	29425	29437	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
47	NC_001320	GAAA	3	29468	29480	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
48	NC_001320	GAAAA	3	29503	29516	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
49	NC_001320	AGA	4	29908	29918	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	11466780
50	NC_001320	AT	6	30367	30377	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_001320	GTT	5	31101	31115	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	11466781
52	NC_001320	AT	6	31578	31588	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
53	NC_001320	TGC	4	32053	32064	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	11466782
54	NC_001320	CTTT	3	32320	32330	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
55	NC_001320	CATTTT	3	33365	33383	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	11466783
56	NC_001320	AAAG	3	33608	33618	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	11466783
57	NC_001320	TAG	5	35755	35769	15	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
58	NC_001320	TTTC	3	35949	35959	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
59	NC_001320	CT	6	36588	36598	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	11466785
60	NC_001320	TCC	4	36706	36717	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
61	NC_001320	ATG	4	38142	38152	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	11466786
62	NC_001320	AAGA	3	39236	39247	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11466787
63	NC_001320	GCA	4	40040	40051	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	11466787
64	NC_001320	TG	6	40077	40087	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	11466787
65	NC_001320	CTAG	3	40179	40191	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	11466787
66	NC_001320	ATCA	3	42192	42202	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	11466788
67	NC_001320	AAGA	3	42344	42354	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	11466788
68	NC_001320	A	14	43899	43912	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
69	NC_001320	AACA	3	44666	44676	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
70	NC_001320	TA	6	45582	45592	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_001320	ATCTTA	3	45853	45871	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
72	NC_001320	AT	7	46092	46104	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
73	NC_001320	TTTTG	3	46179	46193	15	0 %	80 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
74	NC_001320	TTGA	3	46591	46603	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_001320	CAGA	3	48164	48174	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	11466790
76	NC_001320	T	14	49274	49287	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
77	NC_001320	TAGG	4	51286	51301	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	Non-Coding
78	NC_001320	AATT	3	53430	53441	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
79	NC_001320	AAC	4	53835	53846	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
80	NC_001320	AATA	4	55765	55781	17	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
81	NC_001320	AAAG	3	56375	56385	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_001320	GAA	4	58288	58300	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	11466801
83	NC_001320	GAA	4	58304	58314	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	11466801
84	NC_001320	TTCT	3	59451	59462	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
85	NC_001320	ATTC	3	59482	59492	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
86	NC_001320	TTC	4	60468	60479	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11466803
87	NC_001320	TCTT	3	60874	60884	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
88	NC_001320	ATA	4	62830	62840	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_001320	TTGAA	3	63623	63637	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	11466808
90	NC_001320	TTCT	3	63703	63714	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
91	NC_001320	AAG	4	64209	64221	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
92	NC_001320	GAAA	3	64904	64914	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
93	NC_001320	TATT	3	65057	65067	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
94	NC_001320	TTC	5	65110	65124	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
95	NC_001320	GAAA	3	65384	65395	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11466811
96	NC_001320	AGAA	3	68356	68367	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	11466871
97	NC_001320	AAAG	3	68497	68507	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	11466871
98	NC_001320	TAA	4	71445	71456	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11466871
99	NC_001320	TTTA	4	71703	71718	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	11466871
100	NC_001320	AT	6	72722	72732	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	11466871
101	NC_001320	TTTTAT	3	74264	74282	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	10 %	11466871
102	NC_001320	AGA	4	74296	74307	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11466871
103	NC_001320	TAT	4	75353	75363	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	11466871
104	NC_001320	ATTT	3	75932	75943	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	11466871
105	NC_001320	A	16	76221	76236	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	11466871
106	NC_001320	T	12	76527	76538	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	11466871
107	NC_001320	ATTT	3	77213	77223	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	11466871
108	NC_001320	T	17	78412	78428	17	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	11466871
109	NC_001320	TCT	4	80517	80530	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	11466871
110	NC_001320	T	15	80599	80613	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	11466871
111	NC_001320	AGAAT	3	80993	81006	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	11466871
112	NC_001320	AATG	3	81007	81017	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	11466871
113	NC_001320	TTC	4	81621	81631	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	11466871
114	NC_001320	TTA	4	84524	84534	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	11466871
115	NC_001320	ATA	4	87321	87331	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11466871
116	NC_001320	TTTGTT	3	88245	88263	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	11466871
117	NC_001320	TTCT	3	88384	88394	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	11466871
118	NC_001320	TAC	4	89142	89153	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	11466871
119	NC_001320	AAAC	3	93274	93286	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	59593535
120	NC_001320	ATCC	3	93406	93417	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	59593535
121	NC_001320	CTAT	3	93793	93804	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	59593535
122	NC_001320	ACGG	3	96662	96673	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	59593535
123	NC_001320	AGGT	3	96945	96956	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	59593535
124	NC_001320	AACG	3	98267	98278	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	59593535
125	NC_001320	AAAG	4	99595	99610	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	59593535
126	NC_001320	GAAT	3	101203	101213	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	59593535
127	NC_001320	AAGG	3	101215	101226	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	59593535
128	NC_001320	AAG	4	102789	102800	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	59593535
129	NC_001320	TTG	4	103538	103549	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	59593535
130	NC_001320	AATA	3	103743	103754	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	59593535
131	NC_001320	CAA	4	107862	107872	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	59593535
132	NC_001320	AAAT	3	108638	108648	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	59593535
133	NC_001320	TAT	5	108670	108683	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	59593535
134	NC_001320	TAAC	3	112067	112078	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	59593535
135	NC_001320	TC	6	113474	113485	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	59593535
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139	NC_001320	CTTT	4	115508	115523	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	59593535
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155	NC_001320	A	14	134510	134523	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Oryza sativa Japonica Group plastid