ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Arabidopsis thaliana mitochondrion

Click on Table Heading To Sort Results Accordingly

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_001284	TTCT	3	2934	2945	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_001284	TCCA	3	4340	4351	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
3	NC_001284	TCCC	3	5360	5370	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	Non-Coding
4	NC_001284	TCAT	3	7877	7888	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
5	NC_001284	AGTC	3	8002	8013	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
6	NC_001284	TCCA	3	11758	11768	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
7	NC_001284	AAAG	3	12246	12256	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_001284	ATAG	3	12873	12883	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
9	NC_001284	TTCC	3	15301	15311	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
10	NC_001284	ATGA	3	18348	18359	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
11	NC_001284	AAAG	3	19934	19944	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_001284	GTAG	3	21013	21024	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	13449295
13	NC_001284	AATG	3	26936	26947	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	13449295
14	NC_001284	GGGC	3	27613	27623	11	0 %	0 %	75 %	25 %	9 %	13449295
15	NC_001284	ACTC	3	29844	29858	15	25 %	25 %	0 %	50 %	6 %	13449295
16	NC_001284	TGAA	3	30429	30441	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	13449295
17	NC_001284	TTTG	3	31183	31194	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	13449295
18	NC_001284	GATT	3	40523	40534	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	13449295
19	NC_001284	GAAA	3	41064	41075	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	13449295
20	NC_001284	ATCT	3	43103	43113	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	13449295
21	NC_001284	ACTT	4	45719	45734	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	13449295
22	NC_001284	AAGA	3	46912	46924	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	13449295
23	NC_001284	TCGT	3	56012	56023	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	13449295
24	NC_001284	AACA	3	71531	71542	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	13449295
25	NC_001284	AAAT	3	71550	71560	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	13449295
26	NC_001284	GAAT	3	73635	73646	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	13449295
27	NC_001284	ACTT	3	76167	76177	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	13449295
28	NC_001284	CTAA	3	83920	83931	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	13449314
29	NC_001284	CTTT	4	84657	84672	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	13449314
30	NC_001284	CTTC	3	85260	85272	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	13449314
31	NC_001284	AAAG	3	85567	85579	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	13449314
32	NC_001284	AAGC	3	87699	87710	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	13449314
33	NC_001284	AAGA	4	87954	87969	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	13449314
34	NC_001284	ATTT	3	88114	88125	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	13449314
35	NC_001284	TCTT	3	88256	88267	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	13449314
36	NC_001284	GAAG	3	91653	91664	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	13449314
37	NC_001284	GGTT	3	92405	92416	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	13449314
38	NC_001284	GTAA	3	92436	92447	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	13449314
39	NC_001284	TTTC	3	95533	95543	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	13449314
40	NC_001284	ATGC	3	95732	95743	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	13449314
41	NC_001284	GAAA	3	96915	96926	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	13449314
42	NC_001284	TACA	3	98104	98115	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	13449314
43	NC_001284	AAAC	3	98636	98648	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	13449314
44	NC_001284	AAGA	3	98942	98954	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	13449314
45	NC_001284	CTTT	3	98998	99008	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	13449314
46	NC_001284	GTTT	3	103988	103999	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	13449314
47	NC_001284	GCAG	3	104415	104425	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	13449314
48	NC_001284	GAAG	3	107231	107242	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	13449314
49	NC_001284	TTCT	4	108690	108705	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	13449314
50	NC_001284	CTTT	3	110385	110397	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	13449314
51	NC_001284	TTCC	3	111221	111231	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	13449314
52	NC_001284	AATC	3	111734	111745	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	13449314
53	NC_001284	AGAA	3	113692	113703	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	13449314
54	NC_001284	CTTA	3	118167	118177	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	13449314
55	NC_001284	AATC	3	118394	118405	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	13449314
56	NC_001284	AGAA	3	119582	119593	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	13449314
57	NC_001284	ACAG	3	120405	120416	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	13449314
58	NC_001284	AAAG	3	120433	120443	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	13449314
59	NC_001284	TCAT	3	122386	122397	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	13449314
60	NC_001284	CAAA	6	123502	123523	22	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	13449314
61	NC_001284	CCTG	4	126674	126688	15	0 %	25 %	25 %	50 %	6 %	13449314
62	NC_001284	CTAG	3	128001	128011	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	13449314
63	NC_001284	AATC	3	129892	129903	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	13449314
64	NC_001284	ATTC	3	130385	130396	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	13449314
65	NC_001284	AAAG	3	131653	131664	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	13449314
66	NC_001284	TGGC	3	136406	136416	11	0 %	25 %	50 %	25 %	9 %	13449314
67	NC_001284	CTTT	3	137838	137848	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	13449314
68	NC_001284	AAGA	3	139138	139149	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	13449314
69	NC_001284	GAAA	3	139214	139224	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	13449314
70	NC_001284	TTTA	3	139443	139454	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	13449314
71	NC_001284	CGGC	3	140106	140117	12	0 %	0 %	50 %	50 %	0 %	13449314
72	NC_001284	AGTG	3	143054	143065	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	13449314
73	NC_001284	AGAA	3	143367	143379	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	13449314
74	NC_001284	TCAT	4	143733	143748	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	13449314
75	NC_001284	AAGG	3	144078	144088	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	13449314
76	NC_001284	GATC	3	146045	146055	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	13449314
77	NC_001284	ATGA	3	147180	147192	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	13449314
78	NC_001284	TGAC	3	149394	149405	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	13449314
79	NC_001284	ATTT	3	151935	151946	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	13449314
80	NC_001284	CTGT	3	153380	153391	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	13449314
81	NC_001284	TAGG	4	159336	159351	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	13449314
82	NC_001284	TCAT	3	159747	159758	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	13449314
83	NC_001284	TCAT	3	161080	161091	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	13449314
84	NC_001284	ACCC	3	161566	161577	12	25 %	0 %	0 %	75 %	8 %	13449314
85	NC_001284	AATA	3	162942	162953	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	13449314
86	NC_001284	GATT	3	164550	164561	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	13449314
87	NC_001284	ATCT	3	165446	165458	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	13449314
88	NC_001284	GCAA	3	165751	165761	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	13449314
89	NC_001284	GGGA	3	166690	166701	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	13449314
90	NC_001284	GGAC	3	168249	168259	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	13449314
91	NC_001284	ATTC	3	170909	170920	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	13449314
92	NC_001284	AATC	3	172783	172793	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	13449314
93	NC_001284	AAAG	3	173971	173983	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	13449314
94	NC_001284	AAAG	3	174004	174016	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	13449314
95	NC_001284	AAAG	4	174058	174074	17	75 %	0 %	25 %	0 %	5 %	13449314
96	NC_001284	TCCT	3	174151	174162	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	13449314
97	NC_001284	CTTC	3	174268	174280	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	13449314
98	NC_001284	TAAA	3	177181	177192	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	13449314
99	NC_001284	GACT	3	178597	178608	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	13449314
100	NC_001284	ACTT	4	179884	179899	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	13449314
101	NC_001284	AAGA	3	181077	181089	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	13449314
102	NC_001284	TTTC	3	186536	186547	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	13449314
103	NC_001284	AAGA	3	188771	188782	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	13449314
104	NC_001284	GAAT	3	192161	192173	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	13449314
105	NC_001284	TACT	3	192375	192386	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	13449314
106	NC_001284	ATCT	3	192941	192952	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	13449314
107	NC_001284	AAGG	3	194329	194341	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	13449314
108	NC_001284	GATA	3	195025	195036	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	13449314
109	NC_001284	ATCT	3	200872	200883	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	13449314
110	NC_001284	GCTT	3	202253	202264	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	13449314
111	NC_001284	CTTT	3	203379	203390	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	13449314
112	NC_001284	TTTC	3	204746	204757	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	13449314
113	NC_001284	TCAT	3	206438	206449	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	13449314
114	NC_001284	GAAA	3	208393	208405	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	13449314
115	NC_001284	CCAA	3	208833	208845	13	50 %	0 %	0 %	50 %	7 %	13449314
116	NC_001284	CAAG	3	210880	210890	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	13449314
117	NC_001284	GAAA	3	211855	211867	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	13449314
118	NC_001284	GGAA	3	212109	212120	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	13449314
119	NC_001284	TTCT	3	213076	213087	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	13449314
120	NC_001284	GCTA	3	213923	213933	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	13449314
121	NC_001284	TTCT	3	215952	215963	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	13449314
122	NC_001284	AGAA	3	217536	217547	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	13449314
123	NC_001284	CGTT	3	218011	218022	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	13449314
124	NC_001284	AGAA	4	219427	219442	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	13449314
125	NC_001284	GGAT	3	220242	220252	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	13449314
126	NC_001284	GATA	3	220572	220582	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	13449314
127	NC_001284	AAGA	3	223472	223484	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	13449314
128	NC_001284	CTGT	3	223626	223636	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	13449314
129	NC_001284	GTTT	3	227270	227281	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	13449314
130	NC_001284	ATTG	3	228681	228692	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	13449314
131	NC_001284	GTAT	3	230762	230772	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	13449314
132	NC_001284	CATT	3	232154	232164	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	13449314
133	NC_001284	GGCC	3	242978	242990	13	0 %	0 %	50 %	50 %	7 %	13449314
134	NC_001284	AATT	3	244876	244887	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	13449314
135	NC_001284	GAAA	3	247269	247280	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	13449314
136	NC_001284	AGCA	3	248052	248062	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	13449314
137	NC_001284	AGAA	3	249085	249096	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	13449314
138	NC_001284	ATTA	3	249218	249230	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	13449314
139	NC_001284	AGAA	3	250842	250853	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	13449314
140	NC_001284	ATTT	3	251375	251386	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	13449314
141	NC_001284	CTTG	3	253346	253356	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	13449314
142	NC_001284	AGCA	3	254670	254681	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	13449314
143	NC_001284	ATGA	3	255096	255107	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	13449314
144	NC_001284	TTCC	3	259707	259718	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	13449314
145	NC_001284	ACCG	3	260186	260197	12	25 %	0 %	25 %	50 %	8 %	13449314
146	NC_001284	GGCT	3	263907	263918	12	0 %	25 %	50 %	25 %	8 %	13449314
147	NC_001284	GCTA	3	266762	266773	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	13449314
148	NC_001284	TTAT	3	270281	270291	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	13449314
149	NC_001284	TTTG	3	270500	270511	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	13449314
150	NC_001284	GTAA	3	271245	271256	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	13449314
151	NC_001284	TAAA	3	272038	272050	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	13449314
152	NC_001284	TGGA	3	273016	273027	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	13449314
153	NC_001284	GATC	3	277653	277663	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	13449314
154	NC_001284	CACT	3	279397	279408	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	13449314
155	NC_001284	TGCC	3	282299	282309	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	13449314
156	NC_001284	TGTT	3	282669	282680	12	0 %	75 %	25 %	0 %	0 %	13449314
157	NC_001284	GAAG	3	286599	286610	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	13449314
158	NC_001284	GAAT	3	287511	287521	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	13449314
159	NC_001284	TAAG	3	290028	290039	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	13449314
160	NC_001284	GGCT	3	290590	290600	11	0 %	25 %	50 %	25 %	9 %	13449314
161	NC_001284	GATT	3	291322	291333	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	13449314
162	NC_001284	TAAG	3	291550	291560	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	13449314
163	NC_001284	CTTT	4	296022	296037	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	13449314
164	NC_001284	AAGA	3	296549	296560	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	13449314
165	NC_001284	GAAA	3	299392	299403	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	13449314
166	NC_001284	GCAA	3	306583	306594	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	13449314
167	NC_001284	TCTT	3	306645	306656	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	13449314
168	NC_001284	CAAC	3	307900	307911	12	50 %	0 %	0 %	50 %	0 %	13449314
169	NC_001284	TCTT	3	308331	308342	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	13449314
170	NC_001284	CCAA	3	308629	308640	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	13449314
171	NC_001284	TCTA	3	309504	309515	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	13449314
172	NC_001284	TTGC	3	310945	310955	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	13449314
173	NC_001284	CCTA	3	313299	313309	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	13449314
174	NC_001284	GTCA	3	315099	315110	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	13449314
175	NC_001284	CAAA	3	315321	315332	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	13449314
176	NC_001284	ATTT	3	318396	318406	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	13449314
177	NC_001284	CTTA	3	325186	325197	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	13449314
178	NC_001284	TGAG	3	326923	326934	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	13449314
179	NC_001284	GAAA	3	327703	327713	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	13449314
180	NC_001284	GGCG	3	327766	327776	11	0 %	0 %	75 %	25 %	9 %	13449314
181	NC_001284	GGTA	3	334618	334628	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
182	NC_001284	ACTA	3	335898	335909	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
183	NC_001284	GATT	3	341059	341071	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
184	NC_001284	CAAT	3	342492	342502	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
185	NC_001284	ACAA	3	342701	342712	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
186	NC_001284	AATC	3	343885	343895	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
187	NC_001284	GATT	3	348928	348939	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
188	NC_001284	GAAA	3	348966	348977	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
189	NC_001284	TTTA	3	353465	353476	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
190	NC_001284	GGAA	3	355709	355719	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
191	NC_001284	TAAC	3	356335	356346	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
192	NC_001284	CCTT	3	358027	358037	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
193	NC_001284	AGAA	3	358638	358649	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
194	NC_001284	GAAA	3	358815	358826	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Arabidopsis thaliana mitochondrion