ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Arabidopsis thaliana chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_000932	A	17	112	128	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
2	NC_000932	AATA	3	137	147	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_000932	TAT	9	207	232	26	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
4	NC_000932	TACC	3	598	608	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	7525013
5	NC_000932	TTTA	3	3787	3798	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_000932	AT	6	3825	3836	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_000932	T	12	4114	4125	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_000932	A	13	4353	4365	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
9	NC_000932	ATAA	4	4528	4543	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
10	NC_000932	ATA	5	4690	4703	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
11	NC_000932	ATA	4	4714	4726	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_000932	AAT	4	4932	4943	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_000932	TCTCT	3	5229	5242	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	7525015
14	NC_000932	TAAA	4	6372	6387	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
15	NC_000932	TTC	4	6507	6517	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
16	NC_000932	TTCT	3	6864	6875	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
17	NC_000932	TTCT	3	7622	7633	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	7525017
18	NC_000932	A	13	7905	7917	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_000932	TA	8	7995	8010	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
20	NC_000932	TAT	4	8048	8060	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
21	NC_000932	AT	8	8055	8069	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
22	NC_000932	AT	8	8088	8103	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
23	NC_000932	AT	14	8115	8140	26	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
24	NC_000932	TA	12	8167	8190	24	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
25	NC_000932	AT	6	8191	8203	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
26	NC_000932	AT	6	8205	8215	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
27	NC_000932	TA	6	9713	9723	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
28	NC_000932	TATTCA	3	12115	12131	17	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	7525019
29	NC_000932	TTTC	3	12228	12239	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	7525019
30	NC_000932	ATT	4	12254	12265	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	7525019
31	NC_000932	TA	6	12403	12413	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	7525019
32	NC_000932	T	13	12843	12855	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
33	NC_000932	AAT	4	12978	12989	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_000932	AAAT	3	13526	13537	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_000932	TAAT	3	13578	13589	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_000932	AT	6	13715	13725	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
37	NC_000932	TTTA	3	14831	14842	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
38	NC_000932	T	15	17926	17940	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	7525023
39	NC_000932	TTCA	3	22052	22063	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	7525024
40	NC_000932	GTT	4	23057	23068	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	7525024
41	NC_000932	TCA	4	25411	25421	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	7525025
42	NC_000932	T	12	25684	25695	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	7525025
43	NC_000932	TTA	4	27222	27233	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
44	NC_000932	TC	6	28140	28151	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	7525026
45	NC_000932	CAAA	3	28414	28425	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_000932	T	13	28673	28685	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_000932	TAT	5	28824	28838	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
48	NC_000932	T	14	28835	28848	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
49	NC_000932	AAAT	3	29248	29259	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_000932	GAAA	3	29711	29721	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_000932	A	13	30287	30299	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_000932	TTTC	3	30639	30649	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
53	NC_000932	A	22	30829	30850	22	100 %	0 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_000932	T	13	31017	31029	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_000932	AT	11	31308	31328	21	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
56	NC_000932	TAA	5	31543	31558	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
57	NC_000932	AATG	3	31616	31626	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_000932	AG	6	31899	31910	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_000932	AAAAAG	3	32364	32380	17	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
60	NC_000932	GAAA	3	34172	34183	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	7525029
61	NC_000932	GGGA	3	34292	34303	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	7525029
62	NC_000932	CCAG	3	35231	35243	13	25 %	0 %	25 %	50 %	7 %	Non-Coding
63	NC_000932	AG	6	35312	35322	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
64	NC_000932	ATTAA	4	36258	36278	21	60 %	40 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_000932	AT	6	36318	36328	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
66	NC_000932	AT	6	36331	36344	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
67	NC_000932	AT	8	36346	36362	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
68	NC_000932	AAAC	3	36781	36792	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
69	NC_000932	ATG	4	38749	38759	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	7525032
70	NC_000932	GCA	4	40647	40658	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	7525033
71	NC_000932	TG	6	40684	40694	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	7525033
72	NC_000932	ATG	4	40973	40983	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	7525033
73	NC_000932	A	15	42555	42569	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
74	NC_000932	TTAA	5	42970	42989	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	157011953
75	NC_000932	GAA	4	44132	44143	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	157011953
76	NC_000932	TAG	4	44230	44240	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	157011953
77	NC_000932	AAT	4	44446	44457	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	157011953
78	NC_000932	GTAA	3	44475	44485	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	157011953
79	NC_000932	AT	6	45987	45998	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_000932	TAAA	3	46444	46455	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_000932	TA	8	46471	46488	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
82	NC_000932	ATAGA	3	46492	46506	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
83	NC_000932	AAT	6	46580	46598	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
84	NC_000932	A	17	46615	46631	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
85	NC_000932	A	13	46672	46684	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
86	NC_000932	ATTT	3	48252	48263	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
87	NC_000932	ATAC	3	48389	48399	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
88	NC_000932	T	16	49959	49974	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
89	NC_000932	GATT	3	50521	50532	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_000932	ATA	5	50595	50608	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
91	NC_000932	A	15	50846	50860	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
92	NC_000932	TGAAA	3	51010	51024	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
93	NC_000932	AGAA	3	51115	51126	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
94	NC_000932	TTA	4	51250	51261	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_000932	TTTTA	4	52184	52202	19	20 %	80 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
96	NC_000932	TTTA	3	54407	54418	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
97	NC_000932	ATTTTA	3	54672	54689	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
98	NC_000932	TTG	4	54902	54912	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
99	NC_000932	T	12	56839	56850	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
100	NC_000932	TA	6	57197	57207	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	7525042
101	NC_000932	A	13	57372	57384	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	7525042
102	NC_000932	TTCTAT	3	59041	59058	18	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_000932	T	16	59387	59402	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
104	NC_000932	AT	6	61726	61736	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	7525046
105	NC_000932	AT	11	63120	63140	21	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
106	NC_000932	T	13	63164	63176	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_000932	TA	6	63726	63736	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
108	NC_000932	CAGC	3	64013	64024	12	25 %	0 %	25 %	50 %	8 %	7525049
109	NC_000932	TTTC	3	64522	64533	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
110	NC_000932	TGGAT	3	64859	64873	15	20 %	40 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_000932	TAAA	3	65124	65136	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
112	NC_000932	TAGA	3	65391	65401	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
113	NC_000932	GAAAA	3	65978	65992	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
114	NC_000932	TTAA	3	66108	66119	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	7525052
115	NC_000932	T	15	66308	66322	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
116	NC_000932	T	19	66700	66718	19	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
117	NC_000932	AT	6	66870	66880	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
118	NC_000932	TA	6	66881	66891	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
119	NC_000932	AAAG	3	66904	66914	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
120	NC_000932	G	13	67164	67176	13	0 %	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_000932	A	16	68340	68355	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
122	NC_000932	TTAT	3	68512	68523	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	7525056
123	NC_000932	A	15	70189	70203	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	7525080
124	NC_000932	T	13	70404	70416	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	7525080
125	NC_000932	TGAT	4	71161	71176	16	25 %	50 %	25 %	0 %	6 %	7525080
126	NC_000932	TGTC	3	71395	71405	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	7525080
127	NC_000932	TATTTG	3	71440	71456	17	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	5 %	7525080
128	NC_000932	AT	6	71544	71554	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	7525080
129	NC_000932	GCTG	3	73238	73250	13	0 %	25 %	50 %	25 %	7 %	7525080
130	NC_000932	AGAA	3	73409	73420	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	7525080
131	NC_000932	TAAA	3	75490	75500	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	7525080
132	NC_000932	TACT	4	76316	76330	15	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	7525080
133	NC_000932	A	17	76735	76751	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	7525080
134	NC_000932	TAAT	3	76752	76762	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	7525080
135	NC_000932	TAAT	6	77774	77798	25	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	7525080
136	NC_000932	T	17	78095	78111	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	7525080
137	NC_000932	TCT	4	78185	78195	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	7525080
138	NC_000932	ATC	4	81831	81841	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	7525080
139	NC_000932	GTTT	3	81974	81984	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	7525080
140	NC_000932	TTTC	4	82372	82387	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	7525080
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219	NC_000932	AT	6	144120	144131	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
220	NC_000932	CATAC	3	145091	145104	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
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226	NC_000932	AAAG	3	149473	149483	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	7525097
227	NC_000932	TATT	3	150556	150567	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	7525097
228	NC_000932	ATC	4	153782	153792	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	7525099

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Arabidopsis thaliana chloroplast