ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Porphyra purpurea chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_000925	GAA	4	1021	1032	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11465653
2	NC_000925	CTA	4	1783	1793	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	11465654
3	NC_000925	CAA	4	2837	2848	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	11465655
4	NC_000925	TCT	4	3853	3863	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	11465655
5	NC_000925	TCT	4	4077	4087	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	11465656
6	NC_000925	ATA	4	5304	5314	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11465658
7	NC_000925	TAT	4	5726	5736	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_000925	TGA	4	6689	6700	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	11465661
9	NC_000925	CTT	4	7609	7620	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11465662
10	NC_000925	GTT	4	8388	8398	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	11465662
11	NC_000925	AGG	4	9621	9633	13	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	7 %	11465664
12	NC_000925	TAT	4	11327	11337	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_000925	ATA	4	16506	16516	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11465674
14	NC_000925	GTA	4	17748	17759	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	11465676
15	NC_000925	ATA	4	18765	18776	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465677
16	NC_000925	AGA	4	19271	19282	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11465677
17	NC_000925	CTG	7	20434	20454	21	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	4 %	11465678
18	NC_000925	ATA	4	24681	24692	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465684
19	NC_000925	TAT	7	27455	27475	21	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_000925	CTG	5	30148	30162	15	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	6 %	11465692
21	NC_000925	CTA	4	32616	32627	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
22	NC_000925	AAT	4	35377	35387	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11465699
23	NC_000925	ATT	4	36129	36140	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11465700
24	NC_000925	TAA	4	37382	37393	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465700
25	NC_000925	ATT	4	37637	37648	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11465700
26	NC_000925	ATC	4	37773	37785	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	11465701
27	NC_000925	AGA	4	39400	39411	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11465704
28	NC_000925	CTT	4	46075	46086	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11465711
29	NC_000925	TCT	4	48977	48988	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11465715
30	NC_000925	TAT	5	49405	49419	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
31	NC_000925	TAC	4	51553	51564	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	11465716
32	NC_000925	TCT	4	57023	57034	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11465718
33	NC_000925	TAT	4	58840	58852	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
34	NC_000925	ATA	4	61765	61776	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465723
35	NC_000925	CTT	4	62055	62066	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11465723
36	NC_000925	ATC	5	62448	62465	18	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	5 %	11465723
37	NC_000925	TAT	4	63006	63017	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
38	NC_000925	ATA	4	63660	63671	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
39	NC_000925	AGC	4	66090	66101	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	11465727
40	NC_000925	TGC	4	69521	69531	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	11465729
41	NC_000925	ATT	4	69611	69621	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	11465729
42	NC_000925	ATT	4	70671	70682	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11465730
43	NC_000925	CTT	4	73293	73304	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11465733
44	NC_000925	CAT	4	74457	74468	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	11465734
45	NC_000925	TGC	4	74986	74998	13	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	7 %	11465734
46	NC_000925	TAT	4	75824	75835	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_000925	ATA	4	76637	76648	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465737
48	NC_000925	CTA	4	81770	81780	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	11465744
49	NC_000925	TAA	4	83308	83318	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11465747
50	NC_000925	AAT	4	84244	84255	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465747
51	NC_000925	TAT	4	88697	88707	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	11465751
52	NC_000925	CTT	4	91123	91134	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11465753
53	NC_000925	ATT	4	97125	97136	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11465763
54	NC_000925	ATA	4	97305	97316	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465763
55	NC_000925	TTC	4	97472	97483	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11465763
56	NC_000925	TTA	4	99025	99037	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	11465766
57	NC_000925	ATT	4	100400	100411	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11465769
58	NC_000925	CTA	4	101274	101284	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	11465771
59	NC_000925	TAT	4	102755	102766	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11465775
60	NC_000925	CGC	4	103555	103566	12	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	11465777
61	NC_000925	TAT	4	104039	104049	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	11465777
62	NC_000925	CTA	4	108457	108468	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	11465782
63	NC_000925	TAT	4	108770	108782	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
64	NC_000925	TCT	4	108903	108914	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11465783
65	NC_000925	TCT	4	112148	112158	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	11465788
66	NC_000925	ATA	4	113385	113396	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
67	NC_000925	TTA	4	113557	113568	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11465791
68	NC_000925	ATT	4	113817	113828	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11465792
69	NC_000925	AGA	4	115532	115543	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11465793
70	NC_000925	ATT	4	117293	117305	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	11465794
71	NC_000925	TCA	4	118024	118034	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	11465795
72	NC_000925	ATT	4	118869	118881	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	11465796
73	NC_000925	TTA	4	119645	119656	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11465796
74	NC_000925	TAT	5	120352	120365	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_000925	AGC	4	122068	122079	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	0 %	11465798
76	NC_000925	CTC	4	128046	128057	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	11465803
77	NC_000925	CTG	4	129365	129376	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	11465805
78	NC_000925	ATA	4	131257	131268	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465808
79	NC_000925	ATT	4	132800	132811	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11465810
80	NC_000925	TAT	4	135648	135660	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	11465812
81	NC_000925	TTA	4	137743	137754	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11465814
82	NC_000925	ATT	5	143685	143698	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	11465820
83	NC_000925	CAG	4	144117	144128	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	126165877
84	NC_000925	AAT	4	146997	147008	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465824
85	NC_000925	TCA	4	147376	147387	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	11465824
86	NC_000925	TTA	4	153781	153791	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
87	NC_000925	TAA	4	153840	153851	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465827
88	NC_000925	TAT	4	155523	155534	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11465829
89	NC_000925	ATT	4	157828	157840	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	11465831
90	NC_000925	TTC	4	158040	158050	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	11465831
91	NC_000925	TAC	4	159785	159796	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	11465834
92	NC_000925	CTC	4	162519	162530	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	11465837
93	NC_000925	TAG	4	162580	162590	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	11465837
94	NC_000925	ATA	4	164696	164707	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465840
95	NC_000925	ATA	4	165368	165379	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465841
96	NC_000925	TTA	4	169617	169629	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
97	NC_000925	TGA	4	175601	175611	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	11465847
98	NC_000925	AAT	4	177254	177265	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11465848
99	NC_000925	ATA	5	178604	178617	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	11465850
100	NC_000925	TAA	4	179477	179487	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
101	NC_000925	TAA	4	181252	181264	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
102	NC_000925	ATT	4	182872	182883	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11465858
103	NC_000925	TAT	4	184304	184315	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_000925	ATA	4	185731	185741	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
105	NC_000925	TAT	4	185749	185759	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Porphyra purpurea chloroplast