ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Porphyra purpurea chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_000925	ATGA	3	2124	2136	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	11465654
2	NC_000925	TCTT	3	5334	5346	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	11465658
3	NC_000925	AATT	3	6741	6752	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	11465661
4	NC_000925	AAGC	3	6817	6828	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	11465661
5	NC_000925	AATT	3	8038	8049	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	11465662
6	NC_000925	TATT	3	8639	8649	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_000925	TAAA	3	8707	8717	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_000925	AGTA	3	10844	10856	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
9	NC_000925	ATTT	3	12950	12961	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	11465668
10	NC_000925	TTAA	3	13737	13749	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	11465669
11	NC_000925	TAAT	3	16217	16229	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_000925	ATTT	3	21052	21063	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_000925	AAAT	3	21962	21972	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	11465680
14	NC_000925	CTAA	3	32438	32448	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	11465694
15	NC_000925	ATAA	3	38247	38258	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	11465702
16	NC_000925	TTTA	3	38407	38417	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	11465703
17	NC_000925	CAAT	3	38587	38598	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	11465703
18	NC_000925	TAAT	3	47833	47844	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_000925	TTAT	3	47905	47915	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	11465714
20	NC_000925	TTCT	3	48186	48196	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	11465714
21	NC_000925	TCAA	3	48441	48452	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	11465714
22	NC_000925	TCTA	3	49514	49524	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	11465716
23	NC_000925	ATTT	3	58207	58217	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	11465718
24	NC_000925	TTTA	3	58543	58553	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	11465718
25	NC_000925	TGCC	3	58802	58813	12	0 %	25 %	25 %	50 %	8 %	Non-Coding
26	NC_000925	ATCT	3	62991	63002	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
27	NC_000925	GAAA	3	66688	66699	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11465728
28	NC_000925	TTCT	3	68890	68901	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	11465729
29	NC_000925	TGTA	3	72064	72074	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	11465732
30	NC_000925	AACT	3	74059	74069	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	11465733
31	NC_000925	ATAA	3	79134	79145	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_000925	TTTA	3	83764	83774	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	11465747
33	NC_000925	TAAA	3	85230	85241	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	11465748
34	NC_000925	ATAA	3	93835	93846	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_000925	GCCT	3	95550	95560	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	11465760
36	NC_000925	ATTT	3	95843	95854	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	11465760
37	NC_000925	TAGT	4	98402	98417	16	25 %	50 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
38	NC_000925	ATTG	3	98591	98601	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	11465765
39	NC_000925	TGTC	3	99397	99408	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	11465767
40	NC_000925	TTAA	3	100006	100018	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	11465768
41	NC_000925	TTTC	3	103755	103766	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	11465777
42	NC_000925	TAAA	3	108079	108089	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	11465781
43	NC_000925	AAAT	3	109015	109025	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_000925	TTCA	3	110304	110314	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
45	NC_000925	TTAA	3	113412	113422	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
46	NC_000925	TAAA	3	114326	114337	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_000925	TAAA	6	118102	118123	22	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_000925	ATTT	3	118749	118760	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	11465796
49	NC_000925	TCAA	3	118851	118861	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	11465796
50	NC_000925	TAAA	3	120419	120429	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	11465797
51	NC_000925	CAAG	3	123172	123182	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	11465798
52	NC_000925	TCTT	3	125718	125729	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	11465800
53	NC_000925	AGTT	3	127317	127327	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_000925	TTCC	3	130275	130286	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	11465807
55	NC_000925	CTTT	3	131098	131108	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	11465808
56	NC_000925	ACAA	3	132375	132385	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	11465809
57	NC_000925	ATTT	3	134634	134644	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	11465812
58	NC_000925	ACTA	3	136822	136833	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
59	NC_000925	TTAA	3	140738	140749	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	11465815
60	NC_000925	GAAA	3	141025	141036	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11465815
61	NC_000925	TTAA	3	143993	144004	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	11465821
62	NC_000925	ATTT	3	147481	147491	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
63	NC_000925	TATT	3	152897	152908	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	11465825
64	NC_000925	TTGA	3	153244	153256	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	11465826
65	NC_000925	CATT	3	160654	160665	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	11465835
66	NC_000925	TATT	3	165768	165778	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	11465841
67	NC_000925	AATT	3	168508	168518	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	11465841
68	NC_000925	AAAT	3	169497	169507	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_000925	TATT	3	169693	169704	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
70	NC_000925	AAAG	3	169833	169843	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	11465842
71	NC_000925	TAGA	3	170453	170463	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	11465843
72	NC_000925	TAAC	3	170849	170859	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	11465844
73	NC_000925	ATTA	3	172717	172727	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	11465845
74	NC_000925	AATT	3	177478	177489	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_000925	TCAT	3	177525	177536	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	11465849
76	NC_000925	TATT	4	179460	179475	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
77	NC_000925	ATTT	3	179512	179522	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
78	NC_000925	TAAT	3	180463	180473	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_000925	ATTT	3	182107	182117	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	11465858

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Porphyra purpurea chloroplast