ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Cyanidioschyzon merolae mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_000887	TTA	4	9	19	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	8954360
2	NC_000887	TTTTA	3	370	384	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	8954360
3	NC_000887	AAAAAT	3	430	448	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	8954361
4	NC_000887	ATT	4	1646	1656	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	8954362
5	NC_000887	TTA	4	1985	1995	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	8954362
6	NC_000887	TAAA	3	2006	2016	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	8954362
7	NC_000887	TATT	4	2873	2888	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	8954363
8	NC_000887	AATT	3	3940	3950	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	8954364
9	NC_000887	TTG	4	5087	5098	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	8954365
10	NC_000887	ATT	4	5178	5188	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	8954366
11	NC_000887	AAGTA	3	5455	5468	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	8954366
12	NC_000887	ATT	4	5679	5691	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_000887	TTA	4	5719	5729	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	8954367
14	NC_000887	AAAT	3	6285	6296	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	8954367
15	NC_000887	CAAT	3	7019	7029	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	13375533
16	NC_000887	TAT	4	7453	7464	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	13375533
17	NC_000887	ATT	4	7902	7912	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	13375533
18	NC_000887	CATAT	3	8404	8417	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	13375533
19	NC_000887	TAAA	3	8876	8887	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	8954369
20	NC_000887	ATA	4	9092	9102	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	8954370
21	NC_000887	AAT	5	9357	9371	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	8954370
22	NC_000887	TAA	5	9457	9470	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	8954370
23	NC_000887	AAT	4	9887	9898	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	8954370
24	NC_000887	A	12	10646	10657	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	8954371
25	NC_000887	CTTT	3	10820	10830	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	8954371
26	NC_000887	AAT	4	10907	10918	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	8954371
27	NC_000887	AT	7	11031	11044	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	8954371
28	NC_000887	A	14	11216	11229	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	8954371
29	NC_000887	GGATA	3	11320	11334	15	40 %	20 %	40 %	0 %	6 %	8954371
30	NC_000887	AT	6	11414	11429	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	8954371
31	NC_000887	TTATA	3	11433	11446	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	8954371
32	NC_000887	TAAA	3	12381	12392	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	8954372
33	NC_000887	ATAA	3	13198	13209	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	8954373
34	NC_000887	ATA	5	13465	13479	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	8954373
35	NC_000887	ATC	4	13915	13926	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	8954373
36	NC_000887	ATA	4	14015	14026	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	8954373
37	NC_000887	GAAC	3	14248	14258	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	8954373
38	NC_000887	ATTA	3	14553	14563	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	8954373
39	NC_000887	AAT	4	15855	15866	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	8954375
40	NC_000887	ATT	4	16030	16041	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	8954375
41	NC_000887	GAAA	3	16319	16330	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	8954377
42	NC_000887	TAA	4	16716	16727	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	8954377
43	NC_000887	AATA	5	16810	16829	20	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	8954377
44	NC_000887	ATA	5	16951	16966	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	8954377
45	NC_000887	AAT	4	17274	17285	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	8954377
46	NC_000887	AGAA	3	17305	17316	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	8954377
47	NC_000887	ATT	4	17543	17553	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	8954377
48	NC_000887	TA	6	17601	17611	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	8954377
49	NC_000887	AATAG	3	17746	17760	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	8954377
50	NC_000887	ATAAA	3	17818	17833	16	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	8954377
51	NC_000887	ATA	6	17989	18006	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	8954377
52	NC_000887	ATATA	3	18184	18197	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	8954376
53	NC_000887	AATT	3	18310	18320	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	8954376
54	NC_000887	TAT	7	19234	19254	21	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	8954378
55	NC_000887	TAAAT	3	19412	19426	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	8954378
56	NC_000887	ATT	4	19593	19603	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	8954379
57	NC_000887	AAT	4	20088	20099	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	8954381
58	NC_000887	T	12	20146	20157	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	8954381
59	NC_000887	T	15	20336	20350	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	8954381
60	NC_000887	ATTG	3	20540	20551	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	8954382
61	NC_000887	ATT	4	20919	20930	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	8954383
62	NC_000887	TAAA	3	20941	20952	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	8954383
63	NC_000887	ATA	4	21270	21281	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	8954383
64	NC_000887	T	15	21502	21516	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	8954384
65	NC_000887	ATA	4	22768	22779	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	8954386
66	NC_000887	AAAT	3	22924	22934	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	8954386
67	NC_000887	CCAT	3	23429	23440	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
68	NC_000887	TATT	3	23565	23575	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	8954387
69	NC_000887	TATT	3	23697	23708	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	8954387
70	NC_000887	AATT	3	23948	23958	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	8954387
71	NC_000887	ATA	4	24180	24192	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	8954387
72	NC_000887	A	16	25815	25830	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	8954390
73	NC_000887	TAA	4	26468	26479	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	8954391
74	NC_000887	AAAT	3	26716	26727	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_000887	TTA	4	27908	27918	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
76	NC_000887	TAA	4	28250	28260	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_000887	TTA	4	28538	28549	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	8954392
78	NC_000887	GTTT	3	28607	28617	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	8954392
79	NC_000887	TTTA	3	28997	29008	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	8954393
80	NC_000887	TTTA	3	29394	29405	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	8954393
81	NC_000887	TA	6	30550	30561	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_000887	TTTA	3	30781	30792	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_000887	GAT	4	32170	32181	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding

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All Imperfect Repeats of Cyanidioschyzon merolae mitochondrion