ChloroMitoSSRDB 2.0 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Back To Motif Summary

Chloroplast Motifs - Imperfect TTGA Repeats

S.NoSequence IDMotifIterationsStartEndTract LengthSequence Name
1NC_008788TTGA5561405616021 Nuphar advena chloroplast
2NC_016063TTGA4423154232915Cephalotaxus wilsoniana chloroplast DNA
3NC_021110TTGA4418264184015Cephalotaxus oliveri chloroplast
4NC_021121TTGA4483234833816Ardisia polysticta chloroplast
5NC_011087TTGA316368316369412Paulinella chromatophora chromatophore
6NC_011087TTGA369475669476611Paulinella chromatophora chromatophore
7NC_014346TTGA3787087871811Floydiella terrestris chloroplast
8NC_014573TTGA3739367394712Geranium palmatum plastid
9NC_014582TTGA3629736298412Monsonia speciosa plastid
10NC_014676TTGA312313012314112Theobroma cacao chloroplast
11NC_014697TTGA312048812049912Prunus persica chloroplast
12NC_015083TTGA3111431115412Erodium carvifolium chloroplast
13NC_015139TTGA3702237023412Brassica rapa subsp. pekinensis chloroplast
14NC_015204TTGA3815408155213Gossypium thurberi chloroplast
15NC_015204TTGA312285612286712Gossypium thurberi chloroplast
16NC_015206TTGA311665411666512Fragaria vesca subsp. vesca chloroplast
17NC_015308TTGA3135781358912Hevea brasiliensis chloroplast
18NC_015403TTGA311047311048311Fistulifera sp. JPCC DA0580 chloroplast
19NC_015543TTGA3704917050111Jacobaea vulgaris chloroplast
20NC_015605TTGA3521975220913Nelumbo lutea chloroplast
21NC_015605TTGA3745927460211Nelumbo lutea chloroplast
22NC_015610TTGA3521045211613Nelumbo nucifera chloroplast
23NC_015610TTGA3746157462511Nelumbo nucifera chloroplast
24NC_015621TTGA3466314664313Ageratina adenophora chloroplast
25NC_015803TTGA3492764928813Indocalamus longiauritus plastid
26NC_015817TTGA3492194923113Phyllostachys edulis chloroplast
27NC_015820TTGA3492664927813Acidosasa purpurea chloroplast
28NC_015826TTGA3491924920413Phyllostachys nigra var. henonis chloroplast
29NC_015830TTGA3488164882813Bambusa emeiensis chloroplast
30NC_015831TTGA3489484896013Ferrocalamus rimosivaginus plastid
31NC_015891TTGA3540495405911Spirodela polyrhiza chloroplast
32NC_015892TTGA3495994961113Magnolia kwangsiensis chloroplast
33NC_015894TTGA3702947030512Wolffiella lingulata chloroplast
34NC_015990TTGA3482844829613Panicum virgatum chloroplast
35NC_016058TTGA311404011405112Larix decidua chloroplast
36NC_016065TTGA31798180912Taiwania cryptomerioides chloroplast DNA
37NC_016468TTGA3190371904711Boea hygrometrica chloroplast
38NC_016471TTGA3197331974513Neottia nidus-avis plastid
39NC_016471TTGA3464984651013Neottia nidus-avis plastid
40NC_016668TTGA3815358154713Gossypium raimondii chloroplast
41NC_016670TTGA3816938170513Gossypium darwinii chloroplast
42NC_016677TTGA3477634777513Leersia tisserantii plastid
43NC_016690TTGA3817148172613Gossypium tomentosum chloroplast
44NC_016692TTGA3815708158213Gossypium herbaceum subsp. africanum chloroplast
45NC_016699TTGA3492244923613Phyllostachys propinqua chloroplast
46NC_016711TTGA3816078161913Gossypium mustelinum chloroplast
47NC_016712TTGA3815018151313Gossypium arboreum chloroplast
48NC_016718TTGA3475334754513Rhynchoryza subulata plastid
49NC_016728TTGA312679212680211Silene noctiflora chloroplast
50NC_016733TTGA3284942850613Pedinomonas minor chloroplast
51NC_016734TTGA3700167002712Brassica napus chloroplast
52NC_016753TTGA3509535096513Colocasia esculenta chloroplast
53NC_016753TTGA3714047141512Colocasia esculenta chloroplast
54NC_016927TTGA3465794659113Oryza meridionalis chloroplast
55NC_017609TTGA3486074861913Phalaenopsis equestris chloroplast
56NC_017754TTGA3237942380411Eutreptiella gymnastica plastid
57NC_017754TTGA3602626027312Eutreptiella gymnastica plastid
58NC_017835TTGA3465674657913Oryza rufipogon chloroplast
59NC_017894TTGA3816138162513Gossypium gossypioides chloroplast
60NC_018051TTGA3904459045713Vigna unguiculata chloroplast
61NC_018109TTGA3807308074213Gossypium incanum chloroplast
62NC_018110TTGA3809788099013Gossypium somalense chloroplast
63NC_018111TTGA3808918090313Gossypium capitis-viridis chloroplast
64NC_018112TTGA3810108102213Gossypium areysianum chloroplast
65NC_018113TTGA3812528126413Gossypium robinsonii chloroplast
66NC_018114TTGA3480914810313Erycina pusilla chloroplast
67NC_018357TTGA3496964970813Magnolia denudata chloroplast
68NC_018541TTGA3482914830313Elodea canadensis chloroplast
69NC_018541TTGA312054712055812Elodea canadensis chloroplast
70NC_018552TTGA312017412018512Capsicum annuum chloroplast
71NC_018565TTGA3709017091212Pachycladon enysii chloroplast
72NC_018766TTGA311670011671112Fragaria vesca subsp. bracteata chloroplast
73NC_018767TTGA311672111673212Fragaria mandshurica plastid
74NC_019628TTGA35717572812Pellia endiviifolia chloroplast
75NC_019628TTGA311246911248012Pellia endiviifolia chloroplast
76NC_019648TTGA3464244643613Festuca altissima plastid
77NC_019649TTGA3453194533113Festuca ovina plastid
78NC_019650TTGA3463954640713Festuca pratensis plastid
79NC_019651TTGA3463194633113Lolium multiflorum plastid
80NC_020014TTGA3140891410012Nannochloropsis gaditana chloroplast
81NC_020316TTGA3497884980013Magnolia officinalis chloroplast
82NC_020317TTGA3497764978813Magnolia officinalis subsp. biloba voucher SC001 chloroplast
83NC_020318TTGA3493684938013Magnolia grandiflora voucher NJ016 chloroplast
84NC_020321TTGA3387183872912Taxus mairei voucher NN014 chloroplast
85NC_020341TTGA3491934920513Arundinaria gigantea chloroplast
86NC_020361TTGA3312033121412Podocarpus totara chloroplast
87NC_020361TTGA3932469325712Podocarpus totara chloroplast
88NC_020362TTGA3515475155913Heliconia collinsiana plastid
89NC_020362TTGA3986049861613Heliconia collinsiana plastid
90NC_020363TTGA34305431612Zingiber spectabile plastid
91NC_020363TTGA3489254893713Zingiber spectabile plastid
92NC_020364TTGA3474144742613Pseudophoenix vinifera plastid
93NC_020366TTGA3480554806713Bismarckia nobilis plastid
94NC_020367TTGA312029212030312Dasypogon bromeliifolius plastid
95NC_020371TTGA33991400111Pavlova lutheri chloroplast
96NC_020438TTGA3579515796111Gonium pectorale chloroplast
97NC_020438TTGA3824568246611Gonium pectorale chloroplast
98NC_020438TTGA315706815707811Gonium pectorale chloroplast
99NC_020795TTGA3975299753911Chondrus crispus plastid complete genome
100NC_021075TTGA3183741838512Calliarthron tuberculosum chloroplast
101NC_021091TTGA3908449085613Vigna angularis chloroplast DNA
102NC_021102TTGA3705147052512Pachycladon cheesemanii chloroplast
103NC_021121TTGA3665086651811Ardisia polysticta chloroplast
104NC_021372TTGA3491094912113Pharus latifolius chloroplast
105NC_021425TTGA3506765068813Tetracentron sinense chloroplast
106NC_021425TTGA311982111983212Tetracentron sinense chloroplast
107NC_021426TTGA3518195183113Trochodendron aralioides chloroplast
108NC_021429TTGA3479454795713Cymbidium aloifolium voucher KUN:YJB100604 chloroplast
109NC_021430TTGA3477634777513Cymbidium sinense voucher KUN:YJB100605 chloroplast
110NC_021430TTGA3837978380812Cymbidium sinense voucher KUN:YJB100605 chloroplast
111NC_021431TTGA3478714788313Cymbidium tortisepalum voucher KUN:HJL091027 chloroplast
112NC_021431TTGA3838538386412Cymbidium tortisepalum voucher KUN:HJL091027 chloroplast
113NC_021432TTGA3474944750613Cymbidium tracyanum voucher KUN:YJB100606 chloroplast
114NC_021432TTGA311916511917612Cymbidium tracyanum voucher KUN:YJB100606 chloroplast
115NC_021433TTGA3478364784813Cymbidium mannii voucher KUN:YJB100602 chloroplast
116NC_021437TTGA32029204012Cunninghamia lanceolata chloroplast
117NC_021437TTGA3404064041712Cunninghamia lanceolata chloroplast
118NC_021437TTGA313253713254812Cunninghamia lanceolata chloroplast
119NC_021439TTGA310815510816511Pinus massoniana chloroplast
120NC_021439TTGA311863011864011Pinus massoniana chloroplast
121NC_021440TTGA310995510996511Pinus taeda chloroplast
122NC_021440TTGA312044012045011Pinus taeda chloroplast
123NC_021441TTGA31798180912Taiwania flousiana chloroplast
124NC_021618TTGA3566235663311Grateloupia taiwanensis plastid
125NC_021618TTGA310349910351113Grateloupia taiwanensis plastid
126NC_021618TTGA311614511615612Grateloupia taiwanensis plastid
127NC_021618TTGA313942013943112Grateloupia taiwanensis plastid
128NC_021636TTGA3926049261613Glycine tomentella voucher CSIRO:G1403 chloroplast
129NC_021645TTGA3924679247913Glycine cyrtoloba voucher CSIRO:G1267 chloroplast
130NC_021646TTGA3927689278013Glycine stenophita voucher CSIRO:G1974 chloroplast
131NC_021647TTGA3923929240413Glycine canescens voucher CSIRO:G1232 chloroplast
132NC_021648TTGA3926469265813Glycine dolichocarpa voucher CSIRO:G1134 chloroplast
133NC_021649TTGA3928669287813Glycine falcata voucher CSIRO:G1718 chloroplast
134NC_021650TTGA3926579266913Glycine syndetika voucher CSIRO:G1300 chloroplast
135NC_021760TTGA3467414675313Triticum monococcum chloroplast
136NC_021761TTGA3468094682113Secale cereale chloroplast
137NC_021762TTGA3467124672413Triticum urartu chloroplast
138NC_021936TTGA3147741478512Najas flexilis chloroplast
139NC_022133TTGA3466304664213Aegilops tauschii chloroplast
140NC_022135TTGA3468084682013Aegilops speltoides isolate SPE0661 chloroplast
141NC_000925TTGA315324415325613 Porphyra purpurea chloroplast
142NC_000926TTGA35070508213 Guillardia theta chloroplast
143NC_000927TTGA310192710193812 Nephroselmis olivacea chloroplast
144NC_001320TTGA3465914660313 Oryza sativa Japonica Group plastid
145NC_001631TTGA310816410817411 Pinus thunbergii chloroplast
146NC_001631TTGA311851811852811 Pinus thunbergii chloroplast
147NC_001666TTGA3489994901113 Zea mays chloroplast
148NC_001675TTGA3764627647312 Cyanophora paradoxa cyanelle
149NC_001675TTGA310358210359312 Cyanophora paradoxa cyanelle
150NC_001675TTGA311790711791711 Cyanophora paradoxa cyanelle
151NC_001879TTGA311966911968012 Nicotiana tabacum plastid
152NC_002202TTGA3470194703012 Spinacia oleracea plastid
153NC_002762TTGA3470624707413 Triticum aestivum chloroplast
154NC_004993TTGA3482274823913 Calycanthus floridus var. glaucus chloroplast
155NC_004993TTGA311864211865312 Calycanthus floridus var. glaucus chloroplast
156NC_005086TTGA312577012578112 Amborella trichopoda chloroplast
157NC_005087TTGA3471644717411 Physcomitrella patens subsp. patens chloroplast
158NC_005353TTGA3197631977412 Chlamydomonas reinhardtii chloroplast
159NC_005353TTGA316345316346412 Chlamydomonas reinhardtii chloroplast
160NC_005878TTGA311118311119513 Saccharum hybrid cultivar SP-80-3280 chloroplast
161NC_005973TTGA3465084652013 Oryza nivara chloroplast
162NC_006050TTGA312297912299012 Nymphaea alba chloroplast
163NC_006084TTGA3495564956813 Saccharum hybrid cultivar NCo 310 chloroplast
164NC_007288TTGA3897658977612 Emiliania huxleyi chloroplast
165NC_007407TTGA3478934790513 Acorus calamus plastid
166NC_007499TTGA3484624847413 Phalaenopsis aphrodite subsp. formosana chloroplast
167NC_007499TTGA311174511175511 Phalaenopsis aphrodite subsp. formosana chloroplast
168NC_007500TTGA311966711967812 Nicotiana sylvestris chloroplast
169NC_007602TTGA3565065651712 Nicotiana tomentosiformis chloroplast
170NC_007602TTGA311942411943512 Nicotiana tomentosiformis chloroplast
171NC_007898TTGA311907811908912 Solanum lycopersicum chloroplast
172NC_007943TTGA311897111898212 Solanum bulbocastanum chloroplast
173NC_007944TTGA3815948160613 Gossypium hirsutum chloroplast
174NC_008096TTGA311892411893512 Solanum tuberosum chloroplast
175NC_008097TTGA310026510027511 Chara vulgaris chloroplast
176NC_008114TTGA3224422245413 Pseudendoclonium akinetum chloroplast
177NC_008116TTGA3556825569312 Staurastrum punctulatum chloroplast
178NC_008116TTGA314008214009312 Staurastrum punctulatum chloroplast
179NC_008155TTGA3465294654113 Oryza sativa Indica Group chloroplast
180NC_008325TTGA311895711896812 Daucus carota chloroplast
181NC_008326TTGA3497634977513 Liriodendron tulipifera chloroplast
182NC_008336TTGA3482194823113 Nandina domestica chloroplast
183NC_008359TTGA3507275073711 Morus indica chloroplast
184NC_008372TTGA312738212739312 Stigeoclonium helveticum chloroplast
185NC_008454TTGA311744511745612 Pelargonium x hortorum chloroplast
186NC_008456TTGA3500995011113 Drimys granadensis chloroplast
187NC_008456TTGA311946611947712 Drimys granadensis chloroplast
188NC_008457TTGA3490034901513 Piper cenocladum chloroplast
189NC_008535TTGA3430244303512 Coffea arabica chloroplast
190NC_008535TTGA3936879369913 Coffea arabica chloroplast
191NC_008590TTGA3471884720013 Hordeum vulgare subsp. vulgare chloroplast
192NC_008591TTGA3470144702613 Agrostis stolonifera chloroplast
193NC_008602TTGA3497664977813 Sorghum bicolor chloroplast
194NC_008641TTGA3816358164713 Gossypium barbadense chloroplast
195NC_008641TTGA312295612296712 Gossypium barbadense chloroplast
196NC_008796TTGA3476864769813 Ranunculus macranthus chloroplast
197NC_009259TTGA3893548936613 Phaseolus vulgaris chloroplast
198NC_009271TTGA3710627107312 Crucihimalaya wallichii chloroplast
199NC_009272TTGA3693366934712 Draba nemorosa chloroplast
200NC_009272TTGA313321513322511 Draba nemorosa chloroplast
201NC_009273TTGA3710677107812 Lepidium virginicum chloroplast
202NC_009274TTGA3693586936912 Lobularia maritima chloroplast
203NC_009275TTGA3712707128112 Nasturtium officinale chloroplast
204NC_009598TTGA3488174882913 Chloranthus spicatus chloroplast
205NC_009599TTGA3501515016313 Buxus microphylla chloroplast
206NC_009600TTGA3502835029513 Illicium oligandrum chloroplast
207NC_009681TTGA3955629557211 Leptosira terrestris chloroplast
208NC_009765TTGA3476774768711 Cuscuta gronovii chloroplast
209NC_009808TTGA3684806849011 Ipomoea purpurea chloroplast
210NC_009808TTGA313330313331412 Ipomoea purpurea chloroplast
211NC_009949TTGA3468674687711 Cuscuta obtusiflora chloroplast
212NC_009950TTGA3464464645813 Lolium perenne chloroplast
213NC_009962TTGA311956611957712 Ceratophyllum demersum chloroplast
214NC_010093TTGA3475744758613 Acorus americanus chloroplast
215NC_010361TTGA3345203453011 Oenothera biennis chloroplast
216NC_010433TTGA3980009801213 Manihot esculenta chloroplast
217NC_010442TTGA313491313492412 Trachelium caeruleum chloroplast
218NC_010548TTGA3378913790212 Cryptomeria japonica chloroplast
219NC_010548TTGA3427184272912 Cryptomeria japonica chloroplast
220NC_010548TTGA3801318014212 Cryptomeria japonica chloroplast
221NC_010772TTGA3409114092111 Heterosigma akashiwo chloroplast
222NC_011031TTGA313351113352111 Oedogonium cardiacum chloroplast
223NC_011032TTGA3464684648013 Brachypodium distachyon chloroplast
224NC_011153TTGA310893710894711 Pinus contorta chloroplast
225NC_011153TTGA311935411936411 Pinus contorta chloroplast
226NC_011713TTGA3469064691813 Festuca arundinacea chloroplast
227NC_011828TTGA3144471445812 Trifolium subterraneum chloroplast
228NC_011828TTGA3718617187212 Trifolium subterraneum chloroplast
229NC_011828TTGA3839388394912 Trifolium subterraneum chloroplast
230NC_011942TTGA3826008261011 Gnetum parvifolium chloroplast
231NC_011954TTGA3920259203612 Ephedra equisetina chloroplast
232NC_012099TTGA32978298811 Pyramimonas parkeae chloroplast
233NC_012615TTGA3506865069813 Megaleranthis saniculifolia chloroplast
234NC_012818TTGA3319083191912 Alsophila spinulosa chloroplast
235NC_012818TTGA3328133282311 Alsophila spinulosa chloroplast
236NC_012903TTGA3526465265712 Aureoumbra lagunensis chloroplast
237NC_012927TTGA3486804869213 Bambusa oldhamii chloroplast
238NC_012978TTGA35268527912 Parachlorella kessleri chloroplast
239NC_013088TTGA3488554886713 Dendrocalamus latiflorus chloroplast
240NC_013273TTGA3492494926113 Coix lacryma-jobi chloroplast
241NC_013359TTGA3385723858211 Bryopsis hypnoides chloroplast
242NC_013359TTGA3464524646312 Bryopsis hypnoides chloroplast
243NC_013359TTGA312364412365411 Bryopsis hypnoides chloroplast
244NC_013823TTGA3504385045013 Typha latifolia chloroplast
245NC_013843TTGA3904699048113 Vigna radiata chloroplast
246NC_013991TTGA3479954800713 Phoenix dactylifera chloroplast
247NC_014056TTGA3465024651413 Oncidium Gower Ramsey chloroplast
248NC_014062TTGA3485624857413 Anomochloa marantoidea chloroplast
249NC_014063TTGA3695546956613 Lathyrus sativus chloroplast