ChloroMitoSSRDB 2.0 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Back To Motif Summary

Chloroplast Motifs - Imperfect ATGA Repeats

S.NoSequence IDMotifIterationsStartEndTract LengthSequence Name
1NC_021109ATGA512302312304321Pleodorina starrii plastid
2NC_021433ATGA511002311004119Cymbidium mannii voucher KUN:YJB100602 chloroplast
3NC_007499ATGA511125911127719 Phalaenopsis aphrodite subsp. formosana chloroplast
4NC_009268ATGA54795481319 Arabis hirsuta chloroplast
5NC_011087ATGA467530667532116Paulinella chromatophora chromatophore
6NC_016986ATGA4662836629816Ginkgo biloba chloroplast
7NC_004799ATGA4516145163421 Cyanidioschyzon merolae strain 10D chloroplast
8NC_008117ATGA4930099302416 Zygnema circumcarinatum chloroplast
9NC_013086ATGA4574525746716 Selaginella moellendorffii plastid
10NC_014348ATGA3601936020412Pteridium aquilinum subsp. aquilinum chloroplast
11NC_014573ATGA313347113348212Geranium palmatum plastid
12NC_014575ATGA3958699588012Cedrus deodara chloroplast
13NC_014592ATGA313751613752712Cheilanthes lindheimeri chloroplast
14NC_014674ATGA312407112408212Castanea mollissima chloroplast
15NC_015308ATGA3348813489111Hevea brasiliensis chloroplast
16NC_015401ATGA3334673347711Olea europaea subsp. europaea plastid
17NC_015403ATGA3761557616713Fistulifera sp. JPCC DA0580 chloroplast
18NC_015604ATGA3133701338213Olea europaea subsp. cuspidata chloroplast
19NC_015604ATGA3334693347911Olea europaea subsp. cuspidata chloroplast
20NC_015608ATGA3335143352411Olea woodiana subsp. woodiana chloroplast
21NC_015623ATGA3334753348511Olea europaea subsp. maroccana chloroplast
22NC_015803ATGA3198951990612Indocalamus longiauritus plastid
23NC_015817ATGA3199251993612Phyllostachys edulis chloroplast
24NC_015820ATGA3199511996212Acidosasa purpurea chloroplast
25NC_015826ATGA3199061991712Phyllostachys nigra var. henonis chloroplast
26NC_015830ATGA3195281953912Bambusa emeiensis chloroplast
27NC_015831ATGA3199641997512Ferrocalamus rimosivaginus plastid
28NC_015894ATGA3690456905612Wolffiella lingulata chloroplast
29NC_015894ATGA313200113201313Wolffiella lingulata chloroplast
30NC_015899ATGA3680996811012Wolffia australiana chloroplast
31NC_015990ATGA3113651137612Panicum virgatum chloroplast
32NC_016058ATGA3961269613712Larix decidua chloroplast
33NC_016064ATGA34403441412Pseudotsuga sinensis var. wilsoniana chloroplast
34NC_016065ATGA3788237883513Taiwania cryptomerioides chloroplast DNA
35NC_016068ATGA3127571276913Nicotiana undulata chloroplast
36NC_016068ATGA311941011942112Nicotiana undulata chloroplast
37NC_016430ATGA3339623397211Eleutherococcus senticosus chloroplast
38NC_016430ATGA312713312714412Eleutherococcus senticosus chloroplast
39NC_016433ATGA3126431265513Sesamum indicum chloroplast
40NC_016468ATGA3126241263613Boea hygrometrica chloroplast
41NC_016677ATGA3188611887212Leersia tisserantii plastid
42NC_016699ATGA3199141992512Phyllostachys propinqua chloroplast
43NC_016708ATGA3339763398611Millettia pinnata chloroplast
44NC_016708ATGA311584811585912Millettia pinnata chloroplast
45NC_016708ATGA312296312297412Millettia pinnata chloroplast
46NC_016718ATGA3188031881412Rhynchoryza subulata plastid
47NC_016727ATGA312233012234112Silene vulgaris chloroplast
48NC_016730ATGA312247912249012Silene latifolia chloroplast
49NC_017602ATGA312253712254711Elaeis guineensis chloroplast
50NC_017609ATGA311137911139012Phalaenopsis equestris chloroplast
51NC_017609ATGA311592711593812Phalaenopsis equestris chloroplast
52NC_017928ATGA3140721408312Plasmodium falciparum HB3 apicoplast
53NC_018051ATGA311373011374112Vigna unguiculata chloroplast
54NC_018114ATGA310731110732111Erycina pusilla chloroplast
55NC_018114ATGA311958611959712Erycina pusilla chloroplast
56NC_018117ATGA3125531256513Datura stramonium chloroplast
57NC_018117ATGA3332763328611Datura stramonium chloroplast
58NC_018552ATGA3126751268713Capsicum annuum chloroplast
59NC_018552ATGA3332123322211Capsicum annuum chloroplast
60NC_018552ATGA3681866819712Capsicum annuum chloroplast
61NC_019648ATGA3175811759212Festuca altissima plastid
62NC_019649ATGA3166871669812Festuca ovina plastid
63NC_019650ATGA3175231753412Festuca pratensis plastid
64NC_019651ATGA3174801749112Lolium multiflorum plastid
65NC_020098ATGA3127921280413Tectona grandis chloroplast
66NC_020147ATGA3758477585812Ophioglossum californicum chloroplast
67NC_020319ATGA3245252453713Cycas revoluta chloroplast
68NC_020341ATGA3198921990312Arundinaria gigantea chloroplast
69NC_020364ATGA312315712316711Pseudophoenix vinifera plastid
70NC_020431ATGA3121931220513Salvia miltiorrhiza chloroplast
71NC_021091ATGA311415211416312Vigna angularis chloroplast DNA
72NC_021121ATGA3328293283911Ardisia polysticta chloroplast
73NC_021121ATGA311960311961412Ardisia polysticta chloroplast
74NC_021121ATGA312627412628512Ardisia polysticta chloroplast
75NC_021189ATGA3258682587912Pyropia haitanensis voucher PH-38 chloroplast
76NC_021372ATGA3625406255112Pharus latifolius chloroplast
77NC_021423ATGA3121391215113Catharanthus roseus cultivar Pacifica Punch Halo chloroplast
78NC_021423ATGA3327963280611Catharanthus roseus cultivar Pacifica Punch Halo chloroplast
79NC_021423ATGA312544912546012Catharanthus roseus cultivar Pacifica Punch Halo chloroplast
80NC_021429ATGA311941511942612Cymbidium aloifolium voucher KUN:YJB100604 chloroplast
81NC_021429ATGA313170413171512Cymbidium aloifolium voucher KUN:YJB100604 chloroplast
82NC_021430ATGA311011611012611Cymbidium sinense voucher KUN:YJB100605 chloroplast
83NC_021430ATGA313035213036312Cymbidium sinense voucher KUN:YJB100605 chloroplast
84NC_021431ATGA311016411017411Cymbidium tortisepalum voucher KUN:HJL091027 chloroplast
85NC_021431ATGA313043913045012Cymbidium tortisepalum voucher KUN:HJL091027 chloroplast
86NC_021432ATGA311018411019411Cymbidium tracyanum voucher KUN:YJB100606 chloroplast
87NC_021432ATGA313107013108112Cymbidium tracyanum voucher KUN:YJB100606 chloroplast
88NC_021433ATGA311836411837512Cymbidium mannii voucher KUN:YJB100602 chloroplast
89NC_021438ATGA3683986840912Gnetum montanum chloroplast
90NC_021439ATGA34365437612Pinus massoniana chloroplast
91NC_021439ATGA3262452625612Pinus massoniana chloroplast
92NC_021440ATGA35168517912Pinus taeda chloroplast
93NC_021440ATGA3270422705312Pinus taeda chloroplast
94NC_021441ATGA3778697788113Taiwania flousiana chloroplast
95NC_021760ATGA3178761788712Triticum monococcum chloroplast
96NC_021761ATGA3178971790812Secale cereale chloroplast
97NC_021762ATGA3178661787712Triticum urartu chloroplast
98NC_022099ATGA36983699412Medicago truncatula cultivar Jemalong 2HA plastid
99NC_022100ATGA36987699812Medicago truncatula cultivar Borung plastid
100NC_022133ATGA3179091792012Aegilops tauschii chloroplast
101NC_022135ATGA3178611787212Aegilops speltoides isolate SPE0661 chloroplast
102NC_022136ATGA3604836049412Lygodium japonicum chloroplast
103NC_000925ATGA32124213613 Porphyra purpurea chloroplast
104NC_001631ATGA34280429112 Pinus thunbergii chloroplast
105NC_001631ATGA3261722618312 Pinus thunbergii chloroplast
106NC_001666ATGA3115941160512 Zea mays chloroplast
107NC_001840ATGA313679813680811 Cyanidium caldarium chloroplast
108NC_001879ATGA3127451275713 Nicotiana tabacum plastid
109NC_001879ATGA311947611948712 Nicotiana tabacum plastid
110NC_002652ATGA3272012721111 Euglena longa plastid
111NC_002693ATGA312311412312512 Oenothera elata subsp. hookeri plastid plastome I
112NC_002694ATGA3343283433811 Lotus japonicus chloroplast
113NC_002694ATGA311390111391212 Lotus japonicus chloroplast
114NC_002762ATGA3181441815512 Triticum aestivum chloroplast
115NC_003119ATGA36983699412 Medicago truncatula chloroplast
116NC_004543ATGA3882128822312 Anthoceros formosae chloroplast
117NC_004561ATGA3125161252813 Atropa belladonna chloroplast
118NC_004561ATGA312015812016912 Atropa belladonna chloroplast
119NC_004677ATGA34119413012 Pinus koraiensis chloroplast
120NC_004799ATGA3170181702912 Cyanidioschyzon merolae strain 10D chloroplast
121NC_005878ATGA3735637357412 Saccharum hybrid cultivar SP-80-3280 chloroplast
122NC_006084ATGA3119361194712 Saccharum hybrid cultivar NCo 310 chloroplast
123NC_006290ATGA3336593366911 Panax ginseng chloroplast
124NC_006290ATGA312657612658712 Panax ginseng chloroplast
125NC_007407ATGA312041512042511 Acorus calamus plastid
126NC_007499ATGA311579011580112 Phalaenopsis aphrodite subsp. formosana chloroplast
127NC_007500ATGA3127431275513 Nicotiana sylvestris chloroplast
128NC_007500ATGA311947411948512 Nicotiana sylvestris chloroplast
129NC_007602ATGA3126831269513 Nicotiana tomentosiformis chloroplast
130NC_007898ATGA3123401235213 Solanum lycopersicum chloroplast
131NC_007898ATGA311888611889712 Solanum lycopersicum chloroplast
132NC_007898ATGA312574712575812 Solanum lycopersicum chloroplast
133NC_007932ATGA38912892211 Porphyra yezoensis chloroplast
134NC_007943ATGA3123511236313 Solanum bulbocastanum chloroplast
135NC_007943ATGA311877911879012 Solanum bulbocastanum chloroplast
136NC_007957ATGA312044212045211 Vitis vinifera chloroplast
137NC_007957ATGA312372412373512 Vitis vinifera chloroplast
138NC_008096ATGA3124701248213 Solanum tuberosum chloroplast
139NC_008096ATGA311873211874312 Solanum tuberosum chloroplast
140NC_008235ATGA311866211867312 Populus alba chloroplast
141NC_008334ATGA312236512237612 Citrus sinensis chloroplast
142NC_008336ATGA3671046711411 Nandina domestica chloroplast
143NC_008359ATGA312176012177112 Morus indica chloroplast
144NC_008372ATGA315820215821312 Stigeoclonium helveticum chloroplast
145NC_008407ATGA3137501376213 Jasminum nudiflorum chloroplast
146NC_008407ATGA3647636477513 Jasminum nudiflorum chloroplast
147NC_008407ATGA3648596487113 Jasminum nudiflorum chloroplast
148NC_008454ATGA313894813895912 Pelargonium x hortorum chloroplast
149NC_008454ATGA315765315766311 Pelargonium x hortorum chloroplast
150NC_008456ATGA3644446445411 Drimys granadensis chloroplast
151NC_008457ATGA3680326804312 Piper cenocladum chloroplast
152NC_008602ATGA3124491246012 Sorghum bicolor chloroplast
153NC_009143ATGA311914011915112 Populus trichocarpa chloroplast
154NC_009259ATGA311274311275412 Phaseolus vulgaris chloroplast
155NC_009265ATGA311698211699312 Aethionema cordifolium chloroplast
156NC_009266ATGA311711011712112 Aethionema grandiflorum chloroplast
157NC_009272ATGA34731474111 Draba nemorosa chloroplast
158NC_009274ATGA34641465111 Lobularia maritima chloroplast
159NC_009600ATGA3501755018713 Illicium oligandrum chloroplast
160NC_009601ATGA34967497812 Dioscorea elephantipes chloroplast
161NC_009618ATGA316268316269513 Cycas taitungensis chloroplast
162NC_009766ATGA39010902213 Cuscuta reflexa chloroplast
163NC_009808ATGA312694712695812 Ipomoea purpurea chloroplast
164NC_009950ATGA3175281753912 Lolium perenne chloroplast
165NC_009963ATGA39452946413 Cuscuta exaltata chloroplast
166NC_010093ATGA312008512009511 Acorus americanus chloroplast
167NC_010323ATGA312279712280812 Carica papaya chloroplast
168NC_010323ATGA312655512656511 Carica papaya chloroplast
169NC_010358ATGA312239212240312 Oenothera argillicola chloroplast
170NC_010359ATGA3286352864612 Aneura mirabilis chloroplast
171NC_010360ATGA312301512302612 Oenothera glazioviana chloroplast
172NC_010361ATGA312249312250412 Oenothera biennis chloroplast
173NC_010362ATGA312122812123912 Oenothera parviflora chloroplast
174NC_010433ATGA3340133402311 Manihot esculenta chloroplast
175NC_010433ATGA312381412382512 Manihot esculenta chloroplast
176NC_010548ATGA311882711883913 Cryptomeria japonica chloroplast
177NC_011031ATGA3992669927712 Oedogonium cardiacum chloroplast
178NC_011152ATGA34390440112 Picea sitchensis chloroplast
179NC_011152ATGA3261732618412 Picea sitchensis chloroplast
180NC_011153ATGA3262402625112 Pinus contorta chloroplast
181NC_011154ATGA34215422612 Pinus gerardiana chloroplast
182NC_011154ATGA3259912600212 Pinus gerardiana chloroplast
183NC_011155ATGA34202421312 Pinus krempfii chloroplast
184NC_011155ATGA3259072591812 Pinus krempfii chloroplast
185NC_011156ATGA34205421612 Pinus lambertiana chloroplast
186NC_011158ATGA34164417512 Pinus monophylla chloroplast
187NC_011159ATGA34218422912 Pinus nelsonii chloroplast
188NC_011930ATGA3450304504112 Keteleeria davidiana chloroplast
189NC_011930ATGA3670516706212 Keteleeria davidiana chloroplast
190NC_011942ATGA3108611087212 Gnetum parvifolium chloroplast
191NC_012818ATGA3613026131312 Alsophila spinulosa chloroplast
192NC_012927ATGA3194221943312 Bambusa oldhamii chloroplast
193NC_013088ATGA3196101962112 Dendrocalamus latiflorus chloroplast
194NC_013273ATGA3119591197012 Coix lacryma-jobi chloroplast
195NC_013553ATGA3547505476011 Parthenium argentatum chloroplast
196NC_013843ATGA311375411376512 Vigna radiata chloroplast
197NC_014056ATGA310745310746311 Oncidium Gower Ramsey chloroplast
198NC_014056ATGA312135512136612 Oncidium Gower Ramsey chloroplast
199NC_014063ATGA3481224813211 Lathyrus sativus chloroplast
200NC_014063ATGA310171110172212 Lathyrus sativus chloroplast
201NC_013707ATGA3334423345211 Olea europaea chloroplast