ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Repeats of Zea mays subsp. parviglumis mitochondrion

Click on Table Heading To Sort Results Accordingly

S.No.	Genome ID	SSR	SSR Type	Start	End	Tract Length	Primer Design
1	NC_008332	(CTCTA)4ct(AAATG)4	c	4498	4539	42	Design Primer
2	NC_008332	(ATTTC)3	p5	5257	5271	15	Design Primer
3	NC_008332	(ACGAG)3	p5	5400	5414	15	Design Primer
4	NC_008332	(GAT)4	p3	8195	8206	12	Design Primer
5	NC_008332	(TGGAT)3	p5	18298	18312	15	Design Primer
6	NC_008332	(ATAAC)3	p5	22790	22804	15	Design Primer
7	NC_008332	(GTAG)4	p4	22964	22979	16	Design Primer
8	NC_008332	(TTAGT)3	p5	23465	23479	15	Design Primer
9	NC_008332	(A)12	p1	25031	25042	12	Design Primer
10	NC_008332	(GAATGG)3	p6	27413	27430	18	Design Primer
11	NC_008332	(TAAG)3	p4	28997	29008	12	Design Primer
12	NC_008332	(TCTT)3	p4	30928	30939	12	Design Primer
13	NC_008332	(TATT)3	p4	31139	31150	12	Design Primer
14	NC_008332	(TAAGT)5	p5	34131	34155	25	Design Primer
15	NC_008332	(GACT)3	p4	41657	41668	12	Design Primer
16	NC_008332	(T)10	p1	42703	42712	10	Design Primer
17	NC_008332	(TTTAG)4	p5	49483	49502	20	Design Primer
18	NC_008332	(GAAA)3	p4	53112	53123	12	Design Primer
19	NC_008332	(ACA)4	p3	54279	54290	12	Design Primer
20	NC_008332	(TTC)4	p3	56413	56424	12	Design Primer
21	NC_008332	(GCAA)3	p4	62101	62112	12	Design Primer
22	NC_008332	(TTCTA)3tcttgataaaactatgtaaacgataagtaagcttacggcataacttcttgtattccgatagctgg(CTTA)3	c	66015	66106	92	Design Primer
23	NC_008332	(TCCTG)3	p5	72097	72111	15	Design Primer
24	NC_008332	(TATAT)7	p5	77313	77347	35	Design Primer
25	NC_008332	(ATT)4	p3	78488	78499	12	Design Primer
26	NC_008332	(ATCAA)3	p5	81052	81066	15	Design Primer
27	NC_008332	(AGA)4	p3	87030	87041	12	Design Primer
28	NC_008332	(CAGT)3	p4	89130	89141	12	Design Primer
29	NC_008332	(CTGT)3	p4	89964	89975	12	Design Primer
30	NC_008332	(TTAGT)3	p5	90438	90452	15	Design Primer
31	NC_008332	(CTCTA)4ct(AAATG)4	c	93396	93437	42	Design Primer
32	NC_008332	(ATTTC)3	p5	94155	94169	15	Design Primer
33	NC_008332	(ACGAG)3	p5	94298	94312	15	Design Primer
34	NC_008332	(TGGC)3	p4	96867	96878	12	Design Primer
35	NC_008332	(CAAT)3(CAATC)4*	c*	105324	105351	28	Design Primer
36	NC_008332	(ACTAC)3	p5	109932	109946	15	Design Primer
37	NC_008332	(TACTAG)3	p6	110472	110489	18	Design Primer
38	NC_008332	(AAG)4	p3	110607	110618	12	Design Primer
39	NC_008332	(TCTTTA)3	p6	111289	111306	18	Design Primer
40	NC_008332	(TTCT)3	p4	115154	115165	12	Design Primer
41	NC_008332	(TTGGA)3	p5	116645	116659	15	Design Primer
42	NC_008332	(A)10	p1	118162	118171	10	Design Primer
43	NC_008332	(ACTTAG)3	p6	121686	121703	18	Design Primer
44	NC_008332	(TATAGA)3	p6	122578	122595	18	Design Primer
45	NC_008332	(ACTTT)3	p5	124291	124305	15	Design Primer
46	NC_008332	(GAAA)3	p4	124596	124607	12	Design Primer
47	NC_008332	(TTGC)3	p4	127525	127536	12	Design Primer
48	NC_008332	(TAGTAC)3	p6	129474	129491	18	Design Primer
49	NC_008332	(TATTAC)5t(ATGGAA)3	c	131158	131206	49	Design Primer
50	NC_008332	(GTGA)3	p4	133971	133982	12	Design Primer
51	NC_008332	(TAGTAC)3	p6	142371	142388	18	Design Primer
52	NC_008332	(AATTC)3	p5	142929	142943	15	Design Primer
53	NC_008332	(GATA)3	p4	144384	144395	12	Design Primer
54	NC_008332	(TACTT)3	p5	148940	148954	15	Design Primer
55	NC_008332	(ATAGT)3	p5	149468	149482	15	Design Primer
56	NC_008332	(ACAG)3	p4	151696	151707	12	Design Primer
57	NC_008332	(TCTA)4	p4	152900	152915	16	Design Primer
58	NC_008332	(TGAG)3tccactgtttacgttacaactagcagtagcgtgtcaattctagtcagaaaaaaagctttccattgattcatgata(GTGCC)3	c	155989	156090	102	Design Primer
59	NC_008332	(ACCTT)4	p5	157720	157739	20	Design Primer
60	NC_008332	(AAGC)3	p4	159581	159592	12	Design Primer
61	NC_008332	(GAA)6	p3	160612	160629	18	Design Primer
62	NC_008332	(CTT)4	p3	163098	163109	12	Design Primer
63	NC_008332	(ATAGTA)5	p6	165074	165103	30	Design Primer
64	NC_008332	(TCATA)6	p5	170620	170649	30	Design Primer
65	NC_008332	(GTC)4	p3	171481	171492	12	Design Primer
66	NC_008332	(CT)6	p2	172008	172019	12	Design Primer
67	NC_008332	(TAGC)3	p4	175334	175345	12	Design Primer
68	NC_008332	(ATGAGT)3	p6	178510	178527	18	Design Primer
69	NC_008332	(GGAT)3	p4	186973	186984	12	Design Primer
70	NC_008332	(ACTAC)3	p5	195183	195197	15	Design Primer
71	NC_008332	(AAAG)3	p4	197379	197390	12	Design Primer
72	NC_008332	(TTCTT)3	p5	203630	203644	15	Design Primer
73	NC_008332	(T)10agttcgcactgctctttctctctaaattgcatcaaagaaaat(AG)6	c	204410	204473	64	Design Primer
74	NC_008332	(GAGC)3	p4	207177	207188	12	Design Primer
75	NC_008332	(TTAAG)3	p5	214152	214166	15	Design Primer
76	NC_008332	(TTCTAT)3	p6	217569	217586	18	Design Primer
77	NC_008332	(C)10	p1	219936	219945	10	Design Primer
78	NC_008332	(AAAG)3	p4	221840	221851	12	Design Primer
79	NC_008332	(TCTTAT)5	p6	222169	222198	30	Design Primer
80	NC_008332	(ATCTT)5	p5	223670	223694	25	Design Primer
81	NC_008332	(TA)6	p2	224384	224395	12	Design Primer
82	NC_008332	(GTATTC)3	p6	229940	229957	18	Design Primer
83	NC_008332	(TACTA)6	p5	230187	230216	30	Design Primer
84	NC_008332	(TAGC)3	p4	236879	236890	12	Design Primer
85	NC_008332	(G)10	p1	238297	238306	10	Design Primer
86	NC_008332	(T)10	p1	240132	240141	10	Design Primer
87	NC_008332	(ACTTT)3	p5	246880	246894	15	Design Primer
88	NC_008332	(TATTA)3	p5	247524	247538	15	Design Primer
89	NC_008332	(TCAG)3	p4	251313	251324	12	Design Primer
90	NC_008332	(CATT)3	p4	255013	255024	12	Design Primer
91	NC_008332	(T)10	p1	255816	255825	10	Design Primer
92	NC_008332	(A)10	p1	261793	261802	10	Design Primer
93	NC_008332	(GCAAA)3	p5	270750	270764	15	Design Primer
94	NC_008332	(CTATA)3	p5	284356	284370	15	Design Primer
95	NC_008332	(TAAGT)3	p5	287119	287133	15	Design Primer
96	NC_008332	(TCGT)3	p4	288686	288697	12	Design Primer
97	NC_008332	(TGGAT)3	p5	290045	290059	15	Design Primer
98	NC_008332	(TGAA)3	p4	290426	290437	12	Design Primer
99	NC_008332	(CTATA)3	p5	290835	290849	15	Design Primer
100	NC_008332	(T)12	p1	293211	293222	12	Design Primer
101	NC_008332	(GAA)4	p3	296532	296543	12	Design Primer
102	NC_008332	(TCAAA)3	p5	297248	297262	15	Design Primer
103	NC_008332	(CTTTA)3	p5	298180	298194	15	Design Primer
104	NC_008332	(CTC)4gttgttgccgtggagaaagaccgtattcacgtctagttgaaatagatgcaagtcctcggccgc(TACTA)4	c	299603	299697	95	Design Primer
105	NC_008332	(GAAAT)3	p5	300156	300170	15	Design Primer
106	NC_008332	(ACTAA)3	p5	301717	301731	15	Design Primer
107	NC_008332	(TACTA)4	p5	302426	302445	20	Design Primer
108	NC_008332	(TTCT)3	p4	309050	309061	12	Design Primer
109	NC_008332	(TGTT)3	p4	311516	311527	12	Design Primer
110	NC_008332	(ATAAGG)3	p6	317620	317637	18	Design Primer
111	NC_008332	(CTCTCG)3	p6	319760	319777	18	Design Primer
112	NC_008332	(ATAGA)3taggtatctctgtggatagagataaagatagggatccctcgaaatatatggaaaaagtgcactttttg(ACT)4	c	322045	322139	95	Design Primer
113	NC_008332	(TATAG)3	p5	322316	322330	15	Design Primer
114	NC_008332	(TAG)4	p3	322432	322443	12	Design Primer
115	NC_008332	(TCGC)3	p4	324849	324860	12	Design Primer
116	NC_008332	(T)10	p1	329999	330008	10	Design Primer
117	NC_008332	(ATA)5tatattatatcttta(TAT)4	c	331462	331503	42	Design Primer
118	NC_008332	(ACTAA)3	p5	331791	331805	15	Design Primer
119	NC_008332	(CTATA)3	p5	332778	332792	15	Design Primer
120	NC_008332	(GAAAG)3	p5	339634	339648	15	Design Primer
121	NC_008332	(CTCA)3	p4	343064	343075	12	Design Primer
122	NC_008332	(AGA)4	p3	348435	348446	12	Design Primer
123	NC_008332	(TAGA)3	p4	353388	353399	12	Design Primer
124	NC_008332	(AGAA)3	p4	355526	355537	12	Design Primer
125	NC_008332	(CAGATA)3	p6	356673	356690	18	Design Primer
126	NC_008332	(T)10	p1	358963	358972	10	Design Primer
127	NC_008332	(TCTAT)3	p5	360023	360037	15	Design Primer
128	NC_008332	(TATAG)4	p5	364266	364285	20	Design Primer
129	NC_008332	(CCTGG)3	p5	364997	365011	15	Design Primer
130	NC_008332	(TAAA)3	p4	366535	366546	12	Design Primer
131	NC_008332	(AGT)4	p3	367196	367207	12	Design Primer
132	NC_008332	(T)10	p1	372055	372064	10	Design Primer
133	NC_008332	(ATAGT)4	p5	375685	375704	20	Design Primer
134	NC_008332	(GCCT)3	p4	377957	377968	12	Design Primer
135	NC_008332	(ATTCC)3	p5	379942	379956	15	Design Primer
136	NC_008332	(TAGCTT)3	p6	386183	386200	18	Design Primer
137	NC_008332	(ACT)4	p3	390740	390751	12	Design Primer
138	NC_008332	(TA)6	p2	393542	393553	12	Design Primer
139	NC_008332	(TATAG)3	p5	395015	395029	15	Design Primer
140	NC_008332	(GTAAA)5	p5	396014	396038	25	Design Primer
141	NC_008332	(TTCTGG)3	p6	396364	396381	18	Design Primer
142	NC_008332	(AGAA)3	p4	397596	397607	12	Design Primer
143	NC_008332	(AGA)4	p3	399252	399263	12	Design Primer
144	NC_008332	(CTCCA)3	p5	399532	399546	15	Design Primer
145	NC_008332	(CTA)6	p3	401789	401806	18	Design Primer
146	NC_008332	(TTTG)3	p4	403378	403389	12	Design Primer
147	NC_008332	(TTTC)3	p4	403492	403503	12	Design Primer
148	NC_008332	(ATT)4	p3	404045	404056	12	Design Primer
149	NC_008332	(TTAGT)4(ATAGT)5	c	405114	405158	45	Design Primer
150	NC_008332	(TCCT)3	p4	405677	405688	12	Design Primer
151	NC_008332	(ATAGG)10	p5	407339	407388	50	Design Primer
152	NC_008332	(AG)6	p2	407740	407751	12	Design Primer
153	NC_008332	(T)10	p1	410612	410621	10	Design Primer
154	NC_008332	(TATAG)5	p5	411505	411529	25	Design Primer
155	NC_008332	(TTCCAT)3	p6	411976	411993	18	Design Primer
156	NC_008332	(TCTT)3	p4	413251	413262	12	Design Primer
157	NC_008332	(ATGGCA)3	p6	417117	417134	18	Design Primer
158	NC_008332	(ACCATA)5	p6	420635	420664	30	Design Primer
159	NC_008332	(GTTAG)3	p5	425244	425258	15	Design Primer
160	NC_008332	(GTAAA)3	p5	432460	432474	15	Design Primer
161	NC_008332	(AAAGTA)3	p6	432757	432774	18	Design Primer
162	NC_008332	(CAAG)3	p4	433690	433701	12	Design Primer
163	NC_008332	(T)10	p1	435163	435172	10	Design Primer
164	NC_008332	(TC)6	p2	435380	435391	12	Design Primer
165	NC_008332	(CTTT)3	p4	437375	437386	12	Design Primer
166	NC_008332	(GAA)4	p3	443185	443196	12	Design Primer
167	NC_008332	(TCAAA)3	p5	443901	443915	15	Design Primer
168	NC_008332	(CTTTA)3	p5	444833	444847	15	Design Primer
169	NC_008332	(CTC)4gttgttgccgtggagaaagaccgtattcacgtctagttgaaatagatgcaagtcctcggccgc(TACTA)4	c	446256	446350	95	Design Primer
170	NC_008332	(GAAAT)3	p5	446809	446823	15	Design Primer
171	NC_008332	(ACTAA)3	p5	448370	448384	15	Design Primer
172	NC_008332	(TACTA)4	p5	449079	449098	20	Design Primer
173	NC_008332	(TTCT)3	p4	455703	455714	12	Design Primer
174	NC_008332	(TGTT)3	p4	458169	458180	12	Design Primer
175	NC_008332	(ATAAGG)3	p6	464273	464290	18	Design Primer
176	NC_008332	(CTCTCG)3	p6	466413	466430	18	Design Primer
177	NC_008332	(ATAGA)3taggtatctctgtggatagagataaagatagggatccctcgaaatatatggaaaaagtgcactttttg(ACT)4	c	468698	468792	95	Design Primer
178	NC_008332	(TATAG)3	p5	468969	468983	15	Design Primer
179	NC_008332	(TAG)4	p3	469085	469096	12	Design Primer
180	NC_008332	(TCGC)3	p4	471502	471513	12	Design Primer
181	NC_008332	(T)10	p1	476652	476661	10	Design Primer
182	NC_008332	(ATA)5tatattatatcttta(TAT)4	c	478115	478156	42	Design Primer
183	NC_008332	(ACTAA)3	p5	478444	478458	15	Design Primer
184	NC_008332	(CTATA)3	p5	479431	479445	15	Design Primer
185	NC_008332	(GAAAG)3	p5	486287	486301	15	Design Primer
186	NC_008332	(CTCA)3	p4	489717	489728	12	Design Primer
187	NC_008332	(AAAG)3	p4	493782	493793	12	Design Primer
188	NC_008332	(TTGAA)3	p5	494457	494471	15	Design Primer
189	NC_008332	(A)10	p1	499921	499930	10	Design Primer
190	NC_008332	(TTCC)3	p4	500491	500502	12	Design Primer
191	NC_008332	(TCTAC)3	p5	502250	502264	15	Design Primer
192	NC_008332	(CTTTAT)3	p6	502975	502992	18	Design Primer
193	NC_008332	(TCCTTA)4	p6	505633	505656	24	Design Primer
194	NC_008332	(TATAGA)5	p6	505984	506013	30	Design Primer
195	NC_008332	(TAC)4	p3	507059	507070	12	Design Primer
196	NC_008332	(TAGC)3	p4	507503	507514	12	Design Primer
197	NC_008332	(TAGTA)4	p5	509998	510017	20	Design Primer
198	NC_008332	(GCAGG)4	p5	510204	510223	20	Design Primer
199	NC_008332	(GAA)4	p3	513367	513378	12	Design Primer
200	NC_008332	(CTATAA)3(AAGGG)8*	c*	515173	515228	56	Design Primer
201	NC_008332	(CTACG)3	p5	519654	519668	15	Design Primer
202	NC_008332	(AAAG)3	p4	526104	526115	12	Design Primer
203	NC_008332	(GA)6	p2	528099	528110	12	Design Primer
204	NC_008332	(A)10	p1	528318	528327	10	Design Primer
205	NC_008332	(CTTG)3	p4	529789	529800	12	Design Primer
206	NC_008332	(TTACTT)3	p6	530715	530732	18	Design Primer
207	NC_008332	(TTTAC)3	p5	531016	531030	15	Design Primer
208	NC_008332	(CTAAC)3	p5	538232	538246	15	Design Primer
209	NC_008332	(TATGGT)5	p6	542826	542855	30	Design Primer
210	NC_008332	(TGCCAT)3	p6	546356	546373	18	Design Primer
211	NC_008332	(AAGA)3	p4	550228	550239	12	Design Primer
212	NC_008332	(ATGGAA)3	p6	551497	551514	18	Design Primer
213	NC_008332	(TACTA)5	p5	551959	551983	25	Design Primer
214	NC_008332	(A)10	p1	552869	552878	10	Design Primer
215	NC_008332	(CT)6	p2	555739	555750	12	Design Primer
216	NC_008332	(CCTAT)10	p5	556102	556151	50	Design Primer
217	NC_008332	(AGGA)3	p4	557802	557813	12	Design Primer
218	NC_008332	(TACTA)6(AACTA)3	c	558331	558375	45	Design Primer
219	NC_008332	(AAT)4	p3	559434	559445	12	Design Primer
220	NC_008332	(GAAA)3attcccatgtgaaatttcactttcactttaacaataacaatgcctgcttttttaatgttataaacttagaccaaaaaaataaccataccataagccgtat(AACA)3	c	559987	560110	124	Design Primer
221	NC_008332	(AGT)6	p3	561682	561699	18	Design Primer
222	NC_008332	(TGGAG)3	p5	563944	563958	15	Design Primer
223	NC_008332	(TCT)4	p3	564227	564238	12	Design Primer
224	NC_008332	(TTTC)3	p4	565882	565893	12	Design Primer
225	NC_008332	(CCAGAA)3	p6	567109	567126	18	Design Primer
226	NC_008332	(CTTTA)5	p5	567451	567475	25	Design Primer
227	NC_008332	(CTATA)3	p5	568461	568475	15	Design Primer
228	NC_008332	(AT)6	p2	569936	569947	12	Design Primer
229	NC_008332	(AGT)4	p3	572739	572750	12	Design Primer
230	NC_008332	(ACTAT)4	p5	580456	580475	20	Design Primer
231	NC_008332	(TATAG)3	p5	580601	580615	15	Design Primer
232	NC_008332	(AATCTA)3	p6	580921	580938	18	Design Primer
233	NC_008332	(CCTTT)3	p5	581989	582003	15	Design Primer
234	NC_008332	(GGAT)3	p4	583445	583456	12	Design Primer
235	NC_008332	(ACTAC)3	p5	591655	591669	15	Design Primer
236	NC_008332	(AAAG)3	p4	593851	593862	12	Design Primer
237	NC_008332	(CTGA)3	p4	606110	606121	12	Design Primer
238	NC_008332	(TAATA)3	p5	609896	609910	15	Design Primer
239	NC_008332	(AAAGT)3	p5	610540	610554	15	Design Primer
240	NC_008332	(CGGGG)3	p5	615292	615306	15	Design Primer
241	NC_008332	(GAATGG)3	p6	621863	621880	18	Design Primer
242	NC_008332	(TAAG)3	p4	623447	623458	12	Design Primer
243	NC_008332	(A)10	p1	627203	627212	10	Design Primer
244	NC_008332	(GGCC)3	p4	629547	629558	12	Design Primer
245	NC_008332	(A)10	p1	634179	634188	10	Design Primer
246	NC_008332	(ATAGG)5	p5	636194	636218	25	Design Primer
247	NC_008332	(TAAGTG)3aacgaaatgctga(TTGC)3	c	636502	636544	43	Design Primer
248	NC_008332	(TTAT)3	p4	638492	638503	12	Design Primer
249	NC_008332	(CGGCC)3	p5	640243	640257	15	Design Primer
250	NC_008332	(TAC)4	p3	644756	644767	12	Design Primer
251	NC_008332	(GTGAAA)3	p6	646978	646995	18	Design Primer
252	NC_008332	(GATAT)3	p5	652854	652868	15	Design Primer
253	NC_008332	(ATACT)3	p5	653093	653107	15	Design Primer
254	NC_008332	(TAGGGT)6	p6	654984	655019	36	Design Primer
255	NC_008332	(TAA)4	p3	655211	655222	12	Design Primer
256	NC_008332	(TACTA)3taacgcacacgtttcattattgttgctttactat(ATATG)3	c	656311	656374	64	Design Primer
257	NC_008332	(ACC)4	p3	657978	657989	12	Design Primer
258	NC_008332	(AAGA)3	p4	658115	658126	12	Design Primer
259	NC_008332	(TTCCTT)3	p6	659592	659609	18	Design Primer
260	NC_008332	(TGGT)3	p4	659796	659807	12	Design Primer
261	NC_008332	(AAGTA)4	p5	660323	660342	20	Design Primer
262	NC_008332	(GCCC)3	p4	664009	664020	12	Design Primer
263	NC_008332	(ATG)4	p3	673699	673710	12	Design Primer
264	NC_008332	(T)12	p1	677165	677176	12	Design Primer

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Repeats of Zea mays subsp. parviglumis mitochondrion