ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Huperzia squarrosa mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_017755	GGTT	3	141	153	13	0 %	50 %	50 %	0 %	7 %	38509973
2	NC_017755	TATT	3	865	880	16	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	38509973
3	NC_017755	TGTT	3	2062	2073	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	38509973
4	NC_017755	ATGG	3	3813	3825	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
5	NC_017755	CCCA	3	3918	3929	12	25 %	0 %	0 %	75 %	8 %	Non-Coding
6	NC_017755	GGGA	3	12841	12851	11	25 %	0 %	75 %	0 %	9 %	38509977
7	NC_017755	AATT	3	15116	15127	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_017755	GAAA	3	16821	16832	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_017755	CCCT	3	17331	17341	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	Non-Coding
10	NC_017755	ATTT	3	20486	20497	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017755	ATCT	3	21627	21637	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	38509973
12	NC_017755	TACC	3	23771	23782	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	38509973
13	NC_017755	TAGG	3	32392	32403	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_017755	TGAA	3	32911	32922	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_017755	TCGC	3	34315	34325	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	Non-Coding
16	NC_017755	AGAA	3	35093	35104	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_017755	ATTT	3	35605	35617	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
18	NC_017755	ATTA	3	37546	37557	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017755	GAAA	3	38606	38616	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	38509977
20	NC_017755	ATCT	3	40216	40227	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	38509977
21	NC_017755	TTAT	3	42440	42452	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
22	NC_017755	TTCC	3	42813	42823	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
23	NC_017755	CTTG	3	43141	43151	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
24	NC_017755	GCCA	4	43283	43299	17	25 %	0 %	25 %	50 %	5 %	Non-Coding
25	NC_017755	ATTG	3	43889	43899	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_017755	ATCT	3	44630	44641	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
27	NC_017755	TACC	3	48310	48321	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017755	CATA	3	48887	48897	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	38509978
29	NC_017755	ATTT	3	49030	49041	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_017755	TCGG	3	52370	52380	11	0 %	25 %	50 %	25 %	9 %	38509973
31	NC_017755	AGCC	3	56110	56120	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	38509973
32	NC_017755	AAGA	3	56155	56166	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	38509973
33	NC_017755	CTAA	3	56214	56225	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	38509973
34	NC_017755	CCCG	3	56521	56531	11	0 %	0 %	25 %	75 %	9 %	Non-Coding
35	NC_017755	TTGG	3	56858	56870	13	0 %	50 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
36	NC_017755	CGGC	3	58897	58908	12	0 %	0 %	50 %	50 %	8 %	Non-Coding
37	NC_017755	GAAA	3	62192	62204	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
38	NC_017755	AGCC	3	63939	63950	12	25 %	0 %	25 %	50 %	8 %	Non-Coding
39	NC_017755	CTAC	3	64920	64931	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	38509978
40	NC_017755	CGGG	3	65524	65534	11	0 %	0 %	75 %	25 %	9 %	Non-Coding
41	NC_017755	CCAG	4	66248	66262	15	25 %	0 %	25 %	50 %	6 %	Non-Coding
42	NC_017755	ATAA	3	70153	70168	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
43	NC_017755	GTAA	3	71068	71079	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
44	NC_017755	TTAT	3	71839	71849	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
45	NC_017755	AGGC	3	72462	72472	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	Non-Coding
46	NC_017755	AAAT	3	72981	72991	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	38509978
47	NC_017755	TTCA	3	74821	74831	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
48	NC_017755	GCCT	3	77958	77968	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	Non-Coding
49	NC_017755	TAAA	3	78604	78614	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
50	NC_017755	TTGA	3	88354	88364	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_017755	CAGG	3	91916	91928	13	25 %	0 %	50 %	25 %	7 %	Non-Coding
52	NC_017755	CTTT	3	93561	93572	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
53	NC_017755	CTTT	3	93999	94010	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
54	NC_017755	ATAG	3	96631	96641	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	38509974
55	NC_017755	ATGA	4	100016	100031	16	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	38509974
56	NC_017755	CCGT	3	101685	101696	12	0 %	25 %	25 %	50 %	8 %	38509974
57	NC_017755	CAAG	3	105048	105059	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	38509974
58	NC_017755	TTAT	3	106489	106500	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	38509974
59	NC_017755	TTTA	3	107193	107203	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
60	NC_017755	GGGT	3	107520	107530	11	0 %	25 %	75 %	0 %	9 %	Non-Coding
61	NC_017755	CTCG	3	109149	109160	12	0 %	25 %	25 %	50 %	8 %	Non-Coding
62	NC_017755	AATG	3	111209	111221	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
63	NC_017755	AAGA	3	112712	112723	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_017755	TGCC	3	117147	117162	16	0 %	25 %	25 %	50 %	6 %	Non-Coding
65	NC_017755	TTGA	3	120886	120896	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	38509979
66	NC_017755	GGTT	3	128356	128367	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
67	NC_017755	AAAG	5	130355	130374	20	75 %	0 %	25 %	0 %	10 %	Non-Coding
68	NC_017755	GGTA	3	133643	133654	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	38509974
69	NC_017755	AAAG	3	143691	143702	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
70	NC_017755	AAAG	3	146951	146961	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_017755	CGAA	3	150622	150632	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	38509974
72	NC_017755	AACG	3	153153	153164	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	38509980
73	NC_017755	AGCA	6	156677	156700	24	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
74	NC_017755	AACT	3	158860	158871	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
75	NC_017755	TATT	4	160756	160771	16	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017755	TTAC	3	163019	163029	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	38509974
77	NC_017755	TGAA	3	165635	165645	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
78	NC_017755	CGAA	3	167708	167718	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
79	NC_017755	TTTA	3	170396	170408	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	38509980
80	NC_017755	ACAA	3	171759	171770	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	38509974
81	NC_017755	GTTT	3	176009	176020	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	38509974
82	NC_017755	CGAA	3	180200	180210	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	38509974
83	NC_017755	GGGT	3	185441	185451	11	0 %	25 %	75 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_017755	TTTA	3	186234	186244	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	38509980
85	NC_017755	ATTA	3	186821	186832	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_017755	TTTC	3	189489	189501	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
87	NC_017755	AAGC	3	193352	193362	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
88	NC_017755	GGGA	3	194840	194851	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_017755	ATCA	3	196648	196659	12	50 %	25 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017755	TTAG	3	198677	198689	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
91	NC_017755	GATT	3	210539	210549	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_017755	TGGG	3	213055	213065	11	0 %	25 %	75 %	0 %	9 %	Non-Coding
93	NC_017755	CCCA	3	215643	215653	11	25 %	0 %	0 %	75 %	9 %	Non-Coding
94	NC_017755	CTTT	3	218589	218600	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
95	NC_017755	TAAA	3	220142	220153	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
96	NC_017755	GCCA	3	227374	227385	12	25 %	0 %	25 %	50 %	8 %	Non-Coding
97	NC_017755	AAAT	3	229647	229657	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
98	NC_017755	GAAT	3	229869	229880	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_017755	ACAA	6	232156	232179	24	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
100	NC_017755	ACTC	3	235411	235421	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	38509981
101	NC_017755	ATGT	3	236658	236668	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	38509975
102	NC_017755	CGGG	3	238375	238386	12	0 %	0 %	75 %	25 %	8 %	Non-Coding
103	NC_017755	CGGA	3	238475	238486	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	Non-Coding
104	NC_017755	CAAG	3	241082	241093	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
105	NC_017755	TATT	3	241287	241298	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017755	TTTC	3	247939	247949	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
107	NC_017755	ATAA	3	247966	247977	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017755	AAAT	3	251260	251271	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
109	NC_017755	TGTA	3	251709	251719	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	38509981
110	NC_017755	GTAT	3	252409	252419	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_017755	TTCT	3	252960	252971	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
112	NC_017755	GGAA	3	253324	253334	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	38509982
113	NC_017755	ATTA	3	256645	256656	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
114	NC_017755	TTTG	4	258031	258046	16	0 %	75 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
115	NC_017755	GGCG	3	261388	261399	12	0 %	0 %	75 %	25 %	0 %	38509975
116	NC_017755	CGGG	3	265202	265212	11	0 %	0 %	75 %	25 %	9 %	38509975
117	NC_017755	TTTC	3	267225	267236	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
118	NC_017755	AAAT	3	267323	267333	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
119	NC_017755	AACT	3	268491	268502	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
120	NC_017755	TTTC	3	268954	268965	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017755	ATTT	3	269944	269955	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
122	NC_017755	AAGC	3	275573	275583	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
123	NC_017755	AATA	3	277736	277746	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
124	NC_017755	CTTG	3	278902	278913	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
125	NC_017755	CAAC	3	279221	279233	13	50 %	0 %	0 %	50 %	7 %	38509982
126	NC_017755	CCTT	3	279272	279282	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	38509982
127	NC_017755	CGAA	3	279955	279966	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
128	NC_017755	TTCT	3	281534	281544	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
129	NC_017755	TAAA	3	281564	281575	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
130	NC_017755	CTTG	3	283847	283857	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
131	NC_017755	TCAA	3	289136	289147	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
132	NC_017755	TAAT	3	289877	289887	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
133	NC_017755	TTGC	3	290485	290495	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
134	NC_017755	AGAA	3	292367	292378	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
135	NC_017755	ATCT	3	292781	292791	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
136	NC_017755	GTTG	3	296732	296742	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
137	NC_017755	TCCT	3	300213	300224	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
138	NC_017755	TAAT	3	300332	300342	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
139	NC_017755	CCAA	3	301265	301276	12	50 %	0 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Huperzia squarrosa mitochondrion