ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Huperzia squarrosa mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_017755	TTA	4	802	813	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38509973
2	NC_017755	TTC	4	4321	4332	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017755	GAA	4	8608	8619	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_017755	TAT	4	10668	10678	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
5	NC_017755	CTA	4	12147	12159	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
6	NC_017755	CGG	4	19545	19555	11	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
7	NC_017755	TCA	4	20611	20622	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
8	NC_017755	CTG	4	21331	21341	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	38509973
9	NC_017755	TAC	4	28848	28859	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	38509973
10	NC_017755	ATT	4	29543	29554	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
11	NC_017755	ATT	4	30200	30211	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_017755	GGT	4	32058	32069	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_017755	CCT	4	32423	32434	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
14	NC_017755	CGG	4	32797	32808	12	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
15	NC_017755	GCG	4	33357	33368	12	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
16	NC_017755	GCA	4	34045	34055	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
17	NC_017755	TAA	4	34265	34275	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
18	NC_017755	GAA	5	34495	34509	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
19	NC_017755	CGC	4	36253	36264	12	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
20	NC_017755	ATT	5	38131	38146	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
21	NC_017755	CCT	4	39715	39727	13	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	7 %	Non-Coding
22	NC_017755	ACG	4	41124	41134	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
23	NC_017755	GCG	4	41940	41950	11	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
24	NC_017755	AGG	4	43599	43611	13	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	7 %	38509978
25	NC_017755	CTT	4	47243	47254	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
26	NC_017755	CCT	4	48500	48511	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
27	NC_017755	AAT	6	48550	48567	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	38509978
28	NC_017755	TCC	4	50727	50739	13	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	7 %	38509973
29	NC_017755	CTT	5	57814	57828	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
30	NC_017755	ATG	4	59644	59655	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_017755	TTA	4	63739	63750	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_017755	TTC	4	66158	66170	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
33	NC_017755	ATA	4	71734	71744	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
34	NC_017755	AGG	4	72098	72109	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_017755	TGC	4	74299	74309	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
36	NC_017755	AGG	4	75117	75128	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
37	NC_017755	TTA	4	75311	75321	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	38509978
38	NC_017755	GCC	4	75613	75625	13	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	7 %	38509978
39	NC_017755	GCC	4	76648	76659	12	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
40	NC_017755	AGT	4	77291	77301	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	38509978
41	NC_017755	GTG	4	77702	77713	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_017755	TGG	4	81584	81594	11	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	9 %	Non-Coding
43	NC_017755	CTG	4	82334	82345	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
44	NC_017755	TCC	4	90782	90793	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
45	NC_017755	CCT	4	92017	92027	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
46	NC_017755	GAG	4	94795	94806	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_017755	CAC	4	95181	95191	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
48	NC_017755	ATC	4	99050	99060	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	38509974
49	NC_017755	GCC	4	100744	100755	12	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	8 %	38509974
50	NC_017755	CAG	4	103382	103392	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	38509974
51	NC_017755	TAA	4	114073	114083	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_017755	GCA	4	115573	115583	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
53	NC_017755	AAT	7	116804	116824	21	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_017755	TAT	7	116813	116833	21	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
55	NC_017755	TCC	4	120337	120349	13	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	7 %	Non-Coding
56	NC_017755	TGG	4	122306	122317	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017755	GAA	4	129483	129494	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
58	NC_017755	ATT	4	130203	130214	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_017755	TTA	4	132518	132529	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38509974
60	NC_017755	AGA	4	135576	135587	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	38509974
61	NC_017755	AGG	4	139597	139609	13	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	7 %	38509974
62	NC_017755	CGG	4	142011	142023	13	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
63	NC_017755	ACC	4	149274	149284	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	38509974
64	NC_017755	CTC	4	151293	151305	13	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	7 %	38509974
65	NC_017755	CTT	4	154321	154331	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
66	NC_017755	AGC	4	157775	157785	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
67	NC_017755	TTC	4	161759	161769	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	38509974
68	NC_017755	AGA	4	163730	163741	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	38509974
69	NC_017755	AAG	4	164201	164211	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	38509974
70	NC_017755	ATT	4	168084	168095	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	38509980
71	NC_017755	CTT	4	170896	170907	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
72	NC_017755	AAT	4	171270	171282	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	38509980
73	NC_017755	GTT	4	174456	174466	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	38509974
74	NC_017755	CTC	4	175108	175118	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	38509974
75	NC_017755	ACC	4	176168	176179	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	38509974
76	NC_017755	GCC	4	176589	176599	11	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	9 %	38509974
77	NC_017755	TTC	4	176971	176981	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	38509974
78	NC_017755	TCT	4	177294	177304	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	38509974
79	NC_017755	CAG	4	180392	180402	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	38509974
80	NC_017755	CTT	4	180924	180934	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	38509974
81	NC_017755	AAT	4	184484	184495	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_017755	TGC	4	185288	185298	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
83	NC_017755	ATT	4	185899	185911	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
84	NC_017755	CAG	4	186608	186618	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
85	NC_017755	TGT	4	188186	188197	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_017755	TTA	4	190581	190591	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
87	NC_017755	TGG	4	191097	191108	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
88	NC_017755	GCC	4	191339	191349	11	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
89	NC_017755	GGA	4	192278	192290	13	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	7 %	Non-Coding
90	NC_017755	GCC	4	193720	193731	12	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
91	NC_017755	TGC	4	194743	194755	13	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
92	NC_017755	GCC	4	194797	194808	12	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
93	NC_017755	GCA	4	196428	196439	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
94	NC_017755	ATG	4	196663	196675	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
95	NC_017755	GCC	4	197481	197492	12	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
96	NC_017755	TTA	4	199829	199840	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
97	NC_017755	CGG	4	201599	201611	13	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
98	NC_017755	TAT	4	205059	205070	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_017755	AAT	5	209166	209180	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
100	NC_017755	TGC	4	214767	214778	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
101	NC_017755	ATT	4	217015	217025	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	38509981
102	NC_017755	AAG	4	219572	219582	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_017755	CCG	4	220165	220175	11	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
104	NC_017755	ACC	4	221959	221971	13	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	7 %	Non-Coding
105	NC_017755	TAA	4	222470	222481	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_017755	AGC	4	224278	224288	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
107	NC_017755	CAA	4	225183	225193	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
108	NC_017755	ATA	4	227060	227070	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
109	NC_017755	CGC	5	228546	228560	15	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	6 %	Non-Coding
110	NC_017755	TAA	4	230236	230247	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
111	NC_017755	ATT	4	231747	231758	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
112	NC_017755	ATT	4	233301	233312	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
113	NC_017755	TAT	4	233478	233488	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
114	NC_017755	CCT	4	235294	235305	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
115	NC_017755	GGA	4	237439	237449	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	38509975
116	NC_017755	GGC	4	238459	238471	13	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
117	NC_017755	TTA	4	247528	247539	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	38509981
118	NC_017755	GAA	4	248351	248361	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
119	NC_017755	AAT	4	250234	250244	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
120	NC_017755	AAT	4	255822	255833	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
121	NC_017755	TGT	4	257977	257988	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
122	NC_017755	TCC	4	260771	260781	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	38509975
123	NC_017755	GCC	4	266413	266424	12	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	8 %	38509975
124	NC_017755	GCT	4	266607	266617	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	38509975
125	NC_017755	GTG	4	269621	269631	11	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	9 %	Non-Coding
126	NC_017755	GGC	4	270176	270187	12	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Huperzia squarrosa mitochondrion