ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Brassica oleracea mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016118	TCC	4	5117	5129	13	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	7 %	35352637
2	NC_016118	CTT	4	6828	6838	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35352637
3	NC_016118	CAC	4	13303	13313	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	35352637
4	NC_016118	TAT	4	15178	15189	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	35352637
5	NC_016118	TCC	4	17138	17149	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	35352637
6	NC_016118	TCT	4	18513	18524	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35352637
7	NC_016118	TCT	5	19581	19594	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	35352637
8	NC_016118	AGA	4	20843	20853	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	35352637
9	NC_016118	TTC	4	22131	22141	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35352637
10	NC_016118	TTC	4	23962	23973	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	35352637
11	NC_016118	CGG	4	25763	25774	12	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	8 %	35352637
12	NC_016118	CTA	4	30628	30639	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	35352637
13	NC_016118	AAT	5	34541	34556	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	35352637
14	NC_016118	AGA	4	34768	34780	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	35352637
15	NC_016118	TAC	4	35585	35595	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35352637
16	NC_016118	AGA	4	35879	35891	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	35352637
17	NC_016118	ATA	4	36312	36322	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	35352637
18	NC_016118	AAC	4	53385	53396	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	35352637
19	NC_016118	AAG	4	53740	53751	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35352637
20	NC_016118	TGC	4	53853	53864	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35352637
21	NC_016118	ACG	4	55968	55980	13	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	7 %	35352637
22	NC_016118	CAT	4	57179	57189	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35352637
23	NC_016118	TTG	4	60196	60207	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	35352637
24	NC_016118	AAG	4	60270	60281	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35352637
25	NC_016118	AGA	4	63055	63065	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	35352637
26	NC_016118	CTC	8	63594	63617	24	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	35352637
27	NC_016118	TAT	4	63752	63764	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	35352637
28	NC_016118	AGA	4	64038	64049	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35352637
29	NC_016118	GCT	4	65226	65237	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35352637
30	NC_016118	AAG	6	65577	65595	19	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10 %	35352637
31	NC_016118	AGA	4	65952	65962	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	35352637
32	NC_016118	ATT	4	73628	73640	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	35352637
33	NC_016118	TAG	4	74498	74508	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	35352637
34	NC_016118	TCG	4	76233	76243	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	35352637
35	NC_016118	TCC	4	76728	76739	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	35352637
36	NC_016118	TTC	4	85426	85438	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	35352637
37	NC_016118	CTT	4	88801	88813	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	35352637
38	NC_016118	TGC	4	94320	94331	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35352637
39	NC_016118	AGC	4	97384	97395	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35352637
40	NC_016118	CAC	4	97866	97876	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	35352637
41	NC_016118	GAA	4	98347	98358	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35352637
42	NC_016118	AGA	4	99704	99714	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	35352637
43	NC_016118	ATT	4	101060	101071	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	35352637
44	NC_016118	ATA	4	103440	103452	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	35352637
45	NC_016118	CTT	4	103480	103490	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35352637
46	NC_016118	TGC	4	106633	106643	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	35352637
47	NC_016118	CTT	4	108857	108869	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	35352637
48	NC_016118	TTC	4	115191	115201	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35352637
49	NC_016118	CAT	4	119084	119094	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35352637
50	NC_016118	ATC	4	120781	120791	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35352637
51	NC_016118	TAA	4	121394	121404	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	35352637
52	NC_016118	CTA	4	123191	123202	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	35352637
53	NC_016118	GAA	4	126200	126211	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35352637
54	NC_016118	GGC	4	129017	129029	13	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	7 %	35352637
55	NC_016118	TCT	4	130028	130039	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35352637
56	NC_016118	CTA	4	131342	131352	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35352637
57	NC_016118	TAT	4	132182	132192	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	35352637
58	NC_016118	ACT	5	132889	132903	15	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	6 %	35352637
59	NC_016118	GAA	5	133243	133257	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	35352637
60	NC_016118	CTT	4	133291	133302	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35352637
61	NC_016118	CGC	4	136713	136723	11	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	9 %	35352637
62	NC_016118	AAT	4	136724	136735	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	35352637
63	NC_016118	TAT	4	138045	138057	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	35352637
64	NC_016118	CGA	4	138205	138216	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35352637
65	NC_016118	AGA	4	138315	138327	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	35352637
66	NC_016118	AGG	5	140117	140131	15	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	6 %	35352637
67	NC_016118	CGA	4	141741	141751	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	35352637
68	NC_016118	TCT	4	143134	143145	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35352637
69	NC_016118	TTC	4	143627	143638	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35352637
70	NC_016118	TCT	4	144424	144435	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35352637
71	NC_016118	TTC	4	144830	144842	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	35352637
72	NC_016118	CTT	4	146639	146651	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	35352637
73	NC_016118	TTC	5	147638	147652	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	35352637
74	NC_016118	CTT	8	149597	149620	24	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	35352637
75	NC_016118	GGT	4	152049	152060	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	35352637
76	NC_016118	AGA	6	154419	154437	19	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10 %	35352637
77	NC_016118	TTC	4	157827	157837	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35352637
78	NC_016118	CTA	4	160841	160852	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	35352637
79	NC_016118	CAG	4	162183	162194	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35352637
80	NC_016118	TGT	4	167977	167988	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	35352637
81	NC_016118	TGA	4	168778	168789	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	35352637
82	NC_016118	TCC	4	175149	175161	13	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	7 %	35352637
83	NC_016118	CTT	4	176860	176870	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35352637
84	NC_016118	CAC	4	183335	183345	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	35352637
85	NC_016118	TAT	4	185210	185221	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	35352637
86	NC_016118	TCC	4	187170	187181	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	35352637
87	NC_016118	TCT	4	188545	188556	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35352637
88	NC_016118	TCT	5	189613	189626	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	35352637
89	NC_016118	AGA	4	190875	190885	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	35352637
90	NC_016118	TTC	4	192163	192173	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35352637
91	NC_016118	TTC	4	193994	194005	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	35352637
92	NC_016118	CGG	4	195795	195806	12	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	8 %	35352637
93	NC_016118	CTA	4	200660	200671	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	35352637
94	NC_016118	AAT	5	204573	204588	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	35352637
95	NC_016118	AGA	4	204800	204812	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	35352637
96	NC_016118	TAC	4	205617	205627	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35352637
97	NC_016118	AGA	4	205911	205923	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	35352637
98	NC_016118	ATA	4	206344	206354	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	35352637
99	NC_016118	AAC	4	223417	223428	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	35352637
100	NC_016118	AAG	4	223772	223783	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35352637
101	NC_016118	TGC	4	223885	223896	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35352637
102	NC_016118	ACG	4	226000	226012	13	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	7 %	35352637
103	NC_016118	CAT	4	227211	227221	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35352637
104	NC_016118	TTG	4	230228	230239	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	35352637
105	NC_016118	AAG	4	230302	230313	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35352637
106	NC_016118	AGA	4	233087	233097	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	35352637
107	NC_016118	CTC	8	233626	233649	24	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	35352637
108	NC_016118	TAT	4	233784	233796	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	35352637
109	NC_016118	AGA	4	234070	234081	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35352637
110	NC_016118	GCT	4	235258	235269	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35352637
111	NC_016118	AAG	6	235609	235627	19	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10 %	35352637
112	NC_016118	AGA	4	235984	235994	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	35352637
113	NC_016118	ATT	4	243660	243672	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	35352637
114	NC_016118	TAG	4	244530	244540	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	35352637
115	NC_016118	TCG	4	246265	246275	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	35352637
116	NC_016118	TCC	4	246760	246771	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	35352637
117	NC_016118	TTC	4	255458	255470	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	35352637
118	NC_016118	CTT	4	258833	258845	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	35352637
119	NC_016118	TGC	4	264352	264363	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35352637
120	NC_016118	AGC	4	267416	267427	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35352637
121	NC_016118	CAC	4	267898	267908	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	35352637
122	NC_016118	GAA	4	268379	268390	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35352637
123	NC_016118	AGA	4	269736	269746	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	35352637
124	NC_016118	ATT	4	271092	271103	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	35352637
125	NC_016118	ATA	4	273472	273484	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	35352637
126	NC_016118	CTT	4	273512	273522	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35352637
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128	NC_016118	CTT	4	278889	278901	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	35352637
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130	NC_016118	CAT	4	289116	289126	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35352637
131	NC_016118	ATC	4	290813	290823	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35352637
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133	NC_016118	CTA	4	293223	293234	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	35352637
134	NC_016118	GAA	4	296232	296243	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35352637
135	NC_016118	GGC	4	299049	299061	13	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	7 %	35352637
136	NC_016118	TCT	4	300060	300071	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35352637
137	NC_016118	CTA	4	301374	301384	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35352637
138	NC_016118	TAT	4	302214	302224	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	35352637
139	NC_016118	ACT	5	302921	302935	15	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	6 %	35352637
140	NC_016118	GAA	5	303275	303289	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	35352637
141	NC_016118	CTT	4	303323	303334	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35352637
142	NC_016118	CGC	4	306745	306755	11	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	9 %	35352637
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149	NC_016118	TCT	4	313166	313177	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35352637
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165	NC_016118	TCT	4	344049	344061	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
166	NC_016118	CGT	4	351981	351992	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
167	NC_016118	CTT	4	354979	354990	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Brassica oleracea mitochondrion