ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Vitis vinifera mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_012119	AAAG	3	98	109	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_012119	TTGC	3	1340	1351	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
3	NC_012119	CTTC	4	4383	4397	15	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	Non-Coding
4	NC_012119	GAAG	3	6602	6613	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_012119	GATT	3	7315	7326	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_012119	AAAT	3	7707	7718	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_012119	TTTC	3	10186	10198	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
8	NC_012119	TCTT	3	11514	11524	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
9	NC_012119	CTTC	3	15256	15266	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
10	NC_012119	CCGA	3	15375	15386	12	25 %	0 %	25 %	50 %	8 %	Non-Coding
11	NC_012119	TCAC	3	15907	15918	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
12	NC_012119	GGGA	4	16456	16471	16	25 %	0 %	75 %	0 %	6 %	Non-Coding
13	NC_012119	TCCT	3	16951	16962	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
14	NC_012119	TCAT	4	21961	21976	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	22436561
15	NC_012119	GATC	3	24577	24587	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	22436561
16	NC_012119	CGGT	3	26372	26383	12	0 %	25 %	50 %	25 %	8 %	22436561
17	NC_012119	AATG	3	32182	32192	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	22436561
18	NC_012119	CGAG	3	33813	33824	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	22436561
19	NC_012119	TTCA	3	38513	38524	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	22436561
20	NC_012119	AAAG	3	41171	41183	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	22436561
21	NC_012119	TAAT	3	42122	42132	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	22436561
22	NC_012119	AAAT	3	42653	42665	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	22436561
23	NC_012119	GGTT	3	46011	46022	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	22436561
24	NC_012119	AAGG	3	46289	46299	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	22436561
25	NC_012119	AGCA	3	46351	46362	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	22436561
26	NC_012119	ATGA	3	46831	46842	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	22436561
27	NC_012119	TCGG	4	47900	47915	16	0 %	25 %	50 %	25 %	6 %	22436561
28	NC_012119	AATC	3	49531	49541	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	22436561
29	NC_012119	GAAC	3	49814	49824	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	22436561
30	NC_012119	GCTA	3	50758	50769	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	22436561
31	NC_012119	TTGT	3	54206	54216	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	22436561
32	NC_012119	TTCA	3	54323	54333	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	22436561
33	NC_012119	AAAG	4	54376	54391	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	22436561
34	NC_012119	AGAA	3	55982	55993	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	22436561
35	NC_012119	AACA	3	56787	56798	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	22436561
36	NC_012119	GAAT	3	58914	58925	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	22436561
37	NC_012119	ATTT	3	59205	59216	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	22436561
38	NC_012119	AGTG	3	63626	63637	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	22436561
39	NC_012119	TTTC	4	66096	66111	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	22436561
40	NC_012119	GCCA	3	74181	74191	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	22436561
41	NC_012119	CAAA	3	74853	74864	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	22436561
42	NC_012119	GTTA	3	80020	80030	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	22436561
43	NC_012119	ATTC	3	88428	88440	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	22436561
44	NC_012119	AGTG	3	89328	89339	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	22436561
45	NC_012119	ATTC	3	89793	89803	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	22436561
46	NC_012119	GCAC	3	92952	92964	13	25 %	0 %	25 %	50 %	7 %	22436561
47	NC_012119	CGTT	3	97415	97427	13	0 %	50 %	25 %	25 %	7 %	22436561
48	NC_012119	CTTT	3	98813	98824	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	22436561
49	NC_012119	TTCC	3	99540	99551	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	22436561
50	NC_012119	GAAA	3	99712	99723	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	22436561
51	NC_012119	AAAG	3	103984	103995	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	22436561
52	NC_012119	ATCT	4	108974	108989	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	22436561
53	NC_012119	AGGG	3	109860	109870	11	25 %	0 %	75 %	0 %	9 %	22436561
54	NC_012119	TCAA	3	110045	110055	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	22436561
55	NC_012119	ATTT	3	110323	110335	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	22436561
56	NC_012119	TTCT	3	110388	110400	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	22436561
57	NC_012119	AGAA	3	110794	110805	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	22436561
58	NC_012119	AGGG	3	111273	111284	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	22436561
59	NC_012119	TTTC	3	112324	112336	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	22436561
60	NC_012119	TTCT	3	114478	114489	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	22436561
61	NC_012119	GAAG	3	114870	114881	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	22436561
62	NC_012119	GAAA	3	120487	120497	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	22436561
63	NC_012119	CCCG	3	123429	123440	12	0 %	0 %	25 %	75 %	8 %	22436561
64	NC_012119	ATGA	3	124538	124548	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	22436561
65	NC_012119	GACA	3	125337	125348	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	22436561
66	NC_012119	GAAA	3	129849	129861	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	22436561
67	NC_012119	ACTT	3	131162	131172	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	22436561
68	NC_012119	AATA	3	133363	133374	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	22436561
69	NC_012119	CAAT	3	133623	133634	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	22436561
70	NC_012119	GACA	3	136549	136560	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	22436561
71	NC_012119	GCTT	3	136737	136747	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	22436561
72	NC_012119	CCTT	3	137304	137314	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	22436561
73	NC_012119	TCCC	3	137612	137623	12	0 %	25 %	0 %	75 %	8 %	22436561
74	NC_012119	TCTT	5	139479	139499	21	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	22436561
75	NC_012119	GATA	3	139948	139958	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	22436561
76	NC_012119	AGAA	4	140255	140270	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	22436561
77	NC_012119	GTTC	3	141529	141539	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	22436561
78	NC_012119	TTCC	3	141733	141744	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	22436561
79	NC_012119	ATCT	3	141986	141996	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	22436561
80	NC_012119	CTAG	3	144630	144640	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	22436561
81	NC_012119	TGGA	4	145631	145646	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	22436561
82	NC_012119	TTAT	3	146777	146789	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	22436561
83	NC_012119	ATCA	3	151651	151662	12	50 %	25 %	0 %	25 %	0 %	22436561
84	NC_012119	CGAA	3	153026	153037	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	22436561
85	NC_012119	TCTA	3	157266	157277	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	22436561
86	NC_012119	CTAT	4	159371	159385	15	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	22436561
87	NC_012119	GATT	3	160100	160112	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	22436561
88	NC_012119	TGAA	3	161651	161662	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	22436561
89	NC_012119	AATG	3	165109	165120	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	22436561
90	NC_012119	TAAA	3	167441	167451	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	22436561
91	NC_012119	GAAG	3	169391	169402	12	50 %	0 %	50 %	0 %	0 %	22436561
92	NC_012119	ATTC	3	169836	169846	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	22436561
93	NC_012119	TTTC	3	169847	169857	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	22436561
94	NC_012119	GAAA	3	171237	171248	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	22436561
95	NC_012119	CAAC	4	173859	173873	15	50 %	0 %	0 %	50 %	6 %	22436561
96	NC_012119	AAAG	3	173921	173931	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	22436561
97	NC_012119	GCAA	3	175040	175051	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	22436561
98	NC_012119	AAAG	3	180360	180370	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	22436561
99	NC_012119	CTTG	3	183586	183596	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	22436561
100	NC_012119	TTAT	3	184218	184229	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	22436561
101	NC_012119	TTTC	3	187895	187906	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	22436561
102	NC_012119	CGGC	3	188851	188862	12	0 %	0 %	50 %	50 %	0 %	22436561
103	NC_012119	GAAT	3	194137	194148	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	22436563
104	NC_012119	GAAG	3	194998	195008	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	22436563
105	NC_012119	ATAG	5	195032	195051	20	50 %	25 %	25 %	0 %	10 %	22436563
106	NC_012119	AAAT	3	196217	196228	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	22436563
107	NC_012119	TCTT	3	198170	198181	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	22436563
108	NC_012119	TTTC	4	198539	198553	15	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	22436563
109	NC_012119	TAGC	3	198940	198950	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	22436563
110	NC_012119	CCAT	3	200581	200591	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	22436563
111	NC_012119	AAAC	3	203098	203109	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	22436563
112	NC_012119	AAGC	3	203120	203130	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	22436563
113	NC_012119	CTAT	3	203811	203822	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	22436563
114	NC_012119	GTTA	3	204906	204916	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	22436563
115	NC_012119	CATT	3	205434	205445	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	22436563
116	NC_012119	GGCG	3	208263	208274	12	0 %	0 %	75 %	25 %	0 %	22436563
117	NC_012119	ATCT	3	210141	210153	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	22436563
118	NC_012119	GGAA	3	210563	210574	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	22436563
119	NC_012119	CTTT	5	212710	212728	19	0 %	75 %	0 %	25 %	10 %	22436563
120	NC_012119	TCGG	3	216217	216229	13	0 %	25 %	50 %	25 %	7 %	22436563
121	NC_012119	GGAT	3	221487	221497	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	22436563
122	NC_012119	CTTC	3	222315	222327	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	22436563
123	NC_012119	AAAT	3	227811	227822	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	22436563
124	NC_012119	GATA	3	228311	228322	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	22436563
125	NC_012119	CACT	3	231470	231480	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	22436563
126	NC_012119	AGCC	3	232427	232437	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	22436563
127	NC_012119	AAGG	3	233666	233676	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	22436563
128	NC_012119	TTCT	3	234585	234596	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	22436563
129	NC_012119	CATT	3	238696	238707	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	22436563
130	NC_012119	TGAT	3	239422	239432	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	22436563
131	NC_012119	AAAG	3	240262	240273	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	22436563
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436	NC_012119	AGAA	3	769159	769170	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	22436563

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Vitis vinifera mitochondrion