ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Zea luxurians mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008333	GTAA	5	4200	4219	20	50 %	25 %	25 %	0 %	10 %	Non-Coding
2	NC_008333	GAAA	3	4306	4317	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_008333	GGAA	4	4378	4393	16	50 %	0 %	50 %	0 %	6 %	Non-Coding
4	NC_008333	AAGA	3	6352	6362	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
5	NC_008333	TCCA	4	7164	7178	15	25 %	25 %	0 %	50 %	6 %	Non-Coding
6	NC_008333	CAAG	4	7395	7410	16	50 %	0 %	25 %	25 %	6 %	Non-Coding
7	NC_008333	CCTA	3	11605	11617	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	11415161
8	NC_008333	CTTC	3	11944	11955	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	11415161
9	NC_008333	AATG	3	12548	12559	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	11415161
10	NC_008333	AAGC	3	13505	13515	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	11415161
11	NC_008333	AGAA	4	13892	13907	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	11415161
12	NC_008333	TAAC	3	15513	15523	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
13	NC_008333	CTGA	3	16230	16241	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008333	GGAA	3	17082	17092	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
15	NC_008333	TTCT	3	23840	23851	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
16	NC_008333	CTTT	3	23873	23883	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
17	NC_008333	CATA	3	25635	25646	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
18	NC_008333	AAAG	3	26100	26110	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_008333	GCTA	3	26441	26453	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
20	NC_008333	AGAT	3	27073	27085	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
21	NC_008333	GATT	3	30672	30683	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_008333	CTAT	3	31787	31799	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
23	NC_008333	CAAC	3	32986	32996	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
24	NC_008333	TAAG	3	33423	33434	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_008333	TGAA	3	34585	34597	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
26	NC_008333	TCTT	3	35319	35330	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008333	TATT	4	35525	35540	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
28	NC_008333	CAAT	3	36955	36965	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
29	NC_008333	GAAA	3	37638	37648	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_008333	ATGA	3	37743	37754	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_008333	AGGA	3	39573	39583	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
32	NC_008333	CAAC	3	39666	39677	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
33	NC_008333	AGAA	3	40795	40806	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_008333	GAAG	3	41472	41482	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_008333	GATG	3	44190	44202	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
36	NC_008333	GACT	3	45913	45924	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008333	TTAT	3	50347	50358	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	11415159
38	NC_008333	CTTT	3	51991	52002	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
39	NC_008333	CAAA	3	53072	53082	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
40	NC_008333	ATGG	3	54932	54943	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_008333	TTTC	3	56436	56447	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	11415160
42	NC_008333	CCTT	3	64241	64252	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	11415160
43	NC_008333	GATC	3	64604	64615	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	11415160
44	NC_008333	CTTT	3	64751	64762	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	11415160
45	NC_008333	CGAA	3	65115	65125	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	11415160
46	NC_008333	GGAT	3	65152	65166	15	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	11415160
47	NC_008333	TTCG	3	65804	65815	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	11415160
48	NC_008333	TCTT	3	67838	67849	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	11415160
49	NC_008333	CTTG	3	67991	68001	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	11415160
50	NC_008333	AGGA	3	68264	68275	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	11415160
51	NC_008333	CTCG	3	69522	69532	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	11415160
52	NC_008333	TCCA	3	70233	70244	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	11415160
53	NC_008333	TTTC	3	71363	71373	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	11415160
54	NC_008333	ATTG	3	75132	75144	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	11415160
55	NC_008333	TAAG	3	75315	75326	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	11415160
56	NC_008333	AAAG	3	75417	75428	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	11415160
57	NC_008333	AAGA	3	75832	75842	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	11415160
58	NC_008333	CTTT	3	78423	78433	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	11415160
59	NC_008333	AATA	3	78885	78896	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	11415160
60	NC_008333	TGGA	4	80075	80090	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	11415160
61	NC_008333	TCTA	3	80091	80102	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	11415160
62	NC_008333	CCTT	3	81817	81827	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	11415160
63	NC_008333	GAGC	3	85178	85189	12	25 %	0 %	50 %	25 %	0 %	11415160
64	NC_008333	AGAA	3	85976	85987	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11415160
65	NC_008333	TAAG	3	90189	90201	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	11415160
66	NC_008333	AATA	3	96431	96441	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	11415160
67	NC_008333	AAAG	4	96444	96460	17	75 %	0 %	25 %	0 %	5 %	11415160
68	NC_008333	CCAG	3	96945	96955	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	11415160
69	NC_008333	TTCC	3	97640	97651	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	11415160
70	NC_008333	AAAG	3	99781	99792	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	11415160
71	NC_008333	TTAG	3	104089	104099	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	11415160
72	NC_008333	AAGG	3	107640	107650	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	11415160
73	NC_008333	TGAT	3	108768	108778	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	11415160
74	NC_008333	GGTT	3	110257	110268	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	11415160
75	NC_008333	TTGA	3	114186	114196	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	11415160
76	NC_008333	AGGG	3	116655	116666	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	11415160
77	NC_008333	TTCT	3	119903	119915	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	11415160
78	NC_008333	GATG	3	120802	120814	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	11415160
79	NC_008333	CTTG	3	121616	121628	13	0 %	50 %	25 %	25 %	7 %	11415160
80	NC_008333	CGTA	3	125709	125720	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	11415160
81	NC_008333	AAGC	3	137017	137028	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	11415160
82	NC_008333	AACT	3	137592	137603	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	11415160
83	NC_008333	AGTG	3	138130	138141	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	11415160
84	NC_008333	CGAA	3	138872	138883	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	11415160
85	NC_008333	TAGA	3	142905	142916	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	11415160
86	NC_008333	TAAA	3	144608	144619	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	11415160
87	NC_008333	AATT	3	145138	145149	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	11415160
88	NC_008333	CTAC	4	147272	147287	16	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	11415160
89	NC_008333	TAAA	3	148630	148640	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	11415160
90	NC_008333	TTCT	3	148838	148848	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	11415160
91	NC_008333	AAAG	3	148997	149008	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11415160
92	NC_008333	CCTT	3	149157	149168	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	11415160
93	NC_008333	CTCA	3	149955	149966	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	11415160
94	NC_008333	TTAC	3	151583	151593	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	11415160
95	NC_008333	TAGA	3	153025	153035	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	11415160
96	NC_008333	GAAA	3	153980	153992	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	11415160
97	NC_008333	CCCT	3	154608	154619	12	0 %	25 %	0 %	75 %	8 %	11415160
98	NC_008333	CCTT	3	158073	158083	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	11415160
99	NC_008333	ATTC	3	162016	162027	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	11415160
100	NC_008333	TAGA	3	163863	163875	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	11415160
101	NC_008333	GTCA	3	164496	164506	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	11415160
102	NC_008333	CTAT	3	166728	166739	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	11415160
103	NC_008333	AAAG	3	168170	168181	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11415160
104	NC_008333	CTGT	3	168830	168840	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	11415160
105	NC_008333	TTCA	3	170110	170120	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	11415160
106	NC_008333	TAGT	3	176285	176297	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	11415160
107	NC_008333	ACTC	3	177036	177047	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	11415160
108	NC_008333	GCAA	3	177348	177358	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	11415160
109	NC_008333	TAGA	6	180675	180697	23	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	11415160
110	NC_008333	TAAC	3	180884	180894	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	11415160
111	NC_008333	GCAA	3	183421	183432	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	11415160
112	NC_008333	TCTT	3	186328	186339	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	11415160
113	NC_008333	AATG	3	190572	190582	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	11415160
114	NC_008333	TCCC	3	194658	194668	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	11415160
115	NC_008333	TTCC	3	196401	196412	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	11415160
116	NC_008333	TTGT	3	198567	198578	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	11415160
117	NC_008333	CTCC	3	199151	199163	13	0 %	25 %	0 %	75 %	7 %	11415160
118	NC_008333	CTTT	3	199968	199978	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	11415160
119	NC_008333	GGAA	3	205088	205099	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	11415160
120	NC_008333	TCAG	3	205189	205199	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	11415160
121	NC_008333	CTTG	3	208499	208509	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	11415160
122	NC_008333	ATCT	3	210973	210984	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	11415160
123	NC_008333	CGGT	3	211446	211457	12	0 %	25 %	50 %	25 %	8 %	11415160
124	NC_008333	TGAA	4	212688	212704	17	50 %	25 %	25 %	0 %	5 %	11415160
125	NC_008333	GCAT	3	212709	212719	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	11415160
126	NC_008333	GAAT	3	215333	215343	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	11415160
127	NC_008333	CTCG	3	217356	217366	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	11415160
128	NC_008333	AATA	3	217738	217749	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	11415160
129	NC_008333	AAAG	3	218115	218126	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11415160
130	NC_008333	TCAG	3	218795	218805	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	11415160
131	NC_008333	GCCT	3	219320	219330	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	11415160
132	NC_008333	AAAG	3	220976	220987	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11415160
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134	NC_008333	TCAA	3	222743	222753	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	11415160
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tetra-nucleotide Imperfect Repeats of Zea luxurians mitochondrion