ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Zea luxurians mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008333	ATG	4	1986	1997	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	0 %	11415159
2	NC_008333	GTT	4	2535	2546	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	11415159
3	NC_008333	TTC	4	5124	5135	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
4	NC_008333	ATT	4	7097	7107	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
5	NC_008333	AGA	4	8988	8999	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_008333	TCT	4	10362	10373	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
7	NC_008333	ATA	4	12681	12693	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	11415161
8	NC_008333	AAG	4	20418	20429	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_008333	AGA	4	22177	22187	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_008333	AGG	4	22697	22707	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_008333	CTT	4	26705	26716	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
12	NC_008333	TAT	4	28396	28407	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_008333	GCA	4	28520	28530	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
14	NC_008333	AAG	4	29099	29110	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_008333	ATT	4	35213	35223	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_008333	TCT	4	37959	37969	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
17	NC_008333	GAA	4	39197	39207	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
18	NC_008333	GAA	4	40675	40687	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
19	NC_008333	TAC	4	41020	41030	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
20	NC_008333	AGC	4	43367	43379	13	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
21	NC_008333	TTA	4	44394	44405	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_008333	AAG	4	45759	45769	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_008333	TCT	4	48184	48195	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
24	NC_008333	ATA	5	54773	54786	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
25	NC_008333	ATT	5	54801	54815	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
26	NC_008333	GAA	4	57379	57389	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	11415160
27	NC_008333	GAA	4	57942	57953	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11415160
28	NC_008333	TTC	4	58318	58329	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11415160
29	NC_008333	TCT	4	59407	59417	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	11415160
30	NC_008333	CTT	4	69076	69086	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	11415160
31	NC_008333	AGA	4	70308	70318	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	11415160
32	NC_008333	CTT	4	70505	70516	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11415160
33	NC_008333	CGT	4	73979	73989	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	11415160
34	NC_008333	GAT	4	74113	74123	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	11415160
35	NC_008333	TTA	4	75077	75087	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	11415160
36	NC_008333	CTT	4	77881	77892	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11415160
37	NC_008333	GTA	4	79899	79909	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	11415160
38	NC_008333	AGA	4	81152	81163	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11415160
39	NC_008333	CAT	4	88379	88389	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	11415160
40	NC_008333	AGT	4	89193	89205	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	11415160
41	NC_008333	TCT	4	89218	89229	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11415160
42	NC_008333	TTC	4	89577	89588	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11415160
43	NC_008333	CTT	4	92688	92700	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	11415160
44	NC_008333	TTC	4	92741	92752	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11415160
45	NC_008333	ATC	4	94162	94172	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	11415160
46	NC_008333	GTC	4	97685	97696	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	11415160
47	NC_008333	GAA	4	99090	99101	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11415160
48	NC_008333	AAG	4	100541	100551	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	11415160
49	NC_008333	TAC	4	105671	105682	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	11415160
50	NC_008333	AGC	4	110465	110476	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	11415160
51	NC_008333	ATA	4	111689	111700	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11415160
52	NC_008333	ATC	5	111797	111811	15	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	6 %	11415160
53	NC_008333	CTT	4	112275	112286	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11415160
54	NC_008333	CTT	4	114538	114549	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11415160
55	NC_008333	ATC	4	117455	117465	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	11415160
56	NC_008333	AGA	4	118770	118781	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11415160
57	NC_008333	GAT	4	119711	119721	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	11415160
58	NC_008333	GTC	4	120178	120189	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	11415160
59	NC_008333	AGA	4	127775	127785	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	11415160
60	NC_008333	TAC	4	127843	127853	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	11415160
61	NC_008333	CCG	4	128820	128831	12	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	8 %	11415160
62	NC_008333	ACA	4	130034	130045	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	11415160
63	NC_008333	TCT	4	132012	132023	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11415160
64	NC_008333	TTC	4	134304	134316	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	11415160
65	NC_008333	TCG	4	137812	137822	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	11415160
66	NC_008333	AAT	4	137931	137941	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11415160
67	NC_008333	TAG	4	139815	139826	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	11415160
68	NC_008333	AAG	4	140437	140447	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	11415160
69	NC_008333	AAT	4	140902	140914	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	11415160
70	NC_008333	CCT	4	149443	149454	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	11415160
71	NC_008333	GCA	4	158254	158264	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	11415160
72	NC_008333	TGT	4	159807	159818	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	11415160
73	NC_008333	ACT	4	162039	162050	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	11415160
74	NC_008333	GAA	4	162234	162245	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11415160
75	NC_008333	TGG	4	162862	162872	11	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	9 %	11415160
76	NC_008333	TCT	4	163620	163630	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	11415160
77	NC_008333	CTC	4	172315	172326	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	11415160
78	NC_008333	CTT	4	174797	174807	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	11415160
79	NC_008333	AGG	4	175998	176009	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	11415160
80	NC_008333	AGT	4	176204	176214	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	11415160
81	NC_008333	TTA	4	177618	177629	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11415160
82	NC_008333	GGA	4	187835	187846	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	11415160
83	NC_008333	GAG	4	188145	188155	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	11415160
84	NC_008333	TCT	4	193264	193274	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	11415160
85	NC_008333	TCT	4	194971	194982	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11415160
86	NC_008333	TTC	4	198349	198360	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11415160
87	NC_008333	GAT	4	198847	198857	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	11415160
88	NC_008333	GTA	4	200663	200673	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	11415160
89	NC_008333	TTC	4	202855	202866	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11415160
90	NC_008333	ATA	5	205519	205533	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	11415160
91	NC_008333	TCT	4	207777	207788	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11415160
92	NC_008333	CTT	4	213358	213369	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11415160
93	NC_008333	TGC	4	218663	218674	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	11415160
94	NC_008333	GAA	4	218721	218732	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	11415160
95	NC_008333	CGT	4	218856	218866	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	11415160
96	NC_008333	GAA	4	222389	222400	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11415160
97	NC_008333	GTT	5	225376	225390	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	11415160
98	NC_008333	TGC	4	226347	226358	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	11415160
99	NC_008333	TCA	5	228621	228634	14	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	11415160
100	NC_008333	GTA	4	230007	230018	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	0 %	11415160
101	NC_008333	TCT	4	233567	233578	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11415160
102	NC_008333	ATT	4	240002	240014	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	11415160
103	NC_008333	GAT	4	240481	240491	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	11415160
104	NC_008333	GAT	4	243597	243608	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	11415160
105	NC_008333	CTA	4	246970	246981	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	11415160
106	NC_008333	TTA	4	252288	252299	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11415160
107	NC_008333	CTT	4	262155	262165	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	11415160
108	NC_008333	CTA	4	262306	262317	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	11415160
109	NC_008333	GTA	4	262628	262639	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	11415160
110	NC_008333	AGA	4	263657	263669	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	11415160
111	NC_008333	AGC	4	265782	265793	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	11415160
112	NC_008333	TAG	4	266088	266098	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	11415160
113	NC_008333	AGT	4	276571	276581	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	11415160
114	NC_008333	AGT	4	278124	278136	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	11415160
115	NC_008333	AGC	4	281093	281104	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	11415160
116	NC_008333	ACC	4	283480	283490	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	11415160
117	NC_008333	AAG	5	283673	283687	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	11415160
118	NC_008333	TTC	4	284516	284526	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	11415160
119	NC_008333	TGT	4	285785	285796	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11415160
120	NC_008333	TCT	4	286895	286907	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	11415160
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226	NC_008333	CTT	4	524471	524482	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
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228	NC_008333	TCT	4	532919	532929	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Zea luxurians mitochondrion