ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Penta-nucleotide Imperfect Repeats of Zea mays subsp. mays mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_007982	CTCTA	5	4498	4522	25	20 %	40 %	0 %	40 %	8 %	Non-Coding
2	NC_007982	ATTTC	4	5247	5267	21	20 %	60 %	0 %	20 %	9 %	Non-Coding
3	NC_007982	ACGAG	3	5390	5404	15	40 %	0 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_007982	TATTC	3	8428	8441	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
5	NC_007982	TATAG	3	21252	21266	15	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	94502656
6	NC_007982	TCATA	6	26676	26705	30	40 %	40 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_007982	CTTTT	3	43537	43551	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
8	NC_007982	TAAAG	4	44567	44586	20	60 %	20 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
9	NC_007982	CTACA	3	51240	51254	15	40 %	20 %	0 %	40 %	0 %	94502722
10	NC_007982	AAATG	3	55576	55590	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	94502722
11	NC_007982	TAATA	3	69469	69483	15	60 %	40 %	0 %	0 %	0 %	94502719
12	NC_007982	AAAGT	3	70113	70127	15	60 %	20 %	20 %	0 %	0 %	94502719
13	NC_007982	TACTG	3	85885	85898	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	94502719
14	NC_007982	ATAGT	5	86785	86809	25	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	94502719
15	NC_007982	TAAGA	3	93302	93321	20	60 %	20 %	20 %	0 %	0 %	94502719
16	NC_007982	CTTAA	3	102809	102823	15	40 %	40 %	0 %	20 %	0 %	94502719
17	NC_007982	AAAAG	3	113329	113343	15	80 %	0 %	20 %	0 %	0 %	94502719
18	NC_007982	TCATT	3	117429	117443	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	94502719
19	NC_007982	TGTAG	4	121761	121780	20	20 %	40 %	40 %	0 %	5 %	94502719
20	NC_007982	AAAAG	3	129469	129483	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	94502719
21	NC_007982	CTATA	3	132816	132830	15	40 %	40 %	0 %	20 %	0 %	94502719
22	NC_007982	ATAGT	3	132956	132970	15	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	94502719
23	NC_007982	TTTAC	4	133520	133539	20	20 %	60 %	0 %	20 %	5 %	94502719
24	NC_007982	GAAAA	3	143502	143517	16	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	94502719
25	NC_007982	TTTGC	3	146874	146888	15	0 %	60 %	20 %	20 %	0 %	94502719
26	NC_007982	TGAAG	3	152415	152429	15	40 %	20 %	40 %	0 %	6 %	94502719
27	NC_007982	TTACC	3	161691	161706	16	20 %	40 %	0 %	40 %	6 %	94502719
28	NC_007982	TAATA	3	170089	170103	15	60 %	40 %	0 %	0 %	0 %	94502722
29	NC_007982	AAAGT	3	170733	170747	15	60 %	20 %	20 %	0 %	0 %	94502722
30	NC_007982	TAAGT	5	188773	188797	25	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	94502722
31	NC_007982	TTTAG	5	204120	204144	25	20 %	60 %	20 %	0 %	0 %	94502722
32	NC_007982	CTGAC	3	220103	220116	14	20 %	20 %	20 %	40 %	7 %	94502722
33	NC_007982	CATTT	3	221267	221281	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	94502722
34	NC_007982	TCCTG	3	226729	226743	15	0 %	40 %	20 %	40 %	0 %	94502722
35	NC_007982	AGACG	3	231392	231405	14	40 %	0 %	40 %	20 %	7 %	94502722
36	NC_007982	TATAT	5	231945	231968	24	40 %	60 %	0 %	0 %	8 %	94502722
37	NC_007982	ATGGA	3	235563	235577	15	40 %	20 %	40 %	0 %	6 %	94502722
38	NC_007982	ATCAA	3	235669	235683	15	60 %	20 %	0 %	20 %	0 %	94502722
39	NC_007982	TTAGT	3	245050	245064	15	20 %	60 %	20 %	0 %	0 %	94502722
40	NC_007982	CTCTA	5	248008	248032	25	20 %	40 %	0 %	40 %	8 %	94502722
41	NC_007982	ATTTC	4	248757	248777	21	20 %	60 %	0 %	20 %	9 %	94502722
42	NC_007982	ACGAG	3	248900	248914	15	40 %	0 %	40 %	20 %	0 %	94502722
43	NC_007982	AAGTC	3	255368	255382	15	40 %	20 %	20 %	20 %	6 %	94502722
44	NC_007982	TTGAG	3	256652	256666	15	20 %	40 %	40 %	0 %	6 %	94502722
45	NC_007982	AAAGA	3	259787	259800	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	94502722
46	NC_007982	TGGAT	3	271247	271261	15	20 %	40 %	40 %	0 %	0 %	94502722
47	NC_007982	ACTTT	3	278892	278906	15	20 %	60 %	0 %	20 %	0 %	94502722
48	NC_007982	TCTAT	3	284464	284477	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	94502722
49	NC_007982	ACTGT	3	285962	285975	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	94502722
50	NC_007982	AATTC	3	297537	297551	15	40 %	40 %	0 %	20 %	0 %	94502722
51	NC_007982	AGTAT	3	299529	299543	15	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	94502722
52	NC_007982	ATCAT	4	299765	299784	20	40 %	40 %	0 %	20 %	5 %	94502722
53	NC_007982	CGAAG	3	301409	301423	15	40 %	0 %	40 %	20 %	6 %	94502722
54	NC_007982	GGGCC	3	312368	312382	15	0 %	0 %	60 %	40 %	0 %	94502722
55	NC_007982	TGGGA	3	312929	312942	14	20 %	20 %	60 %	0 %	7 %	94502722
56	NC_007982	ATCCT	4	316406	316429	24	20 %	40 %	0 %	40 %	8 %	94502722
57	NC_007982	AAAAG	4	317659	317677	19	80 %	0 %	20 %	0 %	5 %	94502722
58	NC_007982	GAAGA	3	317893	317906	14	60 %	0 %	40 %	0 %	7 %	94502722
59	NC_007982	AGATG	3	318585	318598	14	40 %	20 %	40 %	0 %	7 %	94502722
60	NC_007982	TCTAT	4	336872	336892	21	20 %	60 %	0 %	20 %	9 %	94502722
61	NC_007982	TATAG	5	341121	341145	25	40 %	40 %	20 %	0 %	8 %	94502722
62	NC_007982	CCTGG	3	341852	341866	15	0 %	20 %	40 %	40 %	0 %	94502722
63	NC_007982	ATAGT	5	352536	352559	24	40 %	40 %	20 %	0 %	4 %	94502722
64	NC_007982	GAATA	3	356636	356649	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	94502722
65	NC_007982	GAATA	3	356653	356666	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	94502722
66	NC_007982	ATTCC	3	356797	356811	15	20 %	40 %	0 %	40 %	0 %	94502722
67	NC_007982	TCCAC	3	358494	358508	15	20 %	20 %	0 %	60 %	6 %	94502722
68	NC_007982	TATAG	3	371870	371884	15	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	94502722
69	NC_007982	GTAAA	6	372875	372904	30	60 %	20 %	20 %	0 %	0 %	94502722
70	NC_007982	ACTTG	4	373952	373972	21	20 %	40 %	20 %	20 %	4 %	94502722
71	NC_007982	CTCCA	3	376390	376404	15	20 %	20 %	0 %	60 %	0 %	94502722
72	NC_007982	TCGCT	3	378165	378179	15	0 %	40 %	20 %	40 %	6 %	94502722
73	NC_007982	TTAGT	7	381977	382011	35	20 %	60 %	20 %	0 %	8 %	94502722
74	NC_007982	ATAGG	10	384202	384249	48	40 %	20 %	40 %	0 %	6 %	94502722
75	NC_007982	AAGTA	3	384301	384314	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	94502722
76	NC_007982	ATAGT	8	388359	388398	40	40 %	40 %	20 %	0 %	5 %	94502722
77	NC_007982	ATGGG	3	392184	392198	15	20 %	20 %	60 %	0 %	0 %	94502722
78	NC_007982	TCGGT	3	394831	394845	15	0 %	40 %	40 %	20 %	6 %	94502722
79	NC_007982	GTTAG	3	402112	402126	15	20 %	40 %	40 %	0 %	0 %	94502722
80	NC_007982	GGCAA	3	408888	408901	14	40 %	0 %	40 %	20 %	7 %	94502722
81	NC_007982	GTAAA	3	409328	409342	15	60 %	20 %	20 %	0 %	0 %	94502722
82	NC_007982	TGAAA	3	417369	417382	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	94502722
83	NC_007982	GCGTA	3	420693	420707	15	20 %	20 %	40 %	20 %	0 %	94502722
84	NC_007982	CCTTC	4	425142	425161	20	0 %	40 %	0 %	60 %	5 %	94502722
85	NC_007982	CCTGC	3	430126	430140	15	0 %	20 %	20 %	60 %	0 %	94502722
86	NC_007982	CTATA	4	430324	430343	20	40 %	40 %	0 %	20 %	5 %	94502722
87	NC_007982	CTCTG	3	437279	437292	14	0 %	40 %	20 %	40 %	7 %	94502722
88	NC_007982	TTACA	3	437340	437354	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	94502722
89	NC_007982	GTAGA	3	438090	438104	15	40 %	20 %	40 %	0 %	0 %	94502722
90	NC_007982	AGGAA	3	439241	439255	15	60 %	0 %	40 %	0 %	6 %	94502722
91	NC_007982	AATCA	3	445231	445246	16	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	94502722
92	NC_007982	TTCAA	3	445883	445897	15	40 %	40 %	0 %	20 %	0 %	94502722
93	NC_007982	TCCTA	3	451470	451484	15	20 %	40 %	0 %	40 %	6 %	94502722
94	NC_007982	TGAAA	4	451647	451666	20	60 %	20 %	20 %	0 %	10 %	94502722
95	NC_007982	TACTT	3	455877	455891	15	20 %	60 %	0 %	20 %	0 %	94502722
96	NC_007982	ATAGT	7	456401	456433	33	40 %	40 %	20 %	0 %	9 %	94502722
97	NC_007982	AGCTT	3	457934	457948	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	94502722
98	NC_007982	GTGCC	3	463002	463016	15	0 %	20 %	40 %	40 %	0 %	94502722
99	NC_007982	ACCTT	3	464646	464660	15	20 %	40 %	0 %	40 %	0 %	94502722
100	NC_007982	TAACT	4	467159	467178	20	40 %	40 %	0 %	20 %	5 %	94502722
101	NC_007982	CTATA	3	469731	469745	15	40 %	40 %	0 %	20 %	0 %	94502722
102	NC_007982	TAAGT	7	472494	472526	33	40 %	40 %	20 %	0 %	9 %	94502722
103	NC_007982	TGGAT	3	475415	475429	15	20 %	40 %	40 %	0 %	0 %	94502722
104	NC_007982	CTATA	3	476205	476219	15	40 %	40 %	0 %	20 %	0 %	94502722
105	NC_007982	TCAAA	3	482613	482627	15	60 %	20 %	0 %	20 %	0 %	94502722
106	NC_007982	CTTTA	3	483545	483559	15	20 %	60 %	0 %	20 %	0 %	94502722
107	NC_007982	CTATA	5	485045	485069	25	40 %	40 %	0 %	20 %	4 %	94502722
108	NC_007982	GAAAT	3	485526	485540	15	60 %	20 %	20 %	0 %	0 %	94502722
109	NC_007982	ACTAA	4	487087	487106	20	60 %	20 %	0 %	20 %	5 %	94502722
110	NC_007982	TACTA	5	487796	487820	25	40 %	40 %	0 %	20 %	8 %	94502722
111	NC_007982	CTTAA	3	500714	500728	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	94502722
112	NC_007982	TACTA	3	502973	502992	20	40 %	40 %	0 %	20 %	0 %	94502722
113	NC_007982	TATGA	4	503024	503042	19	40 %	40 %	20 %	0 %	5 %	94502722
114	NC_007982	GAATA	3	504999	505014	16	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	94502722
115	NC_007982	AAGTA	3	506990	507004	15	60 %	20 %	20 %	0 %	0 %	94502722
116	NC_007982	GAAAA	3	509001	509014	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	94502722
117	NC_007982	AGAAA	3	509138	509151	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	94502722
118	NC_007982	TCCTT	3	515001	515015	15	0 %	60 %	0 %	40 %	6 %	94502722
119	NC_007982	ATACG	3	516399	516412	14	40 %	20 %	20 %	20 %	7 %	94502722
120	NC_007982	TACTT	3	524814	524828	15	20 %	60 %	0 %	20 %	0 %	94502722
121	NC_007982	ATAGT	7	525338	525370	33	40 %	40 %	20 %	0 %	9 %	94502722
122	NC_007982	AGCTT	3	526871	526885	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	94502722
123	NC_007982	GTGCC	3	531939	531953	15	0 %	20 %	40 %	40 %	0 %	94502722
124	NC_007982	ACCTT	3	533583	533597	15	20 %	40 %	0 %	40 %	0 %	94502722
125	NC_007982	TAACT	4	536096	536115	20	40 %	40 %	0 %	20 %	5 %	94502722
126	NC_007982	AAAGT	3	540781	540794	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	94502722
127	NC_007982	ACTAA	3	550525	550539	15	60 %	20 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_007982	CTATA	3	551512	551526	15	40 %	40 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_007982	AAAAC	3	552573	552587	15	80 %	0 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
130	NC_007982	AACTT	3	553754	553768	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
131	NC_007982	GGCAA	3	555543	555557	15	40 %	0 %	40 %	20 %	6 %	Non-Coding
132	NC_007982	AGGCA	3	555835	555849	15	40 %	0 %	40 %	20 %	6 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Penta-nucleotide Imperfect Repeats of Zea mays subsp. mays mitochondrion